概要
山梨県身延町（2004年までは下部町）の常葉地区の丘にある小規模な男女共学の公立高校である。学校名の由来である本栖湖は常葉地区から道なりで約20km、車で約30分（しかも途中には、作品第1話冒頭で志摩リンがキャンプ場まで必死に自転車を漕いでいた通称甲州いろは坂という難所がある。）の場所であり、本来なら常葉高校または下部高校であるが、作品の性質上本栖が望ましいことからこの名前になっている。ちなみに身延高校は町内の別の場所に実在するため、この名前も使用を避けている。
部活動
現在、少なくとも野球部、サッカー部、登山部、料理研究部、カヌー部、囲碁将棋部、生物部、書道部、卓球部、自転車部、野外活動サークル、プロレス部、女子バレー部(コミックス14巻P59)、写真部(コミックス14巻P61)が確認されている。
新入部員勧誘には苦労しており、近頃流行りのキャンプを勧誘ポスターに料理研究部以外の各部が描いたため、キャンプを部の主要活動とする野外活動サークルは埋没することになり、各部の了承を取ったうえで野外活動サークル部長の大垣千明や、部員の犬山あおい、各務原なでしこが描きなおすハメになってしまった。
本栖高校の部への昇格条件は『部員が4名いること』で、野外活動サークルは現在3名（部長の大垣千明と部員の犬山あおい、各務原なでしこ）のため、非公認の同好会という扱い、鳥羽美波が顧問に就いているため、実質部として活動していたが、新入生・中津川メイが入部したことにより、ようやく部に昇格した。
このうち、登山部は大町先生が顧問を勤めており、毎年富士登山を行なうなどかなりガチな部活を行なっており、自転車部も県内の強豪校として有名である。
モデル地
モデルとなっているのはかつて身延町立下部中学校・下部小学校があった場所（五条ヶ丘という丘の上）である。下部中学校は2016年、下部小学校は2017年にそれぞれ廃校となったが、校舎や体育館は取り壊されずに現在も残っている。
原作や2018年に放送されたテレビアニメでは学校までの道のりが再現されているが、校舎はオリジナルのものに差し替えられており、「本栖高校がある場所」という扱いであった。しかし2020年に放送されたテレビドラマではロケ地として下部中学校の元校舎や校庭をそのまま使用。図書館(本来の図書室とは別の場所)や野外活動サークルの部室(教室の一部を使用)も校舎内に再現されたため、校舎も聖地として含まれることになった。
普段は校舎は閉鎖されているため関係者以外はむやみに立ち入ってはならない（グラウンドまでは入ることができる場合もあるが町有地であり、町民が使用している事もあるため、聖地巡礼の際は細心の注意を払うこと。）が、稀にゆるキャン△関連のイベントが開催され、その時は旧校舎内も開放され、図書館や野外活動サークルの部室も見学することができる。
最寄駅は身延線甲斐常葉駅で、そこから徒歩15分である。駅から本栖高校へは順路を示す看板が設置されているため、その通りに行けばよい。甲斐常葉駅は特急ふじかわが通過するため、普通列車で行くか静岡方面からの場合は身延駅まで特急、そこからは普通列車へ乗り換えて向かう事をお勧めする。
車で来る場合は本栖高校への坂道入口の近くにある常幸院の駐車場が利用可能である。「イベント等で許可されている場合を除き、本栖高校まで車で乗り入れない事」と「常幸院の好意で駐車場を提供してもらっているのでトラブルを起こさない事」を厳守してほしい。
制服
公式
制服は冬服のみ登場し、女子生徒はセーラー服風のスクールカーディガンとなっている。スクールカーディガンを外すと白セーラーになる。男子生徒は作品にあまり出てこないが、アニメ第一話エンディングで青ネクタイのブレザーであることが確認されている。
山間部で冬は日差しがささらずかなり寒いため、登下校用に学校指定の紺色のコートもある。
野外活動用にジャージもあり、深紅色に白のラインが入っている（色は男女共通であるが、学年別に色が異なるかは不明）。
非公式
作品の季節が冬中心のため、夏服は1期第8話の回想シーンに一瞬登場したのみである。このためpixiv内では夏服のイメージが複数投稿されている。
なお、山梨の公立高校はブレザー化が進んでおり、本栖高校の女子生徒の制服がブレザーになった場合のイメージ画像も投稿されている。
関連項目
豊郷小学校：けいおん!の舞台である桜が丘高校のモデル。旧校舎が文化財に指定され、建屋内にけいおん!の音楽室が再現されている。ちなみにゆるキャン△とけいおん!は同じまんがタイムきらら系列の作品である。
