『ぱにぽにだっしゅ!』とほぼ同じスタッフが制作に関わっており、ノリもほぼ似ているため「ぱにぽに2期」「ネギぽに」などと呼ばれることもある。ストーリーとは無関係な落書きが書き込まれている黒板ネタも踏襲されているが、『ぱにぽに』は自宅通学かつ比較的狭い学園が舞台であり教室で騒動が起きることが多いのに対して本作は全寮制の広い学園が舞台であり教室外で騒動が起きることが多いため『ぱにぽに』ほど黒板ネタは活用されていない。

テレ東規制のためか、エロ描写はやたら多い（無かったらネギまではなくなる）もののパンチラの描写は全く無い。このアニメをもとにした漫画である「ネギま!?neo」が存在し、掲載誌がコミックボンボンだったとはいえ、原作を多少ながら意識していて、もちろんのことながらパンチラなどもある。こっちはボンボン廃刊後にマガジンSPECIALに移籍し、原作より早く完結した。(『neo 』は2009年、本家は2012年)

作画は1期と比べて月とスッポンレベルで上昇し、赤松氏の独特の絵柄を再現できている。

しかしあくまで原作を多少ながら踏襲していた第1期と違い、今作は完全なオリジナルストーリーである。なぜかネカネ＆アーニャ推し。

「できるだけ一言でも、キャラクターがセリフを言えるようにしたい」という新房昭之監督の意向から、第1話ではキャラ紹介を兼ねてクラスメート31人全員に台詞があり、さらに13話以降ほぼ毎回全員に台詞が用意されている。

16:9サイズでの制作だが、地上波では地上デジタル放送も含めて4:3サイドカットでの放送となっており、本編でもこれを逆手に取った演出がみられる。

ストーリー中盤でネギ+クラス31人+タカミチ+モツ+シチミ+ネカネの36名がスタークリスタルによって幻想世界に閉じ込められ、半ば自給自足の生活を送ることとなる。

そのせいか原作で出番があまり無い生徒もよく登場する。

なお、これ以降原作の初回限定盤についてくるOVAや劇場版はこちらではなく原作と繋がっているので、「作画はネギま!?のまま、内容は1期の続編」と考えた方がいい。

原作との違い

ストーリー変更はおろか、中には性格が明らかに別人となってしまったキャラもおり一部の原作ファンからは黒歴史扱いされることもある(特にまき絵は不遇な扱いが目立ったり、ちづ姉や委員長はかなりの腹黒キャラになったりしている)。同じく黒歴史扱いされている実写ドラマ版にも引き継がれている要素がある。
また、1期同様に原作のカラーイラストとは髪の色が異なるキャラもいる。(桜子、夏美など)
さらに、明日菜と魔法世界の関係、刹那が鳥族のハーフであるといった設定もなかったことにされている。

ネオ・パクティオーカード

本作では原作コミックのパクティオーカードとは別に、「ネオ・パクティオーカード」が存在する。これは生徒1人に3枚ずつ用意されており、それぞれ「アーマー」「コスプレ」「スカ」の属性を持つ。原作と違い、契約時、カードがパートナーの体内に取り込まれる描写がある。契約発動時には3枚の内のどれかがランダムで出現し、パートナーはそのカードの絵柄と同じ姿になって戦う。

CDやDVDの初回生産分や、コミックスの限定版、各種グッズなどの関連商品にこのカードが付属した。このような商法は、東映特撮の『仮面ライダー龍騎』の「アドベントカード」、『仮面ライダー剣』の「ラウズカード」という前例がある。

