概要
現実世界における錬金術師たちは、卑金属から金を作ることを夢見ていたが失敗し、その研究過程が化学の礎となった。
『武装錬金』においても表向きはそういうことになっているが、実際は錬金術師たちは二つの成果を得るに至っている。一つは錬金戦団の使用する核鉄を闘争本能に呼応して特殊な武器に変身させる「武装錬金」であり、もう一つが「フラスコの中の小人」と呼ばれる人造生命体、ホムンクルスである。
ホムンクルスは胎児に似た姿をしており、これ単体ではフラスコから出ても消化器官を持たないため1日と持たず餓死する。ホムンクルスが活動するにあたっては生きた人間に寄生させる必要があり、ホムンクルスが脳まで到達した場合、その人間は一生ホムンクルスとなり二度と人間に戻れなくなる。（文庫版書き下ろし『武装錬金アフターアフター』において、錬金戦団が「ホムンクルスの細胞から作ったクローンにホムンクルスの脳を移植すれば人間として暮らせるのではないか」という研究を行っている旨がヴィクターの口から語られている）。
錬金術の基本が等価交換である以上、無からいきなりホムンクルス（幼体）を作り出すことはできず、何らかの生物細胞をベースに培養していく必要がある。
後述の食人性より錬金戦団からは駆除の対象と見なされており、人間を襲い次第、一切の弁明の余地もなく殺害される。そもそも錬金戦士の多くは、錬金術の存在を秘匿するという特質上、ホムンクルス災害における生存者または遺族により構成されている。
ただし物語終盤でヴィクトリア・パワードがホムンクルスになった経緯（ヴィクター・パワードへの刺客として当時の錬金戦団の手によって無理矢理ホムンクルスにされた）が明らかになった事により、ヴィクター達の悲劇を繰り返さない事を決意した錬金戦団が総力を上げて主だったホムンクルスの駆除を行い、人間に戻ったヴィクターが自らホムンクルスになる事を志願して生き残った蝶野一派やLXEの残党をよってまとめ上げたことにより、パピヨン以外の目立った活動をしていたホムンクルスたちはヴィクターの傘下に収まりいつの日か人間に戻れる日を夢見て月へと移住。
パピヨンは食人衝動がない事から見逃され、蝶人パピヨンとして自由気ままな生活を送ることになった。
生物的特性
ホムンクルスは極めて危険な生命体であり、人間を常食とする。
彼らは基本的に水も食料も、それどころか酸素すら生命維持に何ら必要ない超生物であるが、母体となっている「人間」に回帰するという盲目的な渇望を有しており、それ故に彼らは人間を殺し、その死体を貪り食う習性を有する。
その原理故か、人間を辞める気マンマンでパピヨンとなった蝶野攻爵はホムンクルス化直後に殺意によって食人したのを除いて自分の意思で食人衝動を抑え、以降も全く発現していない。
捕食に際しては動物型は口から摂取するが、人間型の場合は掌から一瞬で吸収することもできる。小説『//』によれば「年寄りは不味い」「子供の肉は集団の上位に献上するべき」といった嗜好があるとのこと。
そうした思考回路を有するホムンクルスが一定の指揮系統を有して徒党を組んだ場合は非常に厄介であり、大事故や自然災害に見せかけ、膨大な量の人間を一斉に捕食するといった最悪の事態を招くこともある。
また、先述した「餓死も窒息死もしない」という特性から推察される通り、彼らは基本的に殺されない限り死ぬことはない。ホムンクルスになった者はその時点から一生年を取らず、軽く数世紀はそのままの姿でいる。
更に彼らには驚異的な再生能力があり、体にある章印（ハートマークを上下互い違いに合わせたような形）を潰さない限り、どれだけズタボロにしても見る見るうちに身体がつながって再生してしまう。このようにホムンクルスは物理攻撃に対しては極めて高い耐久性を有する存在であり、同じく錬金術によって作られた物、すなわち武装錬金もしくは他のホムンクルスによる攻撃によってのみ倒す事ができる（そのため、斗貴子さんには死ににくいことを逆に利用されて痛めつけられたりしている）。
ちなみに人間型ホムンクルスの表皮は先述の特性上銃弾でも弾き返すほど頑丈であるが、皮下の筋肉や骨は高いところから落下すれば足が折れるなどそこまで頑健でもない。それでも人間と比べれば耐久性や回復力はあり、すぐに治癒するが。
そのため戦部は自らの戦意高揚のためにホムンクルスの死肉を食べていたが、斗貴子さんによれば「栄養などあるものか」とのことである。
なおホムンクルスに生殖能力があるのかは不明。恋愛感情はあるようだが。
分類
動物型ホムンクルス
動物型、と名前は着くが、実際は植物をベースにしても該当する。
彼らは普段は宿主と同一の姿に擬態しているが、捕食の際にはベースとなった生物を巨大化（その場合、ロボットのような形状になる）させ、その中から宿主の体（たいてい首）が突き出した不気味な姿に変形する。元の生物の形質を誇張して発揮しているため、コモリガエルやハエなどのように繁殖力の高い生物をモデルとしたホムンクルスは単為生殖も可能（ただしこうして生まれた「子供」には独立した自我を持つ様子が見られず、あくまで「親」の意志によって遠隔操作される「肉体の一部」としてのみ機能している模様）。
