マダラは柱間に敗れた後に、うちは一族の力に関心の強かった千手扉間が自身の遺体を処分しないであろうことを読み、自身の左目の写輪眼にうちはの禁術の1つ「イザナギ」が時間差で発動するように転写封印を起動させて復活した後、戦いの中で食いちぎっていた柱間の体の肉片を自身の体に移植し、輪廻眼を開眼することに成功する。

その際、黒ゼツはイザナギで蘇生する前にマダラの中に入り込み、オビトが拾われるまで潜んでいた。

輪廻眼の開眼者が現れるのをずっと待っていた黒ゼツは、マダラにあたかも自分が彼の意思であるかのように思い込ませ、第四次忍界大戦でマダラの体を奪い、遂にカグヤを復活させた。

人物

地面にまで届くほどの長い白髪と、頭に2本の角を生やした神秘的な外見をしている。

ナルトとサスケに我が子の面影を見出し涙を流すなど、ハゴロモとハムラに母としての情は持ち合わせていたが、その愛情は二人を自らの所有物と称して二人の意思はほぼ無視したもので、封印されたことに対しても強い憎悪を持つなど、内面は酷く歪んでいる。

六道仙人曰く「鬼」と呼ばれており、ナルトも「心が無いようだった」と語っている。

六道仙人は「チャクラの実を口にした時に何かが始まっていた」とも推測した。

本編

最終決戦においては額の輪廻写輪眼による時空間移動や、一撃必殺の「共殺の灰骨」を駆使してナルト達を追い詰める。さらに封印を逃れるため、六道仙人から封印の鍵を授かった片方であるサスケを別空間に隔離。

しかし、六道仙術を開花したナルトの多重影分身による物量攻撃で時間を稼がれ、その間にサクラの力を借りたオビトによりサスケを連れ戻され合流を許す。

高重力の空間に誘い込み二人を灰骨で抹殺せんとするが、飛び込んできたカカシとオビトが盾となり、さらにオビトが神威でカカシを守ったことで、どの道死ぬ運命だったオビトを葬るにとどまる。

しかもこれが仇となり、六道化したことで瞳力の増大していたオビトが魂となってカカシに憑依、万華鏡写輪眼の力を貸し与えたことで神威が再び使用可能になる。

その間にナルトの攻撃で黒ゼツの寄り添う左腕を失い、続く仙法・超尾獣螺旋手裏剣で暴走しかかるもどうにか尾獣を安定させ、膨張求道玉で空間もろとも抹殺にかかる。

真っ先にカカシを灰骨で葬らんとし、完成体須佐能乎は粉砕したものの肝心のカカシは右目の神威によるすり抜けで回避された事で、逆に彼の「神威雷切」で右腕を切断されてしまう。

その間にナルトとサスケが左右から迫って来るが、左手側のサスケは影分身の変化であったことを見抜いていたカグヤはそちらに灰骨を放ち、ついで右手側のナルト本体には地上に縫いとめられた黒ゼツが灰骨を放つが、落下するカカシが間髪入れず左目の神威を発動して妨害する。

さらに待機していたサスケが「天手力」で崩壊する分身ナルトと入れ替わり、左右から迫る２人から逃げようとする。一瞬「天ノ御中」で氷の世界に移動しようかとも考えたが、サスケが炎遁を使えることから断念。

直上へ飛行し回避を試みるも、まさにその瞬間、待ち構えていたサクラが渾身の鉄拳を叩き込んでその場に押しとどめ阻止。

「またしても……このチャクラの祖であるワラワが……このような分散したチャクラ共に敗れるとは……」

「何故だ……！！！？」

そのまま２人の持つ陰陽の印を打ち込まれ、「六道・地爆天星」により始球空間にて新たな月として封印される。

さらに黒ゼツもナルトによって共に封印され、次なる復活は絶望的となった。

疾風伝でのオリジナルエピソード

原作ではカグヤの過去は不明だったが、疾風伝でのオリジナルエピソードとして放送された。

神樹を追うように地球へと漂着し、当時の世界における祖の国の国主テンジに拾われて結ばれて2人の子を身ごもる。しかし、以前から祖の国と領土問題により敵対し、挑発を繰り返していた華の国が、和平交渉のために華の国に出向いていたテンジや重臣たちが留守の間に祖の国に侵攻、カグヤが匿われた屋敷も攻め込まれるが、彼女は瞳術で敵兵を殺戮した。

しかし華の国は、これを祖の国に攻め入る口実として利用し、和平交渉に出向いていたテンジに対しカグヤの首を差し出すよう命じ、彼女は祖の国の軍勢からも追われる身となる。付き人の犠牲を払いながらも神樹の元にたどり着き、神樹の実を口にして現在の姿へと変貌する。

黄泉比良坂で異空間を開いて月を召喚し、無限月読を発動させ、人々を神樹に縛り付けたが人間を絶やさないために記憶を改竄した上で一部の人々を解放した。

ちなみにこの件はアニメオリジナルエピソードであるが、制作にあたって岸本氏の監修を受けているため公式設定と考えて差し支えないだろう（設定に矛盾が生じるのは今に始まったことではないが……）。