各マップに点在する洞窟に眠るアーティファクトと呼ばれるアイテム（難易度が上がると他のアイテムも必要とするものもある）、それぞれ対応したオベリスクに捧げる（ローカルプレイ以外なら各オベリスク以外にも空中から降りてくる支援物資の入ったビーコンや、洞窟内や海底に出現する戦利品クレートからも可能）ことで専用アリーナへと転送される。

サバイバーの強さを試す試験のようなもので、具体的に表示はされないが制限時間がある。テイムした生物を最大20体まで同伴させることが可能（むしろ生物同伴が前提）。但しギガノトサウルス等一部転送できない生物もある。どれも強力な為、生半可な装備と生物では攻略不可能。難易度は低い順にγ、β、αの三段階に分けられる。倒すとTEK装備、設備が解禁され、制作に必要なアイテム「エレメント」に加え、各ボスのトロフィーや旗を入手可能。

当然ながら全てのボスはテイムが不可能だが、1部ボスがフィールド上に出現するようになるMODもある。

ボス生物一覧（ネタバレ注意）

The Island、(The Center、Ragnarok、Valguero)

ブルードマザー

Broodmother Lysrix

巨大な蜘蛛。手下として人間大の蜘蛛「アラネオモーフス」を召喚する（その際腹部の先端から生み出しているため、名前通り母親である）。召喚に必要なアーティファクトは賢者、狩人、大物の三つ。昏睡値を上昇させる効果を持つ毒弾を撃ち出し、移動速度を低下させる糸を発射する厄介な相手。The Centerでは後述のメガピテクスと共に出現するが、Valgueroでは何故かボス戦からはぶられ、マップ上に野良で出現する。更にGenesis: Part1のとあるミッションでは他の生物と共に襲い掛かってくる。

メガピテクス

Megapithecus

顔の右半分と右肩に傷跡がある巨大なゴリラ。召喚に必要なアーティファクトは野獣、暴食、群衆の三つ。遠距離攻撃として岩を投げる。手下としてメソピテクス、ギガントピテクスを召喚する。ちなみに転送先のフィールドは石像が並ぶ中華チックな城だが、転送地点からメガピテクスがいる部分をつなぐ橋部分は左右の空白部分に転落すると即死するため、ソロプレイの際は転送地点に生物を待機させ、おびき出した方が安定する。

ドラゴン

Dragon

空を飛び、火を吐く伝説上の生物。召喚に必要なアーティファクトは狡猾、免疫、天帝、強者の四つ。ステータスが高いことに加え、上空を飛び回って銃器以外攻撃できなくなることがあったり、マグマに落ちる危険がある。さらに、ブレスにダメージ上限なしの割合ダメージがついており、どれだけ強力なペットでもあっという間に倒されてしまう。こういった点から、上記二体より難易度は高い。手下としてプテラノドンとディモルフォドンを召喚する。Ragnarokではマンティコアと共に（Valgueroでは更にメガピテクスも追加）戦うが、弱体補正で被ダメージが３．５倍になっており、フィールドもダメージや即死要素がない安全な仕様になっているので戦いやすくなっている。

監視者

Overseer

Islandのラスボスで、プレイヤーの左手首に埋め込まれた「インプリント」と同じ菱形のオブジェ。専用アリーナからはThe Island、Scorched Earth、Aberrationのマップが見える。手下として蟹のような風貌の「防衛ユニット」とジャイロヘリ型の「アタックドローン（一時期日本語訳では「ドローンを攻撃」なんてズッコケる様な表記になっていた）」を召喚する。召喚に必要なアイテムは上記三体のトロフィーで、それぞれに姿を変えて攻撃してきたところを撃破していく。今までの様な転送の前に上限突破したレベルの生物がワンサカいる洞窟を踏破しなくてはならず、更にこちらも（即死ではないが）通路の周辺にはマグマが流れているため、戦闘中に転落しないよう注意しなければならない。

Scorched Earth

マンティコア

Manticore

伝承では人面だが、ビジュアル面の都合か蠍の尾と翼を持ったライオンそのまま。召喚に必要なアーティファクトは岩山、門番、破壊者の三つ。ブルードマザーの毒弾と同じ効果の毒針を飛ばしてくるほか、ダメージ具合に応じて手下としてデスワームとロックエレメンタルを召喚する。ちなみに基本アルゲンタヴィスの様な飛行生物は一律転送不能だが、Scorched Earthではマップのウリだったワイバーンを活かすためか、例外的に可能になっている。また他マップでは倒すと死体が地面を突き抜け消滅してしまうため、所有する「エレメント」を回収できないバグが起きている。

