3DSの『ポケモンバンク』・スマホアプリの『ポケモンGO』・そしてスイッチの『ポケモンLPLE』(以下、LPLE)と『ポケモン剣盾』(以下、剣盾)と連動し、穴埋めすると地方図鑑の登録、説明の閲覧が出来る。7世代以前のポケモン及びポケモンGOとLPLEで捕まえたポケモンをポケモン剣盾に連れていくことが可能である。

ただし、LPLEの相棒ピカチュウと相棒イーブイ、GOに登場するコスチュームポケモン、シャドウポケモン(ポケモンGO)は不可（リトレーンしたライトポケモンや、帽子をかぶったサトシのピカチュウは可能。ただし、ライトポケモンは通常の個体になってしまうため注意)。

2020年 11月11日よりポケモンGOと連動開始、ただし一度に最大50匹転送が可能だったLPLEの時とは異なり、ホームへ連れ出せるポケモンは一度に25匹、さらに転送エナジーの上限内と定められている。転送に必要なエナジーの量は種類によって異なり、色違いや伝説のポケモンなどの貴重な個体は必要エナジーが多くなる。例えば色違いかつ伝説のポケモンの場合、1匹送るだけでエナジーが満タンから空になる。ポケモンGOでは一部の種類や伝説ポケモンの色違いなどがやり込み次第で複数捕獲可能なため、恐らくそうした個体の稀少性の高さを保つための調整と考えられる。

使い切ったエナジーは1週間で満タンになる。今すぐ充填させたい場合はゲーム内のポケコインを消費する必要がある（最大1000ポケコイン）。

剣盾ではシーズンパス形式、パッケージ版限定の一体形式でDLCが双方で提供されているが、こちらは従来のサブスクリプション形式になっており、ポケモンバンクでは年間500円プランのみだったが、以下に挙げる複数のプランで提供される。(ポケモンバンクにおける12ヶ月プランから実質的に値上げしているが)

預けられるポケモンの総数がフリープランでは30匹までだが、有料のプレミアムプランでは6000匹まで可能。サブスクリプション単位は1ヶ月、6ヶ月、12ヶ月(1年間)の3つ。

プレミアムプランからフリープランに移行した際、直近に預けた30匹がフリーボックスとなり、この30匹の出し入れは可能である。それ以前に預けたポケモンは再加入しないと閲覧・引き出しができない。

なお、お支払に関してはスマートフォンの場合はGooglePlay(スマホアプリのみ)の残高でもニンテンドーアカウント(連携済みのニンテンドーネットワークID共通のもの)の残高でもどちらの方法でも支払える。

また、一度バンクからホームへ連れて行ってしまうとSwitch本編より前の作品へは戻せなくなるのは本作でも同様。(ポケモンのデータの互換性上)

ポケモンバンクから送り出したポケモンは元の場所には戻せないため、LPLE以降の作品で解禁されていない、または連れて行けるソフトを持っていない場合ポケモンを下手に送ってしまうとボックスから動かせなくなってしまうので注意が必要（もちろん、登録できるポケモンのコンプリート＝ずかん完成を目指すのであれば連動で連れていけないポケモンであっても持ち込む価値はある）。

剣盾以降の本編間では、その本編ソフトに登場するポケモンであれば過去作とも互換がある。(例:SV産のピカチュウを剣盾/BDSP/LAに預けることが可能)

ただし、覚えている技に関しては、ソフト毎に別々にデータが保持されているため、ポケモンを別のソフトに移動させた段階で違う技になる可能性があり、場合によっては思い出し機能を利用する等して調整する必要がある。

『LPLE』に関しては少々特殊で、一度も剣盾以降の本編ソフトに連れ出ししていなければ、一度ポケモンホームに預けても『LPLE』に帰還させることができる。

ポケモンホームの全国図鑑を埋めるため、あるいはボックスの預けた数を水増しして獲得できるポイントを増やすため、『LPLE』で持て余しているポケモンをとりあえずポケモンホームに移動させておくことも可能。

逆に言えば、一度でも剣盾以降の本編ソフトに連れ出ししてしまうと『LPLE』には戻せなくなるので、利用したい方は注意が必要である。

ちなみに、ポケモンホームを開始するとピカチュウが、スマホ版を初めて起動するとカントー御三家のうちの選んだ1匹がはじめからボックスに入っている（カントー御三家は隠れ特性持ち）。サービス当初は、ヒトカゲ系統は剣盾で入手できたので、スマホ版の御三家は余程でない限り残りの二つから選ぶことが推奨されていたが、他の系統も（期間限定ではあるが）剣盾内で実装され、入手することができたので、現在はどれを選んでも構わないと言われている。加えて、ヒトカゲに関しても、ストーリー中では入手できない「サンパワー」持ちであるため、選んでもそこまでデメリットはなかったりする。

『BDSP』および『LEGENDSアルセウス』とは2022年5月19日より連携開始。

ポケモンホームを介して『剣盾』ともポケモンのやり取りができるようになったが、『BDSP』では初期にポケモンを無制限に増殖・生産させるバグが猛威を振るっており、それによって生み出されたポケモンが流入する可能性があることを心配されたが、2022年2月22日の更新プログラムの対戦・交換にて「本来意図されていない方法や、不正なチートツール等による改造手段で入手した一部のポケモンが、通信交換や通信対戦で使用できなくなる対応をしています。」とのこと。

