　このサービスが設立したきっかけはウィキペディアにおける「イオンド大学( 過去存在した組織、いわゆる大学とは異なり、お金を払えばだれでも『学位』を購入可能なディプロマミルと呼ばれる組織であった )」の記事において、ウィキペディア側の編集者がイオンド大学側の主張を全面的に認める編集をしたことに際し「悪徳商法?マニアックス( 1997年から存在する悪徳商法の情報を収集するサイト、2013年以降更新がストップしており、掲示板も削除されている )」管理人「Beyond」氏が激昂、2007年に「信頼に足る日本語の百科事典を作らなければならない」と主張して新サイトを設立したことにある。

ルール

　このサイトにおいては通常のインターネット百科事典に存在するルール、「中立的」「両論併記」と言った方針を全否定しており、「少数派の意見を尊重する」をモットーにしている。

　そのための特に特徴的なルールが「先編集権」「フォーク」である。

先編集権

簡単に言えば、最初に記事書いたもん勝ちルール
具体的には「編集合戦が発生した場合、最初にその文を書いた人が先編集権を主張していた場合、後の編集者はその指示に従わなければならない」ということである
運用としては先編集権を主張されている記事に情報を追記したり修正したい場合、先編集権を主張している編集者と話し合った上でどちらを載せるかを決定する
本来は編集合戦防止のためのルールである
また、この権利は表記ゆれの解決策としても用いられることがある。
話し合いがうまくいかない場合は、後述の「フォーク」が使われることになる

フォーク

先編集権により議論の決着がつかない場合、「同名別内容の記事」を作成することが認められている
記事の名称は「記事(番号)」となり、これが「記事のフォーク」、すなわち「記事がフォークのように分岐している状態」である
本来は編集合戦の発生によりこの状況は発生する
ところが編集合戦が発生有無にかかわらず、このサイトには同じ名前で全く別の主張をしている記事のフォークが多数存在する

ソースの扱い

他のインターネット百科事典と同様、記述にはソースが必要となる。
ソースとなる資料はwikipediaなどよりも広く、自費出版された文献、ブログ、電子掲示板の書き込みもソースとして認められる。
ただし、「匿名掲示板の評判」はソースとして認められないと明示されている。

権利の保護

各種権利の保護は重要視していない節が見られる
特に未成年の権利に関しては未成年者を保護するための検閲をしていませんと主張している

内容の保証

サービス側ではあらゆる意味で情報の正確性を保証しません。と断言している
利用は自己責任であるとされる

現状

　このような崇高な目的やルールを持っているにもかかわらず、現状はといえば一言で言えばカオス。これに尽きる。

　この状況は以下の問題点が存在するからであり、そのため本来の役割である「活発な議論の場を提供する」目的は果たされていないように思える

ルール上の問題

　大まかなルールは存在するものの、実際に運用するための詳細なルールが未整備であるため、ルールを悪用するユーザーが氾濫する状況となっている。

複数アカウントや荒らし行為とみなされアカウント停止されたユーザーの権利も保証されている
- 追放されたユーザーに関しては権利も保証されないが、実際にこの処分を受けたユーザーは存在しない
- そのため「利用規約に抵触した記事を編集する場合」、「各種理由でアカウント停止されたユーザーの記事を編集した場合」の先編集権が使用できると解釈されている点である
また、記事の削除の依頼も外部サイトを使用することになっているなど、ルールが古い点が存在する

管理人

　このサイトを管理すべき管理人は、目的やルールを自覚すべきであるが、それができているのかは疑問である。運営仕事しろ。

基本的にユアペディア管理人は、「自分自身の個人情報や誹謗中傷といった自分に関する悪質な編集」以外の一切の荒らし行為を規制していない
そのため、Yourpedia上にYourpedia自身のルールに抵触する記事が存在している状況となっている

ユーザー

　このサイトを編集しているユーザーの側にも問題が存在する。

ユーザーの数自体が他のインターネット百科事典よりも少なく、サービスの目的や理念といったものを理解しているユーザー自体が少ないため、「先編集権」「フォーク」と言った独自の制度も「皆が好き勝手に自分の主張をしているだけ」状態となっている。
その為に上記の先編集権と言った規約が健全に運用されているとは言い難く、規約無視による編集合戦が勃発するケースが後を絶たない。
他のインターネット百科事典などで編集権をはく奪された悪質な編集者が多数流れ込む( これは「Yourpediaは何ではないか」に明確に違反している行為であるが、管理者自体がすでに違反している可能性も )事態になっており、記事内容については全く精査されていないに等しい。

問題のある記事

　少数派の意見を重要視するなどの特殊ルールのため記事の内容には以下の問題が存在する。

一般的、あるいはYourpediaのルールに抵触する記事に関してもユーザーが「先編集権」を振りかざし編集できない事例が存在する
そういったユーザーの場合は管理者に報告しアカウント停止すればいいが、記事はどうしようもなくなると思われる。
犯罪行為にまつわる記事では特に未成年加害者の実名が怨恨まみれに記述される（この類の記述に関しては誤情報が含まれている可能性もあるため、尚更問題視される）。
アンサイクロペディアやChakuwiki等ユーザー層が被る(と思われる)サイトに関する項目は、ほとんどが個人的な怨恨だけで作成/編集されている。
気に入らない管理者を中傷するため、架空の犯罪歴をでっち上げたり無関係な住所氏名連絡先を記述する等の犯罪行為も後を絶たない。
犯罪にならないレベルでも「○○は彼のソックパペット」と虚偽の情報を流すなどの中傷行為が確認される。エスカレートすると一般企業や宗教団体まで「ソックパペット認定」としてカテゴリを付けて回る例も。

上記の理由で他への誹謗中傷が盛んなサイトとしての側面を持ち、かと言って管理者側が中立性を無視して無期限ブロックを施す為に荒らしや誹謗中傷に完全に特化していない側面もある為に、どっち付かずの中途半端なサイトになってしまっている。

姉妹サイト

　姉妹サイトとして電子掲示板上に存在するコピペやAAを収集するサイト、コピペディアが存在し、リンクしている。ところが、このサイトも実際のところ管理されておらず、このサイトの分室状態のような利用がされている。

pixivに関して

　このサービスにおいてはpixiv関連の記事も存在するが、その大半はユーザーに対する誹謗中傷に近い記述である。

不快だからと言って、pixiv内でアカウントを所得して記事内に書かれているユーザーを注意・誹謗中傷を行った後に執筆者隠匿のためすぐ退会する、故意に該当ユーザーを退会に追い込む行為も荒らしとして扱われる。該当記事には掲載基準は「目立った問題を起こした記事が多い」「問題行為の謝罪すらできない」「1年に数回以上同じ問題を起こした」の3つを条件を満たしているユーザー程度に留めるべきとの注意書きがある。

因みにウィキデュッカやYsmwikiにもpixivユーザー関連の記事がある。