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「珪」とはガラスなどの成分であるケイ素のことで、ケイ素の化合物でできた2つの殻が合わさった姿をしておりよく弁当箱に例えられる。
一般的な植物や多くの藻類が緑色なのに対して珪藻は褐色に見えるが、これはワカメやコンブといった褐藻の仲間と同様、フコキサンチンという褐色の色素を含むため。珪藻の遺伝子には褐藻類との共通点が多い。
殻の形により大きく2種類に分けられ、コアミケイソウなどの丸い殻をもつもの、ハネケイソウなどの細長い殻をもつ仲間がいる。
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