BDSP及びLEGENDSと剣盾とLPLEの互換等の特殊な仕様やルール(特にBDSPとLPLE)があるとのこと。詳しくは公式サイトや各作品の記事にて。

2022年11月18日に発売の『ポケモンSV』も対応した2023年2月1日に第1弾の連携が発表され、ランクバトルの確認ができるようになった。

そして2023年5月18日、公式から近日中に連携するという情報が発表され、5月30日に解禁されることになった。

ポケモンの交換

ミラクルボックス

世界中の人とランダムにポケモン交換を楽しむことができる機能。交換に出すポケモンを預ければ自動的に交換されていく。フリープランは3匹、プレミアムプランは10匹まで選択できる。

GTS機能

Wi-Fiを使ってポケモンを交換できるシステム。ポケモン剣盾にはGTSが無いため、第8世代を含めたGTSはこちらを利用することになる。

今作は、スマートフォンさえあればソフトやスイッチ本体を持ち歩かなくても、いつでもどこでも身近の人でも世界の誰かでもポケモンの交換が可能である。

これまでのGTSと同様幻とふしぎなおくりものにて配布されたプレシャスボール個体のポケモンは交換不可となっている。また、今回から預けたポケモンに特性が表示されるようになったため、隠れ特性が欲しいプレイヤーにとってはかなりありがたい仕様となっている。

グループ交換

最大20人のグループを作り、集まった人たちで一同にポケモン交換をすることができる機能。

グループ内の誰のポケモンがもらえるかは交換するまでわからないので、ランダム要素を楽しむことも出来る。

グループを作る事ができるのはプレミアムプラン加入者のみ。

フレンド交換

近くのフレンドと交換をする機能。現在では（一時的な措置の可能性があるが）遠距離での交換もできる。1日10回まで可能。

なお、七世代以前のGTSと異なり、ポケモンホームを利用したポケモン交換では通信交換による進化ができないため注意。(例:ゴーストをホームのGTSで交換してもゲンガーには進化せずゴーストのまま)

全国図鑑

ポケモンボックスにポケモンを預けることで、全国図鑑にポケモンが登録されていく。フォルムチェンジは勿論、メガシンカが設定されたポケモン、キョダイマックスマークが付いているポケモンを預ければそれぞれのすがたも登録される。

表示されるポケモンの画像は、公式イラストを3Dモデルでできるだけ再現したものになっている。

登録されたポケモンの情報はSwitch版とスマートフォン版双方で見る事ができる。ポケモンXY以降でそのポケモンが図鑑に登録される本編ソフト全ての解説文を見ることができる(サトシゲッコウガなど一部ポケモンには図鑑解説はない)。一部例外もあり、剣盾のイッシュ3龍やレジ系3種などは本編ソフトでは登録が無いものの、説明文をホームの全国図鑑で見ることができる。スマートフォン版ではこれに加えてポケモンの覚えるわざやとくせいの一覧も確認できる(各世代で廃止された技の情報も残っている)。

ただし、アーマードミュウツーやコピー御三家といったポケモンGOから送れない姿違いもあるので注意(この他、作中のイベントだけで未配信に終わったAZのフラエッテ、バンクに預けられないギザみみピチュー、おきがえピカチュウ、外伝産のダークミュウツーやダークルギアなど、大人の事情でデータがないポケモンもいる)。

また、スマートフォン版では登録済みのポケモンたちの「たかさ」を比較できる機能がある（個々の図鑑画面のたかさ表記をタップ）。1.5mほどの人型のスケールも用意されている。「この『たかさ』って体高なの？全長なの？」と悩むポケモン絵描きにとっては地味ながらも非常にありがたい機能となっている。稀にポーズや角度のせいで大きさがわかりづらくなっているポケモンがいるのはご愛嬌。

メガシンカやキョダイマックスが登録されていればその状態の大きさも確認可能。特にキョダイマックスやムゲンダイマックスさせたムゲンダイナをずらっと表示させると通常ポケモン達や人型スケールはもはや豆粒。圧巻の眺めである。

2021年6月のスマートフォン版のアップデートにてポケモンのモーション確認機能が追加された。タップでモーションを発生させられる他、好きな方向にポケモンを回転させることもできる。ただし確認できるのは通常形態・各種姿違い・メガシンカのみで、ダイマックス・キョダイマックス・ムゲンダイマックス・ステラフォルムテラパゴスは不可。

なお、ポケモンホーム内で全国図鑑を完成させると、スマートフォン版に500年前の姿のマギアナがプレゼントされる。

1から集めようとすると中々骨が折れるが、実はポケモンバンクからポケモンを輸送した時にポケモンバンクに入っている図鑑データがポケモンホームにも記録されるので、ポケモンバンクでしっかりポケモンを集めていればそんなに苦労しない他、剣盾等に連れていけないポケモンを無理してポケモンホームに送る必要はない。

さて、姿違いのポケモンを全て図鑑登録しようとなるとかなりの根気がいる。

というのも、姿違いのポケモンはそれぞれの姿を預けないと全ての姿が登録されず、更に、現在では入手困難なポケモンや通常プレイで入手ができながらも、収集に手間が掛かるポケモンが数多くいるからであり、次のような例がある。