概要
その名の通り、デュエリストを養成する施設である。『GX』『5D's』でそれぞれ設定が異なる。残念ながら『ZEXAL』には登場しない。
『ARC-V』では、同名の施設が登場するが、設立目的が根本から異なるものと言える。ただし、経緯などについては幾らかの共通点がある。
『GX』でのデュエルアカデミア
オーナーは海馬瀬人（『遊戯王R』においてアカデミア創設の伏線とも言える発言をしている。ただし『R』とアニメ『GX』とは世界観が繋がっていない）。
デュエリスト養成以外にも、デュエルモンスターズの精霊の秘密を解明するという目的もある。『DM』のドーマ編でクリティウスやオレイカルコスの神を垣間見た海馬瀬戸らしい動機ともいえる。（海馬はさらに、宇宙のエネルギーをカードに与えるというオカルト全開の行動にも舵を切っており、ドーマ編が彼に与えた影響はかなり大きいといえる）
そのためか、三幻魔や破滅の光、ダークネスといった様々な要因の第一ターゲットにされている。
孤島に建てられているため、完全寮制である。高等学校相応の学園であり、早乙女レイは登場当初小学5年生であった事から入学できなかった。舞台となる校舎以外にも姉妹校が存在し、それぞれで制服も異なる。
生徒のレベルによって階級が分けられており、オシリスレッド・ラーイエロー・オベリスクブルーの順で階級が上がっていく。
階級間での待遇は激しく（本来は競争によって実力を磨かせる事が目的だったのだろうが）、オシリスレッドの生徒は狭いアパート暮らしであり上級の生徒からは見下されている。（ストーリーの進行により段々と改善するが）
また、ティラノ剣山の入学時のクロノスとナポレオンからの言葉によると付属校で、中途入学の成績優秀者はオベリスクブルーではなくラーイエローからの入学となる模様。他に個人的な要望で下の階級への異動や残留は可能であり、レッドに残留し続けた十代や実力不足を痛感してブルー寮を拒んだ丸藤翔の例がある。基本的に女子はオベリスクブルー配属になるが、早乙女レイの様な例外もいる。
ちなみにデュエルが中心の学校ではあるが、高等学校に相当するのか国語や数学、物理に保健体育などの一般教科の授業も存在する。何故だか「錬金術」なる妙な科目が存在しているのだが……？
単位を取らないとしっかり補習（補習授業はデュエルを絡めて行われたが）もあり、初期ではデュエルの学校なのにスポーツの授業がある事を運動が苦手な丸藤翔が嘆いていた。
他にはテニス部やオカ研などの部活・同好会も存在している。
制服
男子
オシリスレッド、ラーイエローではそれぞれのシンボルカラーで塗られたジャケットと、ズボンを着用する。
オベリスクブルーの制服はジャケットの後ろが長く、ズボンが黒い。また胸のラインのデザインが違う。
女子
上はノースリーブ、下はミニスカートであり、足はかかとのあるブーツを履いている。
デュエル時は指の穴のあいたグローブも着用。グローブの裏側には青いふちの付いた白い手袋の様なものが付いている。
とても制服とは思えない露出度の高い恰好であり、明日香のメリハリの付いたボディをより強調するのに一役買ってたりする。
設定上、オシリスレッドとラーイエローの制服は見る機会が少ない。
遊戯王オンラインでのアバターでは、両者の制服がアバターアイテムとして存在した。
基本的にデザインはオベリスクブルーの物と変わらないが、オシリスレッドの制服はカラーパターンが違う。（スカートが白でジャケットが赤）
尚、早乙女レイのオシリスレッド制服はデザインがオリジナルのものとなっている。
ただ、タッグフォース３でオベリスクブルーとして登場する時は明日香と同じデザインの制服を着る。
姉妹校
姉妹校の生徒はそれぞれ違った服を着て登場するが、私服のような恰好もあるため制服なのかどうかは謎。
漫画版『GX』のみに登場するアメリカ校の制服は、灰色を基調としており帽子があるのが特徴的である。胸に勲章の様なものもあしらわれているが、優秀な生徒だけに付けられるのか全生徒に付いてるのかは不明。
『5D's』でのデュエルアカデミア
『GX』とは違い普通にネオ童実野シティにある。小等部、中等部、高等部が存在する。
『GX』の様な階級は無いが、作中では成績の悪いクラスの生徒が退学にさせられそうになっており、相変わらず落ちこぼれへの風当たりは強いようである。
また、かつてクロノス教諭が使用した「古代の機械」シリーズが「アカデミア伝統のカード群」として伝わっているが、残念な事にクロノス先生の理念の方は伝わっていない様だ。
漫画版では女子校のデュエル・アカデミア・クイーンズ、サイコデュエリスト用のデュエル・アカデミア・サンクチュアリの2校が登場している。
制服
男子は青のブレザーにネクタイとズボン、女子は赤のブレザーにリボン、ひだの付いたミニスカートを履く。
前作に比べると割と一般的な制服のイメージに近づいたと思われる。