動物型ホムンクルスは宿主の記憶と人格を一応有しているものの、ホムンクルス本体の凶暴な人格がその大半を占めているため、宿主としての人生は寄生された瞬間に死亡したも同然となる。以降の動物型ホムンクルスは、本体が宿主っぽく振る舞っているだけに過ぎない。そのため、パピヨンの作ったホムンクルスたちはいずれも元々蝶野を見下していた人物を宿主としているが、ホムンクルスとなってからはショッカー怪人の如く忠誠を誓っている（特に最も完成度が高い鷲尾は、半ばオオワシの人格と鷲尾本人の人格が混和していた）。
このような性質があるので、ホムンクルスを駆除する錬金戦団側にとっても、ある日突然態度が一変した人などは「ホムンクルスに成り代わられたか？」と目星を付ける目安になる。中には巳田のようにホムンクルス化しても教職を続けられることができるくらいに高い社会適応力を持つ者もいた。
人間型ホムンクルス
ベースとなる幼体の細胞に、動植物ではなく宿主自身の細胞を使うホムンクルス。
いわばホムンクルスのエリート的存在であり、宿主の人格が完全に反映される。ただし食人嗜好までは無くならず、人間が捕食対象になるためか多くの場合は凶暴性が増してしまう。
人間の最大の特徴、すなわち自分の意思で道具や武器を作り使いこなす能力を有しているため、動物型の使用できない核鉄で武装錬金を生成することができる。ただ、核鉄は持ち主の「闘争本能」そのものの具現化のため、形質や姿は生前の物より凶悪な代物に変化する（よって、元々剣の武装錬金を使う錬金の戦士がホムンクルスになってもミサイルとかの武装錬金に変化するわけではない）。人間型の章印は心臓のイメージなのか全て左胸に刻まれている。
ただし、イレギュラーな形でホムンクルス化したパピヨンは弱点となる章印が存在せず（ただし作中の描写から、修復不能なほどのダメージを負えば死ぬようだ）、食人衝動も鳴りを潜めている。一見お得満載だが、患ってた不治の病もそのまま反映されたため、未来永劫死病に苦しみながらも、武装錬金及び他のホムンクルスにトドメを刺されない限り絶対に死ねないという苦しみも抱えている。
本人的には病の苦痛のデメリットより死を免れたメリットの方に重きが置かれているらしく、然程気にしている様子は無い。
ホムンクルス調整体
LXEが粗製乱造したホムンクルス。信奉者たちをドクトルバタフライが片っ端からホムンクルスに寄生させた成れの果てであり、様々な動植物の細胞を混ぜ込んで作ったため、白いとんがりコーンのような醜い化け物に成り果て、知能も完全に喪失してしまった。
多いのだけが取り柄で、銀成高校襲撃の際には捨て駒として使い潰され、カズキと斗貴子に枯れ葉のように消し飛ばされていった。
互いを捕食しあうことで巨大な蝶・成体に融合することもできる。
最終巻では錬金戦団の戦闘実験場でクローンが量産された。
作中に登場するホムンクルスに関する団体
以下、人間型は太字で表記
蝶野一派
序盤の敵である蝶野攻爵/パピヨンの作り出した20体（蝶野本人が21体目）のホムンクルス。うち1体は斗貴子に寄生した。
残る19体は蝶野が嫌悪した人物が無理矢理ホムンクルスにさせられてしまった姿であり、カズキと斗貴子に全滅まで追い込まれるも、蝶野がニュートンアップル学園から盗んだ技術によりクローン化された。
LXE（the League of eXtraordinary Elects）
超常選民同盟の名を持つ北関東のホムンクルス信奉団体。
赤銅島襲撃犯
小説『//』に登場したホムンクルス軍団。斗貴子さんの故郷である赤銅島を滅ぼした張本人であり、人間型ホムンクルス3体と動物型9体で構成されている。若き日の錬金戦団により、村全滅と引き換えに殲滅されたかに思えたが…。
邪空の鳳＜キング・オブ・ダークフェニックス＞
小説『/Z』に登場するホムンクルス軍団。人間型1体と、9体の翼持つ動物型で構成。飛行機を襲撃し、乗員乗客を全滅させてから撃墜、墜落事故に見せかけ始末する悪辣な集団。
その他
- ヴィクトリア・パワード
- ヴィクター・パワード（人間に戻った後自ら志願しホムンクルスとなる）
関連項目
ホムンクルス(鋼の錬金術師)：同時期に連載されていた似たような題材の作品に登場するホムンクルス。
鬼(鬼滅の刃)：同じくジャンプ漫画の、人ならざる者となった不老不死の人喰い怪物。「物理的手段での殲滅が極めて困難」「主人公陣営の正義の戦士をモトにした幹部の存在」など共通点が多い。
キメラアント(HUNTER×HUNTER)：こちらも同時期に連載されていたジャンプ漫画の、人間をベースとした様々な動物の力を持つ人喰い魔獣。ただしこちらは単にしぶといだけで物理的殲滅は可能。
