最終決戦前には、アロウズの黒幕であるイノベイター勢力の存在を知るが、彼らの支配を受ける事こそが恒久和平を実現するのだと思った事で、リボンズと協力関係となりイノベイター勢力に自分の技術を積極的に提供した。ソレスタルビーイング号内部で巨大ビーム砲のカートリッジである擬似太陽炉の調整を行ったほか、特攻用の量産MS「ガガ」にトランザムシステムを組み込み、自らはオートマトンを率いてプトレマイオス2への突入を行なった。艦内で対峙したスメラギに銃を突きつけ、CBの介入行動から始まった憎しみの連鎖が、エイフマンの死を始めとする多くの悲劇を引き起こしたとして、イノベイター勢力による支配を主張するが、それらの過ちを自分達の罪として受け入れる覚悟を持つスメラギには、イノベイター勢力による偽りの平和を否定された。その後、刹那が発動したトランザムバーストによりスメラギの心からの謝罪の気持ちを知り、自身の彼女への想いが変わらぬ事に気づいたことで、スメラギと和解を果たした。

戦後は連邦軍でイノベイター勢力の技術の研究をしながら、次世代主力機の開発を行っており、そこで行方をくらましていたグラハムと再会している。

第二次スパロボZ再世編では彼が狂うまでの過程に大きなアレンジが加えられており、最初こそ精神のバランスを失いつつも辛うじて理性を保っていたが、ゼロシステムの実験中にかなり強烈な可能性を叩きつけられてしまったために完全に精神の均衡が崩壊、自らを「修羅道に堕ちている」と称している当時ブシドーだったグラハムでさえも「修羅道に・・・いや、魔道に堕ちたのか・・・。」と愕然とするほどの豹変を遂げてしまった。

劇場版

『劇場版』では38歳。グラハムとの友好は変わらずに続いており、地上に落下した木星探査船の破片に興味を持った彼に情報提供を約束し、「頼れる友だ」と言わしめた。その後は地球圏に襲来したELSの分析を進め、同僚の研究者であるミーナらと共に尽力を尽くした。想い人であったスメラギとの交流は途絶えていたが、CBがELSと交戦したと知った時には虚心では居られず、その事をミーナに指摘された際は狼狽していた。それを含めたミーナの自分に対する積極的な行動には動揺を隠せない様子であったが、最終的には彼女の想いを受け入れている。地球圏防衛の最終決戦では、ミーナとソレスタルビーイング号の司令室に留まって、戦況を窺っていた。

小説版では、戦後にミーナと結婚し、子供が誕生しており、後に起きた統合戦争においてはその子供が中心的な人物として扱われている。