概要
国家のトップシークレット級の情報規制が敷かれているため正式な位置は非公開である。
絶海の孤島にして難攻不落の刑務所。世界最高峰のセキュリティーシステムと世界中から選りすぐられた看守により厳重な監視体制がしかれている。
アルカトラズ刑務所でさえも南波刑務所に比べれば穴だらけ隙だらけと言われるほどであり、脱獄できた囚人は誰一人といないとされている。
恒例行事として年明けに新年大会が開催される。
外装、構造など
天守閣をイメージさせる建設構造であり、刑務所全体の色使いもカラフルである。
刑務所全体が分厚いコンクリートで覆われているため、刑務所外へ脱走することはほぼ不可能である。
中心に本部があり1舎から13舎まで枝分かれしており、看守が移動する際はモノレールを利用する。
それぞれの舎ごとに特徴があり、例えば5舎は中国風の建造であり食事も中華料理であるなど食生活にも凝っている。
娯楽施設（ただし看守専用）や新年大会の舞台となる競技場などがある。
刑務所とは思えないほど全体的に雰囲気が明るい。囚人部屋や食堂に清潔感があり、（余程の罪を犯さない限り）囚人に対する扱いはそれなりに親切な様である。
ちなみに13舎13房は畳部屋であり面積もかなり広い。
一方で脱獄囚には容赦が無く高圧電流や液体窒素噴出口など下手すれば命が無い危険なトラップも多々仕掛けている。
また、刑務所の内部構造も迷路のように複雑な構造となっており、方向音痴の大和が度々迷子になっている。
看守長の出張専用のヘリコプターと離着陸用のヘリポートがある。
新任看守を送迎する際はクルーズ客船で南波刑務所まで送迎する。
ナンバカの舞台は近未来（報告書の日付に20XX年とある）であるため南波刑務所の技術面は現代に比べてかなり進歩している点がある。
看守及び囚人
本部
看守長：百式百子
放送局部長：一声三鶴
1stGATE：五町
1舎＜通称：工業の1舎＞
主任看守：一条兎万兎
副主任看守：ロロット
看守：不明
2舎＜通称：金銭の2舎＞
主任看守：弐壊道帝牙
看守：不明
3舎＜通称：勉学の3舎＞
主任看守：三葉キジ
副主任看守：不明
看守：アハト
4舎＜通称：教育の4舎＞
主任看守：四桜犬士郎
副主任看守：百夜玄狼
看守：双六仁志
囚人：10房ムサシ
5舎＜通称：鍛錬の5舎＞
主任看守：悟空猿門
副主任看守：八戒猪里
囚人、8房：リャン、ウパ、チィー、地下牢獄：悟空猿鬼、五浄流河、八萬
6舎＜通称：恐怖の6舎＞
主任看守：ダミアン
副主任看守：不明
看守：不明
囚人：不明
7舎＜通称：夢の7舎＞
主任看守：七色虹升
副主任看守：不明
看守：不明
囚人：不明
8舎＜通称：芸術の八舎＞
主任看守：八摩多大蛇
副主任看守：不明
看守：不明
囚人：不明
9舎＜通称：運命の九舎＞
主任看守：九尾狐異ノ助
副主任看守：不明
看守：不明
囚人：不明
10舎＜通称：免許の十舎＞
主任看守：十箱辰三
副主任看守：不明
看守：不明
囚人：不明
11舎＜通称：宇宙の十一舎＞
主任看守：リアン・エイ11号
副主任看守：不明
看守：不明
囚人：不明
12舎＜通称：太陽の十二舎＞
主任看守：スカラー・B・ケペル12世
副主任看守：不明
看守：不明
囚人：不明
13舎＜通称：不明＞
主任看守：双六一
副主任看守：五代大和
看守：七夕星太郎
囚人、11房：九十九、 13房：ジューゴ、ウノ、ロック、ニコ
その他
医務室
御十義翁、御十義飾、神八
