概要
1986年から製作した気動車。
四国向け0番台と北海道向け500番台の二種類がある。
ステンレス車体で、車体長は21m弱、エンジンはDMF13HS、台車は廃車発生品のDT22系統である。
500番台
酷寒地である北海道向けに二重窓・デッキ付・セミクロスシート・トイレ付・非冷房となっている。
527-529の3両は旭川～稚内間の急行礼文に使用するため、座席が0系新幹線の廃車発生品の転換クロスシートとなっている。車体は変わっていないため、シートピッチと窓割りは一致していない。車体の上部に識別用の赤帯があるのが特徴。現在は特に区別なく運用されている。
2000年代以降は更新工事が行われ、台車がボルスタレス式に変更され、座席もキハ183系や快速「海峡」で使われていた51系客車の発生品のシートに交換された。中には座席を再度交換され、リクライニングシートを装備する車両も出ている。（ただし回転しない）
ちなみにJR北海道においてキハ54とキハ40には運用する線区にある程度棲み分けがある。
キハ40は駅間で立ち往生してもすぐ救助に行ける線区(函館本線や室蘭本線など)で、キハ54は駅間で立ち往生するとヤバい線区(宗谷本線(特に名寄以北)や石北本線(特に上川～遠軽間)、根室本線(花咲線)、釧網本線など)で運用するようになっているらしい。キハ40の大多数は1軸駆動であり（ごく一部2軸駆動改造車が存在するのみ）、エンジン交換により出力を上げた現在でも冬場の立ち往生リスクが高いのに対し、キハ54は2軸駆動であるため立ち往生しにくいのがこのような運用の差異となって現れている。上述の「ヤバい線区」はいずれも酷寒地かつ人口密度の特に低い地域で駅間も極端に長く、立ち往生で救助が遅れると凍死のリスクが高い。
ただし、相互に連結可能なので、運用の都合で必ずしも上記のようになるとは限らない。
0番台
四国向けの車両で、12両が生産された。
冷房化・デッキ無し・二段ユニットサッシ窓・バス用客扉となっている。
しかしトイレ無しでオールロングシートという、「田舎者舐めてんのか!!」と言いたくなるような仕様である。
JR四国の車両は本形式以外にもトイレ無し車が多く問題となっており、1000形のようにトイレが設置される工事を行った車両もあるが、本形式はトイレ無しのまま放置されているのが現状である。
全車とも松山運転所所属で、予讃線(松山～宇和島間)や予土線、内子線で使用されている。
余談
同じ形式を名乗りながら、別形式と言っていいほどの差がある他の例としては、ED76、キハ53、415系がある。