Aberration

ロックウェル

Sir Edmond Rockwell

タコのような8本の触手を周囲に伸ばし、内臓が露出した異形の人型。その正体はプレイヤーの先輩サバイバー（つまり人間）で、フルネームはエドモンド・ロックウェル。19世紀のイギリス出身の錬金術師だが、「エレメント」に魅了され、プライドの高さもあって現地で接触した地球への旗艦を目指す未来人たちへの対抗意識から自ら取り込んだ結果、異形の怪物と成り果てた。召喚に必要なアーティファクトは深淵、陰影、追跡者の三つ。地上にあるオベリスクからではなく、マップ最下層の転送装置からボスアリーナへ転送される。周囲の触手を全部撃破して、ダウンしたところにむき出しの心臓に攻撃を仕掛けていくのが戦闘の流れで、触手から放出されるエネルギー弾や電撃で攻撃してくる他、手下としてネームレスとリーパーを召喚するため、弱体化させる発光生物が必須。また、アリーナ中央の巨大なプールは紫色の水で満たされているが、ギガントピテクスとは異なり、誤って落下することはない。

Extinction

アイスタイタン

Ice Titan

3本角の獣型で、近接では飛び掛かりや叩き付け、遠距離では雪玉や冷凍ブレスが武器。召喚に必要なアーティファクトは虚無一つのみ。デザート、フォレストと共に身体の各所にある汚染部位を破壊して気絶させることでテイムが可能で、単純なステータスはテイム可能なタイタンでは1番高く、飛び掛かりでの跳躍もあって移動能力も高い。防衛戦では延々叩き付けを繰り返してれば広範囲の汚染生物を瞬殺し続けることもできるが、フレンドリーファイアが発動している場合、護衛対象も巻き込んで破壊してしまう危険性もあるため注意。

デザートタイタン

Desert Titan

フライングマンタとも呼ばれるエイに似た風貌のタイタン。別名の通り浮遊しており、落雷（自分の汚染部位にも当たるため、利用すればテイムが楽）や手下として召喚する騎乗解除効果を持つ小型の眷属「デザートタイタンの群れ」で攻撃する（テイム後も召喚可能）。防衛戦ではピンポイントで落雷を叩き込めば結構汚染生物を処理できるが、範囲が狭いため拡散されると対処が間に合わなくなることもある。召喚に必要なアーティファクトは混沌ただ一つ。

フォレストタイタン

Forest Titan

別名ラオウ最終形態。召喚に必要なアーティファクトは成長の一つのみ。樹木の巨人を思わせる風貌で、周囲に毒を発する樹木を生やしたり、種子状の爆弾を散布する他、汚染部位を破壊して両腕を破壊することで北斗剛掌波よろしく手のひらから蔦を放ち、当たった獲物を引き寄せて投げる即死攻撃を放つようになる。手下としてフォレストワイバーンを召喚するが、こちらに攻撃しないばかりか、地面に降りた時に騎乗が可能な上、放つブレスは特効がある（時間経過か一定数ブレス発射で消滅。またテイム後は召喚不能）。他2体に比べ足が遅く踏破能力も低いため、テイム後中央の「サンクチュアリ」やキングタイタンとの決戦場に向かわせる際は地理的な高低差もあって向かうだけでも時間がかかるくらい移動が大変。それでも防衛戦で襲ってくる汚染動物達を蔦で掴んで投げ飛ばすのは爽快で、周囲への被害も少ないので、活躍の場は充分ある。

キングタイタン

King Titan

上記3種のタイタンよりも巨大なゴジラを思わせる風貌のラスボス。地球を汚染した「エレメント」の統括権を握っているため、実質的にARKそのもののラスボスといえる。「キング」の名前通り強さも伊達ではなく、ギガノトサウルスを複数体用意しても阻止不能なメガトンパンチやノックバック攻撃を始めとした格闘攻撃に限らず、隕石落とし、汚染生物の召喚などを駆使してこちらを滅ぼしにかかってくる。その戦闘力はあのギガノトサウルスですら紙切れ同然に蹴散らされるほどであり、タイタン以外では太刀打ち不能、というより最早戦いにすらならない。αに至っては見た目も大きく変わり、全身が機械のような見た目に変化し、被ダメージを90％カットする能力を付ける。プレイヤー側も4体の戦闘ロボ「MEK」を分解、合体させた「メガMEK」での戦闘が可能になる。召喚に上記三体のタイタンのトロフィーを必要とする。ちなみに、召喚コマンドはKingKaijuになっている。

Genesis: Part1

※本来は各マップに一体ずつ配置されていたが、とある理由でムーダーを残し削除されてしまった。これまでのボスとは異なり、ボスアリーナへの転送にアーティファクトを必要としない代わりに、一定数ミッションをクリアしなければならない。

