中学生編
主に、主人公・菊池英治らが中学生の時を指す。
ポプラ社でも全く同じ内容のものが刊行されている。カバーイラストは加藤アカツキ。
初版：角川文庫
1985年4月出版 「ぼくらの七日間戦争」
1987年4月出版 「ぼくらの天使ゲーム」
1989年4月出版 「ぼくらの大冒険」
1989年9月出版 「ぼくらのデスマッチ-殺人狂がやってきた-」
1989年12月出版 「ぼくらの危バイト作戦」
1990年5月出版 「ぼくらのＣ（クリーン）計画」
1990年7月出版 「ぼくらの修学旅行」
1990年11月出版 「ぼくらの㊙秘学園祭」
1991年3月出版 「ぼくらと七人の盗賊たち」
1991年5月出版 「ぼくらの秘島探検隊」
1991年12月出版 「ぼくらの最終戦争」
時系列としては、七日間戦争→天使ゲーム→大冒険→盗賊たち→デスマッチ→秘島探検隊→危バイト→C計画→修学旅行→学園祭→最終戦争となっており、ポプラ社版はその時系列に則って出版されている。
高校生編
主人公・菊池英治らが高校生になってからを指す。
中学生編と同じくポプラ社でも刊行されている。
初版：角川文庫
1992年5月出版 「ぼくらの大脱走」
1992年8月出版 「ぼくらの恐怖ゾーン」
1992年12月出版 「ぼくらのメリークリスマス」
1993年6月出版 「ぼくらのミステリー列車」
1993年12月出版 「ぼくらの『第九』殺人事件」
1994年5月出版 「ぼくらの秘密結社」
1994年12月出版 「ぼくらの『最強』イレブン」
1995年6月出版 「ぼくらの校長送り」(ポプラ社では「ぼくらの(悪)校長退治」に改題)
1996年1月出版 「ぼくらのコブラ記念日」
1996年7月出版 「ぼくらの魔女戦記Ⅰ 黒ミサ城へ」
1996年9月出版 「ぼくらの魔女戦記Ⅱ 黒衣の女王」
1996年11月出版 「ぼくらの魔女戦記Ⅲ 黒ミサ城脱出」
1997年7月出版 「ぼくらのロストワールド」
1997年12月出版 「ぼくらの卒業旅行」
青年編
初版：角川文庫
1998年6月出版 「ぼくらののら犬砦」
1998年12月出版 「ぼくらのグリム・ファイル探検（上）」
1998年12月出版 「ぼくらのグリム・ファイル探検（下）」
1999年6月出版 「ぼくらのラストサマー」
教師編
初版：徳間文庫
2002年7月出版 「ぼくらの悪魔教師」
2003年1月出版 「ぼくらの特命教師」
2003年8月出版 「ぼくらの失格教師」
2003年12月出版 「ぼくらの魔女教師」
新・ぼくらシリーズ
初版：角川文庫
2000年3月出版 「新・ぼくらの円卓の戦士」
2000年12月出版 「新・ぼくらの大魔術師」
2001年7月出版 「新・ぼくらのサムライ魂」
2002年8月出版 「新・ぼくらのいいじゃんか！」
第二次七日間戦争シリーズ
初版：徳間文庫
2004年8月出版 「ぼくらの第二次七日間戦争」
2005年3月出版 「ぼくらの第二次七日間戦争 再生教師」
2005年8月出版 「ぼくらの第二次七日間戦争 グランド・フィナーレ！」
横浜開港編
初版：ポプラ社
2008年7月出版 「ぼくらの奇跡の七日間」
2009年4月出版 「ぼくらのモンスターハント」
2010年12月出版 「ぼくらの最後の聖戦」
角川つばさ文庫版
既存のぼくらシリーズを子ども向けに書きかえ、角川つばさ文庫で2009年から刊行されている。
イラストは、はしもとしん(七日間〜無人島)→YUME(ハイジャック〜)
つばさ文庫版の最大の特徴として、書き下ろし新作が発売されている点がある。
新作はいじめやブラック企業、VRといった現代社会における問題を取り扱っている場合が多い。
中学生編
2009年3月出版 「ぼくらの七日間戦争」
2009年9月出版 「ぼくらの天使ゲーム」
2010年2月出版 「ぼくらの大冒険」
2010年10月出版 「ぼくらと七人の盗賊たち」
2011年3月出版 「ぼくらの学校戦争」※
2011年7月出版 「ぼくらのデスゲーム」（「デスマッチ」の改題）
2011年9月出版 「ぼくらの南の島戦争」（「秘島探検隊」の改題）
2011年12月出版 「ぼくらの（ヤ）バイト作戦」（「危バイト作戦」の改題）
2012年3月出版 「ぼくらのＣ計画」
2012年6月出版 「ぼくらの怪盗戦争」※
2012年12月出版 「ぼくらの（黒）会社戦争」※
2013年3月出版 「ぼくらの修学旅行」
2013年7月出版 「ぼくらのテーマパーク決戦」※
2014年3月出版 「ぼくらの体育祭」※
2014年7月出版 「ぼくらの太平洋戦争」※
2014年12月出版 「ぼくらの一日校長」※
2015年7月出版 「ぼくらのいたずらバトル」※
2015年12月出版 「ぼくらの㊙学園祭」
2016年8月出版 「ぼくらの無人島戦争」※
2017年4月出版 「ぼくらのハイジャック戦争」※
2017年12月出版 「ぼくらの消えた学校」※
2018年3月出版 「ぼくらの卒業いたずら大作戦 上」
2018年4月出版 「ぼくらの卒業いたずら大作戦 下」(「最終戦争」を上下巻にし改題）
2023年3月出版 「ぼくらのオンライン戦争」※
2023年10月出版 「ぼくらの東京革命」※
高校生編
2018年7月出版 「ぼくらの大脱走」
2018年12月出版 「ぼくらのミステリー列車」
2019年3月出版 「ぼくらの宝探し」※
2019年7月出版 「ぼくらの地下迷路」(「恐怖ゾーン」の改題)
2019年12月出版 「ぼくらのメリー・クリスマス」(「メリークリスマス」の改題)
2020年3月出版 「ぼくらのいじめ救出作戦」※
2020年7月出版 「ぼくらの『第九』殺人事件」
2020年12月出版 「ぼくらの秘密結社」
2021年6月出版 「ぼくらの復活大作戦」(「『最強』イレブン」の改題)
2021年11月出版 「ぼくらの(悪)校長戦争」(「校長送り」「(悪)校長退治」の改題)
2022年6月出版 「ぼくらの(超)記念日」(「コブラ記念日」の改題)
2024年3月出版 「ぼくらのイタリア(怪)戦争」(「魔女戦記Ⅰ 黒ミサ城へ」の改題)
番外編
2013年11月出版 「いたずらばあさんとオレオレ詐欺」(「おもしろい話、集めました。(1)」に収録)
2017年10月出版 「走れ！安永」(「おもしろい話、集めました。D」に収録)
2019年1月出版 「ぼくら×怪盗レッド VRパークで危機一髪!?の巻」(怪盗レッドシリーズとのコラボ作品)
※はつばさ文庫書き下ろし作品
