だが、長州が「ジャパンプロレス」を旗揚げして全日マットに参戦したり、前田日明が「UWF」に参加したりと「冬の時代」を迎えたが、後に坂口征二が社長になった80年代後半以降から黄金期に突入し、90年代「闘魂三銃士」がトップに立った新日本は業界をリードし続けていたが、坂口が会長にシフト、藤波辰爾が社長に就任した2000年代に入ってから冬の時代に突入。

ゴタゴタ続きで武藤敬司や橋本真也に社長退任後の藤波など多くの選手が離脱したことで暗黒時代を迎え、

三沢光晴を中心に旗揚げしたNOAHやK-1ら総合格闘技の繁栄もあり、プロレス低迷の象徴になってしまう。

とは言えこの頃には、岡田和睦（オカダ・カズチカ）や内藤哲也といった逸材も加入している。

しかし、ユークスに買収され猪木の手を離れてからは徐々に息を吹き返し、2010年は業績黒字を記録。

2010年終わりから半年以上、ツアーのまとめとなるビッグマッチではすべて満員を記録し、2011年における地方のビッグマッチは全て超満員札止めを記録している(2011年6月現在)。

全日本、NOAHを含む3大メジャー団体において、新時代のプロレス界におけるリーダーとしての存在感が出てきている。

ユークスからブシロードへ

2012年1月31日、新日本プロレスはユークスが保持する自社株100％を、5億円で株式会社ブシロードグループパブリッシング(ブシロードGP)に同日付で譲渡。

これをもって、新日はユークスからブシロードの子会社となった。

その後、9月にはカードゲーム「キングオブプロレスリング」が発売。

新日本所属選手をはじめグレーテストレスラーズ、他団体選手まで幅広いカードを展開中である。

2022年現在は棚橋弘至、飯伏幸太、第三世代が所属する本隊、本隊と同盟関係に落ち着いたオカダ・カズチカを筆頭とする「CHAOS」、ジェイ・ホワイトが4代目のリーダーを務める「BULLET CLUB」、内藤哲也を中心とする「ロス・インゴベルナブレス・デ・ハポン」、鈴木みのるを首領とする外敵軍団「鈴木軍」、CHAOSを離脱したウィル・オスプレイが築いた新興勢力「UNITED EMPIRE」、BULLET CLUB所属のEVILがリーダーを務めるBCの内部ユニット「HOUSE OF TORTURE」･･･と複数の勢力が抗争を展開している。

海外展開

2014年2月にアメリカ第3の団体ROHと提携し、アメリカで合同興業も開催するようになった。

このほか、メキシコのCMLL、アメリカのインパクト・レスリング(旧TNA)、AEWとの連携を強めている。

最近はtwitterやfacebook、Youtubeの公式チャンネルなどネット上でも幅広く活動し、国外への発信力を強めている。公式動画配信サービス「njpwworld」、FITE TV(アメリカの動画サービス)ではアメリカにおけるシリーズ『NJPW STORNG』が展開を開始。独自の大会やタイトルも制定されるなど、日本国内とは別のブランドが形成されつつある。

新型コロナウイルス

2020年、世界中で猛威を振るう新型コロナウイルス（COVID-19）は、プロレス業界にも多大な影響を及ぼした。

特に新日本プロレスでは、政府からのイベント自粛勧告に従い、3月1日から3月15日までの11大会を中止することを発表。だが感染拡大は収まらず、4カ月間・110日間に渡り合計53大会を中止した。その中には、重要な大会の一つである旗揚げ記念日(代替開催はなく開催中止)やGWの恒例行事となっている福岡でのレスリングどんたく(代替開催はなく開催中止)、NEW JAPAN CUP(興行再開後の6~7月に開催を変更)・BEST OF THE SUPER Jr.(2020~21年は11~12月に開催時期を変更)など、団体が重要視しているリーグ戦も含まれていた。

業界内では、既にフォーマットが構築されている女子団体アイスリボンなど、ネット配信による無観客興行を行っていた団体もあるが、業界最大手である新日本は、「最大手である以上、会社の社会的責任が伴い倫理観ある行動が求められている」として、さらに「無観客であっても（会場そのものが3密である以上）選手・スタッフの感染リスクは避けられない」という判断から、完全な活動停止に踏み切る判断を下した。

緊急事態宣言全面解除後の6月15日、会場非公開の無観客試合として興行を再開。その後、感染対策に留意しながら徐々に有観客大会にシフトしていった。

そして2021年5月に所属選手の陽性が確認されるまで、スタッフ、観客を含めて感染者を出さずに興行を成功させた。