一人プレイ専用になった。これはフィールドがフル3Dになった事や三人称視点になった事によるもの。
キャラクターボイス実装。
- キャラクター名も喋ってくれるが、引き換えに名前の変更はできなくなった。
BGMは菊田氏監修の下全曲アレンジ。
- オプションで「アレンジ」と「オリジナル」の切り替え可能。SFCの音源に馴染み深い人でも「オリジナル」に設定する事でプレイ可能。
グラフィックが2Dからフル3Dに改められた。
- これにより、フィールドマップは最大5つ（本編のみ）のエリアにまとめられた。ワールドマップはSFC版の疑似3Dから完全に3D化されたこと、マップ切り替え時の確認が入るようになった以外はほぼ従前どおりの仕様。
バトル面は原作のプレイフィールを尊重しつつも、大きな改変が入った。
- ジャンプやコンボが実装。よりアクションゲーム要素が強くなった。
  - 回避不能の攻撃は存在せず、物理的に回避する、詠唱を妨害して攻撃を阻止するなどのアクション性をより高めたバトルデザインになっている。
  - この影響か命中率回避率の概念が無くなっている(ステータスから「すばやさ」が削除されており、該当する特技や追加効果の削除や調整もされている)。
- 特技や必殺技はそれぞれ効果範囲が設定され、基本的に全体攻撃という概念は無くなった。唯一残っているのはホークアイの特定クラスが習得できる忍術のみ。
- 上記のマップの仕様変更とも絡むが、敵集団ごとにバトルフィールドが設定されるようになり、逃走はフィールドの境界に向かって一定時間ダッシュするように変更。
- レベルと経験値のバランスが調整された。
  - 具体的には積極的に経験値を稼ぐプレイをしなくても順当にストーリーを進行させるだけで風のマナストーン到達時にLv18、神獣に挑む(≒???の種が入手できるようになる)辺りでLv38に到達するようになっている。
- ダメージ及びHP上限が上がり、一発のダメージ量や最大HPが999でカンストしなくなった。
育成システムが大きく変更された。
- レベルアップ毎に育成ポイントを獲得し、そのポイントを「力・守・知性・精神・運」にプレイヤー自身が割り振ることでステータスアップやアビリティを習得する、スキルポイントシステムになっている。
クラスに調整が入り、できる限り使い勝手が均一になるようになっている。
- 専用アビリティが設定されたり、上述の育成ポイントで習得できるアビリティが異なり、クラスの個性も高められている。
ドラゴンズホール以外のルートでもブラックラビと戦えるようになった。
- 最終ダンジョンクリアが条件なのはそのままだが、何度でも戦えるようになった。
セーブスロットが12個+オートセーブ1個の計13個になった。

追加エピソードの登場人物

グラン・クロワ

あまりにも強力なクラス4を、秘密のアイテムなしではクラスチェンジできないよう封印したとされる古の大魔導士。原作SFC版にも名前だけは登場している。

本人は既にこの世を去っているが、全ての知識を一冊の本に閉じ込めてフォルセナの図書館で眠りについていた。

大魔女アニスの目覚めに応じて覚醒。偶然自らを手に取った主人公たちにアニス打倒を依頼する。

大魔女アニス

マナの女神ある所に遍在するという大魔女。

マナの女神の危機に際して復活し、女神の作りし世界を滅ぼそうとする。

追加要素

難易度の実装。ベリーイージーからハードまでの4種。難易度によって敵の各種攻撃力と防御力に補正がかかる。設定からいつでも変更可能。
- 2020年10月4日のアップデートでベリーハードとノーフューチャーが追加。
- ノーフューチャーは2周目（強くてニューゲーム時のみ）から選択可能になるが、レベルは1にリセットされ、装備・アビリティの使用に制限が掛かり、一度の戦闘で使えるアイテムが3個に減り、ボス戦には時間制限が設けられる。
- 他の難易度からノーフューチャーには設定できない。このため一度でもノーフューチャーから難易度を下げるとノーフューチャーには戻せなくなる。
戦闘や移動中に仲間同士で掛け合いするようになった。誰を主人公にして、誰を何番目の仲間にしているかで内容が変化する。
主人公や仲間と因縁のある人物との戦いでも掛け合いが発生する。ただしデュランとアンジェラを連れた状態にするとデュランと相手の台詞が優先され、アンジェラの掛け合いが聞けなくなる。
育成ポイントシステムの実装に伴い、振ったポイントをリセットできる施設が追加された。
クラス4が実装された。エンディング後の追加エピソード内にて昇格可能となる。
強くてニューゲームが実装された。追加エピソードをクリアすることで選択可能となる。装備、アイテム、所持金、Lvが引き継ぎ可能。クラスは1に戻される他にステータスに割り振った育成ポイントはリセットされ、還元される。
経由したクラスのコスチュームに変更可能となった。強くてニューゲームには持ち越せない。
クラスチェンジした後もクラス1に戻すことが可能となった。ただし、入手できる数に限りがある消耗品を必要とするためリセットできる回数は限度がある。クリア前に1個、追加エピソードで5個の1周最大5個。前述のつよニューで持ち越すことは可能。
種を植える植木鉢にLvが設定された。種を植えてLvが上がれば上がるほど敵の種のドロップ率と種を植えた際に良いものが実る確率がアップする。
- 種の種類が統一されており、基本的には「アイテムの種」と「???の種」。アイテムの種から武器防具や魔法アイテムも出るようになっている。アイテムの種は「(ただの)アイテムの種」⇒「銀色～」⇒「金色～」⇒「虹色～」とランクがあり、後者ほどレアなアイテムが出るようになっている。
サボテン君探しが実装された。世界中に50ヶ所にいるサボテン君を見つけると5回見つけるごとに便利な特典をつけてくれる(宿屋無料、経験値がたまに2倍、3倍など)。サボテン君のコンプ状況は強くてニューゲームにも引き継げる。

小ネタ

主人公共通の台詞がキャラの性格を感じさせるものに直された。例えばSFC版での「でへへ…バレタか…」の台詞は、ToMリースだと「えへへ…バレちゃいましたか…」と発言する。
リース編OP＆追加エピソードに登場するアルマや黄金の騎士ロキが聖剣伝説HOM準拠の容姿になった。前者はSFC版より若く、後者はデュランと同じ髪の色に。