なお、スカカードでは、全員が動物の着ぐるみを着ており、イラストはあぼしまこが担当している。→スカキャラ

主題歌

オープニングテーマ

「夢☆みんなで!」（春OVA）

作詞：有森聡美 / 作曲・編曲：羽岡佳 / 歌：佐藤利奈、神田朱未

「らぶ☆センセイション」（夏OVA）

作詞：FLAT5th Rico / 作曲・編曲：横山マサル / 歌：佐藤利奈、神田朱未、野中藍

「1000%SPARKING!」（第2話 - 第12話・第15話 - 第26話）

作詞：だまさおり、佐藤こづえ / 作曲･編曲：大久保薫 / 歌：麻帆良学園中等部2-A＆ネギ＆ネカネ＆アーニャ

「永遠のときを越えて」（第13話・第14話）

作詞･作曲：YORI / 編曲：河合英嗣 / 歌：皆川純子

エンディングテーマ

「おはよう!」（春OVA）

作詞 - 有森聡美 / 作曲・編曲 - 大川茂伸 / 歌：神田朱未

「マジカルハピネス」（夏OVA）

作詞：FLAT5th Rico / 作曲・編曲：横山マサル / 歌：能登麻美子

「星空レター」（第2話・第3話）

作詞：うらん / 作曲・編曲：菊谷知樹 / 歌：神田朱未

「A-LY-YA!」（第4話 - 第24話）

作詞：こだまさおり / 作曲・編曲：菊谷知樹 / 歌：麻帆良学園中等部3-A+ネギ・スプリングフィールド

「らぶ☆センセイション」（第25話）

作詞：FLAT5th Rico / 作曲・編曲：横山マサル / 歌：佐藤利奈、神田朱未、野中藍

「1000%SPARKING!」（第26話）

歌：麻帆良学園中等部3-A+ネギ・スプリングフィールド（1番）

各話リスト

話数	サブタイトル
第1話	「え〜っ、いきなり31人って言われても!」byネギ
第2話	「うっそ、仮契約ってそんなのことすんの!?」by明日菜
第3話	「ほー、仮契約カードはそうやって使うのか」byエヴァ
第4話	「先生……私、初めてなんです……」byのどか
第5話	「東京は敷金礼金高いなぁ、ゆーて仮契約ってそういう意味ちがうん?」by木乃香
第6話	「すみません……おでこかほっぺで許してもらえないでしょうか?」by刹那
第7話	「あの、見えなくていいこともあると思うんですけど、見えた方がいいことっていうのもあると思うんです」byさよ
第8話	「先生、私たちをオトナにしてください♥」by風香・史伽
第9話	「キャンプだそうです」by モツ「なんで?」by シチミ「“心”を“刃”で隠して“忍”と読む。“本気”と書いて“マジ”と読むのとはチョット違うでござる」by楓
第10話	「私に隠れてネギ先生と?そんなこと絶対に認めませんわ!」byあやか
第11話	「へ〜、男爵ってバラの種類だったんだ。おイモかと思ってたよ」byハルナ
第12話	「まあ、いろいろと理屈をこねたところで、とどのつまりは気持ちひとつなわけですが」by夕映
第13話	「敵かどうかと言うことよりもマスターの邪魔かどうかが問題なのです」by茶々丸「そりゃ私って明るさくらいしか取り柄はないけど、そこまで言わなくったってさ…（涙）」by まき絵「不死鳥は炎を浴びて蘇るアル!」by 古菲
第14話	「科学理論も、魔法相手じゃあってないようなものです、はっきり言って」by葉加瀬
第15話	「予期せぬ展開でクラスに動揺が広がってるな」by真「それって、どーよー?」byザジ「15点」by真名
第16話	「昨日の敵は今日の友」by美砂「喧嘩するほど仲がいい」by円「いやよいやよも好きのうち!」by桜子
第17話	「夏美、家族はやっぱり絆のホームラン王ね」by千鶴「全然わかんないよ、ちづ姉（涙）」by夏美
第18話	「秘密だっつーと喜んでバラしたがるやつがいるし!」by千雨「ちうちうも怒っちゃうぞ〜♪ ぷんぷ〜ん♪」byちう
第19話	「童心に返って遊ぶっていいよねー。童心に返んなくても遊ぶけどねー」by和美
第20話	「大きいと大味だって言うけど、実はそうでもないんだよ」by五月
第21話	「漢はだまってラーメンたかみち」by高畑「何だそりゃ!?」byカモ
第22話	「あいや、何やら妙なコト起こり始めたネ! コレ、きっと世界の終わりヨ!」by鈴音
第23話	「ちょっとそれはないよ、ネギく〜ん!」by裕奈「そやで、うちらパートナーやんか!」by亜子
第24話	「ネギ先生、どうやらクライマックスです」byアキラ「みんなで一緒に帰ろうね、ネギくん!」by美空
第25話	「これにて、一件落着!?」by語りべ「仲良きことは美しき哉」by 学園長
第26話	「寂しいなんて言いません! だって、きっとまた会えると信じてますから!」byネギ「フン、やってられるか」by エヴァ「よ〜しがんばるぞ〜」by あすな（スカ）

その他

タイトルの「!?」は、原作とは一味違う作品という意味らしい。
当初は24話＋後日談の全25話の予定だったが、構成が変わり、第26話が追加されたという。(2007年7月発売の「ネギま!?アニメガイドBOOK3」より)
夕方に放送されていた関係か、「テレビマガジン」でも特集されていたことがある。(ちなみに同時期には深夜作品の某ピカレスクロマンアニメも紹介されてたりする・・・)