なお十六夜アキの制服は復学前後で異なり、復学後は一般生徒と恰好が少し違う。（後ろが長く胸のリボンが無い）
一応劇中でアキは優等生扱いであることを考慮すると、意外と改造制服には寛容なのかもしれない。
また、女子の靴下は黒字に白のライン入りソックスが主に用いられる。
が、アキや龍可はいつもの格好の様なソックスを履いており、タッグフォースでもニーソックスや色違いのソックスを履いている生徒が登場する。
現に厳格な委員長キャラとして知られる原麗華が黒のニーソックスを着用しているため、ソックスに関しても寛容なようだ。
『ARC-V』でのデュエルアカデミア
主人公・榊遊矢達の暮らす「スタンダード」と呼ばれる世界とは異なる異世界「融合次元」に存在する施設。
スタンダード出身で、大企業「レオ・コーポレーション」の初代社長である赤馬零王が、設立や運用方針に少なからず関わっている。
零王はかつて、デュエルモンスターズには精霊が宿るという事実に行きついており、精霊（四天の龍や覇王龍ズァーク）が少なからず動機になっている点は、海馬が作り上げた『GX』のデュエルアカデミアと共通している。
デュエルモンスターズを戦闘に応用して戦う「デュエル戦士」の養成を目的としており、優秀な成績を収めた者達は、デュエル戦士として別次元に送還され、武力的侵攻を行っている。
本作のデュエルアカデミアが「軍隊」としての側面を持っているだけあって、本格的な軍事･戦闘訓練は受けており、ビルの間を飛び回る等の高い身体能力を発揮している。命懸けで戦う戦士達を育成する為か、負傷したデュエル戦士達を治療する為の医療設備も整っている。
アカデミアの中でも特に実力のあるデュエル戦士は、独自のデッキを所有しているが、それ以外のデュエル戦士達は、カード効果によって連携しやすいようにする為か、全員「古代の機械」モンスターのデッキを使用している。逆に言えば、実力のあるものでなければ、独自のデッキでデュエルする事は許されない模様。一部を除いて、アカデミアは他次元の侵攻に有利な「融合以外の特殊召喚へのメタを張る」ことをテーマにしたスタイルが主流。
紫雲院素良もこの施設出身のデュエル戦士であり、特進クラスで優秀な成績を収めた実力を見込まれ、特別任務を与えられてスタンダードに送り込まれている。『GX』にも有った特待生に当たる部分とも思われる。
支給されているデュエルディスクにも独自の機能が採用されており、次元移動に使用する「Dimension Move」、敗者をカードに変える機能、敗北時にアカデミアへと強制的に送還される強制送還機能など。
ただし、強制送還機能は使用者の状態によって即時発動しない場合があり、デュエルディスクから離れている場合は当然だが強制送還が発動する事は無い。
全ての次元を統一し、世界を再生する理想郷を作る計画「アークエリア・プロジェクト」を実行しており、エクシーズ次元に対して武力侵攻をしている。エクシーズ次元の住民達は、アカデミアのデュエル戦士達による襲撃を受け、次々とカードの中へと封印されてしまった(劇中では明言されていないが、封印されたカードが破られたり燃やされたりした場合は、封印された人物はそのまま死亡すると思われる)。
その際、またも「古代の機械」モンスターの軍勢が確認されている。
エクシーズ次元に派遣されて帰還したデュエリストは何人カードにしたか？と自慢しあったり、無抵抗の市民をカード化する事に躊躇いを持たず、楽しい経験だったと笑っている。
完全に狂っている。もしくは洗脳されている。
まあ、生徒たちは自分たちは平和な世界を作る為、正しい事をしていると思っているようだから。むしろそっちの方が独善的でタチが悪い。
しかし、あまりにも過激かつ荒唐無稽とも言える思想に基づいた計画を実行に移そうとしている為か、それらについていけず、連絡船等に密航する形で脱走する人間達も後が耐えない。
また、脱走してもすぐに連れ戻されてしまうので、そういった故郷等へ帰るに帰れなくなった者達は、天上院明日香や榊遊勝達に保護され、彼らが開いている地下施設の「遊勝塾」に匿われている。
現在の融合次元では、小学校を卒業すると、デュエルアカデミアに入学する事が義務付けられているらしく、融合次元の人々の会話から見ても、アカデミアの方針は一般には知れ渡っていない模様。
『GX』等に登場したデュエルアカデミアと似ている部分もあるが、「武力侵攻を行う為のデュエル戦士の育成」を目的としている事からも、運営方針は根本から異なっている。
制服
GXの制服同様に三種類のカラーリングがあるものの、階級の存在は不明。男子と女子の制服に大きな違いは無い。
セレナが初期に着用していた服もこの制服である。
オベリスク・フォース
デュエルアカデミアの精鋭部隊は「オベリスク・フォース」という名称を持ち、青い制服にオベリスクの巨神兵を意識した仮面姿で統一されている。
詳細はオベリスク・フォースを参照。
