新型コロナウイルスによる肺炎は衛生状態が決していいとは言えないフィリピンにも早期に上陸。たちまち感染者が急増していった。2021年3月には、フィリピンからの日本入国希望者に感染者が出る。だがこの頃になると、米・英・露とちょっと出遅れて日本のワクチン開発が治験の最終段階に入っており、5月にロシアの『スプートニクV』を皮切りに予防ワクチンが次々と承認されていった。

ワクチンには悪質なデマやメーカーによる選り好みなどもあり接種は進まなかった。苛立った彼はテレビの記者会見で、

「おとなしく予防接種するか、豚箱行きか、好きな方を選べ」

と、フィリピン国内でのCOVID-19封じ込めにも強権的な姿勢を前面に出した。

その一方で、自らと国会議員200名の1ヶ月分の報酬、計約1億円相当をCOVID19対策の為のプール金として国庫に返納している（時系列的にはワクチンよりこちらが先だが）。

WHOを介し中国企業のシノファームから1000万を超えるワクチンを調達、その後も日本、アメリカなどからファイザー、アストラゼネカのワクチンを調達した。

自身はシノファームをブースターを含め3回摂取を公表するなどワクチン政策を進めている。

外交関係

麻薬対策など国内の超法規的措置を巡って欧米と対立関係にあり、人権を重視しない中国、ロシアとの関係を強化している。

プライドが高く激高しやすい性格と言われており、バラク・オバマ元大統領には「売春婦の息子」、潘基文国連事務総長には「バカ野郎」、フランシスコ1世ローマ教皇には「二度と来るな」と言い放つなど、国際的な批判にも瞬時に中傷で「応戦」する。

特にアメリカに対しては、かつて植民地支配を受け、現代でも国内に米軍が駐留（前政権の置き土産）しているという事実が非常にプライドを傷つけられるらしく、何も言われずとも度々「反米」を公言している。一方で、ドナルド・トランプが大統領に就任してからは、同士による首脳会談やアメリカ軍と共同してイスラム主義組織であるアブ・サヤフの撲滅 (マラウィの戦い) を行うなど、比較的友好な関係が築かれている。

フィリピンの歴代大統領はコハンコ財閥を始めとする財閥の息がかかっており、エリート層による汚職の黙認が相次いでいた。その財閥はアメリカと密に繋がっており、対米従属の政治を続ける限り財閥の力が弱まることはない。このような背景もあり、ドゥトルテ政権は反米に拍車をかけることになる。

対日関係

下記に示すインフラ整備などでは日本からの導入を積極的に進めており、その事もあって割と良好である。2016年にはトランプ米大統領に続いて来日し、安倍晋三首相と会談。友好関係を示した。

2017年、この頃あちこちに出現して問題になっていた従軍慰安婦追悼像を中国系の団体が半ばマニラ市長を騙してマニラ湾臨海部の公園に設置。この像は有名な韓国のそれとは意匠が異なるが、既成事実化する中国の目論見が見え見えだったため、2018年4月に配管工事のどさくさに紛れて重機でぶっこ抜き、しばらく行方不明になっていたが、最終的には設置した中国系市民団体に、

「二度とこんな汚物を我が国に持ち込むな(超意訳)」

と突き返したという。

しかし設置する側も懲りずに、今度は2018年には郊外のラグナ州にあるサンペドロ市に、韓国・堤川市との友好の証とうそぶいて設置を目論むが、これは大統領ではなく、サンペドロ市長が「知らん…何それ…怖…(超意訳)」状態になったらしく、2日で撤去。

2019年、再びマニラ市内に、今度はとうとう皆さんおなじみのあの像が出現。ただ、今回ばかりは設置された場所が私有地内だったため、流石の彼も、

「憲法で保証された表現の自由の範囲内だ」

と強権的な撤去を断念。だが、合わせて、

「すでに議論された問題を不当に政治問題化することは控えるべきだ。いずれにせよ、日本は補償を含め過去の行為について心から償っている」

(要約：「だからフィリピンを巻き込もうとするんじゃねェ。次は無ェぞ」 )

と発言し、その後フィリピン国内でこの手の像が建てられることはなくなった。