主人公モンキー・D・ルフィ率いる麦わらの一味はCP9に連れ去られた一味の考古学者ニコ・ロビンとフランキー一家の棟梁フランキーを救出すべく、ウォーターセブンから引き連れてきた協力者達(ガレーラカンパニーやフランキー一家)と共にエニエス・ロビーに乗り込む。ロビンは自身が過去に体験した海軍本部中将5名と10隻もの軍艦による集中砲撃「バスターコール」が麦わらの一味に向けられることを恐れ、ルフィを追い返そうとするも一味は拒否し、司法の塔の頂上にあった世界政府の象徴の旗を狙撃し宣戦布告を行う。ロビンから生きたい意志を聞いた一味は解放されたフランキーと共に司法の塔に集結したCP9との全面戦争に挑む。

ウォーターセブン編から続くCP9との戦いを描いたストーリーであり、ロビンの壮絶な過去が明かされる。戦闘ではルフィのギア2を始め、各メンバーが新しい戦闘方法または武器を披露している。

終盤にはCP9の司令長官スパンダムのミスによってバスターコールが発動されてしまい、エニエス・ロビーは焼け野原になるも、激戦の末ルフィはCP9最強の男であるロブ・ルッチを撃破し、一味はロビンを奪還。駆けつけたゴーイングメリー号で軍艦の包囲網から脱出。一部始終を見届けた海軍大将青雉は「政府の完全敗北」を認めた。

また、ウォーターセブンへの帰還の途中でメリー号が遂に大破。海の上で合流したアイスバーグの提案で一味は何度も奇跡を起こしたメリー号と完全に別れることになる。

一味がエニエス・ロビーで起こした事件は世界中に轟き、大物海賊たちが一目を置き始める。

主要人物

CP9

その他政府職員

バスカビル(裁判長)

バスターコールで招集された海兵

ドーベルマン(海軍本部中将)
オニグモ(海軍本部中将)
モモンガ(海軍本部中将)
ヤマカジ(海軍本部中将)
ストロベリー(海軍本部中将)
ベリーグッド(海軍本部大佐)
シュウ(海軍本部大佐)
シャリングル(海軍本部大佐)

主な組織

オイモとカーシー

エニエス・ロビー前門を警護するエルバフ出身の二人の巨人。もとはドリーとブロギーの率いる巨兵海賊団の海賊だったが世界政府に捕らえられ、「すでに拘束しているドリーとブロギーを助けたくば100年間エニエス・ロビーの前門を守れ」と虚偽の命令を下され、働かされていた。しかしウソップがドリーとブロギーは捕まっておらず、今もリトルガーデンで喧嘩を続けていることを告げたことにより世界政府に反旗を翻し、麦わらの一味に手を貸した。

エニエス・ロビー崩壊後はウォーターセブンでしばらく働いた後に船を作ってもらい、エルバフに旅立った。

法番隊

犬に跨ったインド風の衣装を身にまとった役人。構成人数は100人。両手に手甲剣を着用しており、素早い動きで敵を翻弄する。

公正なる11人の陪審員

陪審員の名は付けど全員が海賊の死刑囚であり、罪人の道連れを望んでいる。全員が覆面を付け、巨大な鎖付鉄球を振り回して侵入者と戦う。

余談

公式ギャグマンガ『ワンピースパーティー』によれば、バスターコールの後もう一度建て直したようで、新たに建立された司法の塔でバルトクラブの麦わら狂信者の皆さんが撮影会を開いた。
「エニエス・ロビー」に関してはまだストーリー上では未使用のままとなる部分が存在し、1年中夜にならない理由やエニエス・ロビーに巨大な穴がある理由も原因不明となっている。
これまでゴールデンタイムで放送されていたアニメ版はルフィが世界政府に宣戦布告するシーン辺りで現在の日曜9時半に移行している。
ロケットマン乗車中辺りでチョッパー役の大谷育江、エニエス・ロビー編の終盤でロビン役の山口由里子がそれぞれ休養していたため伊倉一恵と小林優子が一時的に2人の代役を務めていた。