戦う前に破壊されたので実力は不明だったが、モバイルアプリ版ではクリア後にマグネ・ヒャクレッガーステージの隠し部屋に隠しボスとして登場する。ボスとしての性能はパーツを集めきれなかった場合に現れる、洗脳されたゼロと同じ。本物があっさり倒してしまったのは、洗脳状態では本領を発揮できていないか、本物が強すぎたかのどちらかだろう（本物の言うとおり本当に出来の悪い偽物だったのかもしれないが）。

能力

ダブルチャージウェーブ

両腕のゼロバスターからチャージショットを連続発射し、更にゼットセイバーを振り抜いて光波を発射する三段技。チャージ時間無しに連発してくるので火力が高く、正面から撃ち合うとエックスのダブルチャージショットすら撃ち負けてしまう。

後のシリーズでもゼロの攻撃は三連続コンボであることが多い。

アースクラッシュ

大地を殴りつけて瓦礫を散乱させ、真上の敵を攻撃する対空技。

ジャンプやエアダッシュで上を通過したり、壁蹴りでステージ上部に逃げると使用してくる。

なお、使用するとステージの床板が破壊される演出が発生する。

地面を殴りつける技はゼロのギガアタック（無敵時間の発生するエネルギー消費武器）として採用されることが多く、落鳳破、滅閃光、真・滅閃光、裂光覇、爆炎陣、天照覇など派生技は多い。

セミチャージショット

ゼロバスターのチャージ一段階目ショットを単発発射する。

ゼットセイバー（ビームサーベル）

ゼットセイバーを抜刀しながらダッシュし、エックスを壁に押し付けて斬り裂く運送技。

ガード

両腕を交差してエックスの攻撃を防ぐ。弱点武器以外は全て弾き返してしまう。

X4でのブラックゼロ

黒いカラーリングのゼロ。隠し要素として、プレイヤー選択画面であるコマンドを入力することで使用することができる。

なお、通常のゼロとの性能面での差は無く、ムービー中やダッシュ時の残像は赤いままである。

X5、X6でのブラックゼロ

ライト博士「ゼロよ…君の為のアーマーは作れないが…

眠っているパワーを解放できそうだ。」

ゼロ「ことわる…オレには必要ない。」

ライト博士「分かった…このカプセルに入るか、入らないかは…君の自由だ。

ただ、カプセルに入れば、セイバーの性能を引き上げ、防御力が上がるはず…

君なら、この力を正しい方向に…戦うべき敵に使ってくれると信じている。

あとは、君しだいじゃ。」

ゼロ「…………」

強化パーツであるショックアブソーバー・ショットイレイザー・ウィルスバスター（X5）・セイバープラス（X6）の能力が備わっている。また、アーマーを装備したエックス同様武器エネルギー消費が2/3になる。ダッシュした際の残像は専用の色（紫色）に変更される。

ショットイレイザーを持つため最初からセイバーが紫色。

あるコマンドをキャラ選択の際に入力する（X5、X6）か、零空間ステージ3～覚醒～に隠されたカプセルにゼロで入ると入手可能（X5）。

X8でのブラックゼロ

あるコマンドをタイトル画面で入力するか、2周目以降でゼロの強化率を100％にすると使えるようになる。

攻撃力が大幅に上昇する、ダッシュの距離が長くなる、歩く速度が早くなるなどと利点は多いが、X5、X6とは違い、防御力が半分に減少する。

名称は「？？？（Unknown）」。隠しモードのホワイトアクセルとは対照的。

コマンドミッションでのブラックゼロ

コマンドミッションのシステム「ハイパーモード」をゼロが使用するとこの姿になる。

名前もそのまま「ブラックゼロ」であり、カラーも従来の隠しとほぼ同じ。

防御力はほぼそのままで、活動限界も短いが、パワーとスピードが上昇する攻撃特化形態。

X Diveのブラックゼロ

スマホゲーム『ロックマンXDive』でも、Aランクキャラとして実像されている通常のゼロの上位互換キャラとして登場。

ランクはS。

使用技は滅閃光と雷光閃。

無凸状態だとやや扱いにくさが生じているが、4凸すると雷光閃使用時に相手のダメージを100％カットできるシールドを展開できるようになるといった恩恵を得るため、推奨戦力より上の難易度のステージもクリアしやすくなる。また雷光閃には相手を行動不能にする、滅閃光には壁もすり抜けて攻撃するといった性能もあり、実像されているキャラの中でも特に実用度の高いキャラとされている。