海の支配者　ムーダー

Moeder, master of the Ocean

巨大なウツボ（かなり寸詰まりなので、バランス的にはオタマジャクシの方が近い）の姿をしたマスターAIと呼ばれる生物。HLN-A（ミニヘレナ）がムーダーのことを「彼女」と呼んでいるので性別は雌のようである（そもそもボス生物に性別という概念があるのかということ自体不明）。手下として出現する子ウナギを全て殲滅すると姿を現し、ダメージが通るようになる。フィールドは深海扱いになるので、利便性にかまけてバシロサウルスを連れて行くとダメージを受けてしまう。高い攻撃力を有するトゥソテウティスはもちろん、他のマップでは使いづらかったモササウルスがこちらではその力を存分に振るえる。

汚染された支配者

Corrupted Master Controller

「最後のテストへようこそ。ここが、君の人生の終着点だ。さあ、精々足掻くがいい。敗北は不可避だ」

Genesis: Part1における最後のテスト。何者かにハッキングを受け、乗っ取られた。討伐も今までのボス生物よりもかなり面倒。まず戦闘は全四ステージからなり、手下として召喚するアバター生物を倒すことで入手可能なコードキーを専用の端末に差し込み、マスターコントローラーのアーマーを破壊することで次のステージへ移行できる。アーマーを顎の辺りまでしか残らなくなるほど破壊することでようやくマスターコントローラー自体にダメージを与えられるようになる。しかし本体はシールドに覆われており、ダメージを与えるにはコードキーを端末に差し込んでシールドを解除しなければならず、また銃火器でしかダメージが通らない上、一定のダメージを与えると再びシールドを展開してしまう。

続編であるGenesis: Part2にも引き続き登場。こちらはアストロデルフィスのビーム攻撃でアーマーを剥がすことで攻撃が通るようになるが、一定時間経過すれば再びアーマーに包まれる。

Crystal Isles

クリスタルワイバーンクイーン

Crystal wyvern Queen

Crystal Islesのボス。通常マップのボス複数が基本だったカスタムマップとしては初のオリジナルボスとなる。見た目は巨大なクリスタルワイバーンHeirといった感じで、まさしく「クリスタルワイバーンの親玉」。

トロピカル、ブラッド、エンバーのものと同様のブレスに加えて、専用の騎乗貫通効果付きブレスも持っている。羽ばたきも大型生物を軽々と吹き飛ばすほど強力になっている。

最大の特徴として、クリスタルワイバーン純血種を召喚する能力を持つ。この召喚が特殊であり、そのものを召喚するだけでなく、なんと受精卵の形で落としてくる。この卵は時間経過で孵化し、生まれたクリスタルワイバーン純血種は急速に成長。生まれたてでは歩くことしかできずダメージも受けやすいが、成長すると飛翔するようになり、受けるダメージを軽減するようになる。

Genesis: Part2

※ラスボス戦のみ一定数ミッションをクリアしておく必要がある。

実験ギガノトサウルス

Experimental Giganotosaurus

ミッションボスの一体。触手を生やしたギガノトサウルス。ボス戦前に予めポッドから生物を多く救出しておくことをお勧めする。噛みつき攻撃には出血効果が付与され、口から酸性の液体を吐きかけ、更に追尾式の棘を無数に発射する。

巨大サモナー

Macro-Summoner

ミッションボスの一体。サモナーの大型個体。攻撃方法は通常のサモナーと同じく棘を発射する。討伐の仕方が非常に面倒で、取り巻きのサモナーによってシールドに覆われているのでシールドを剥がす必要があるが、その取り巻きもシールドを張っているので取り巻きの色に対応したスイッチを踏んで作動させる必要がある。

以下、ネタバレ注意！！

ロックウェル・プライム

Rockwell Prime

「ここは私の支配する領域だ。今より私の全ての機能を、貴様を殺すためだけに集中させる。茶番は終わりだ。ここが貴様の終焉と知れ！」

Genesisにおける全ての元凶かつARKの真のラスボス。正真正銘エドモンド・ロックウェル卿御本人。Part1でムーダー以外のマスターAIを削除し、マスターコントローラーを乗っ取った張本人。ジェネシスシミュレーションを利用して自分に忠実なサバイバーを創り出し、世界を支配するのが目的。最終決戦に臨むにはマップ左側の肉塊だらけの地下空間の最奥に位置する心臓の真下にあるターミナルにアクセスする必要がある。船の中枢へ向かう道中、複数の頭が喋りかけてくる。そして中枢へと辿り着くと大量の触手が一斉に生えて攻撃してくる。Aberrationのものと同じ形の触手を数本破壊すると、ロックウェル・ノードと呼ばれる分身が一体姿を現すが、ほとんどの攻撃を無効化または軽減する。しかし、HLN-AがExo-MEK入りのコンテナを出現させる。ノードの防御を貫通できるが、体力とエネルギー容量が低いのが弱点。しかし、放置すれば充電されるのでエネルギーの心配はあまりしなくていい。ノードを全部で四回破壊する必要があるが、一度破壊した瞬間にエリアの一部が酸性の液体に覆われ、サモナー、変異サバイバーが出現する。ノードを全て破壊することでようやく本体にダメージを与えられるようになる。