2014年、前年の故障のため、一軍登板機会を得られず。10月3日に球団から戦力外通告を受けた。11月に行われた12球団合同トライアウトに2回とも参加し、プロへの拘りを見せた。独立リーグや海外からのオファーはあったものの、NPB球団からのオファーはなく現役引退を表明、プロ野球選手としての幕を下ろした。

好不調の波は大きいものの、実績のある先発左腕として活躍、野球の実績を上回るほどにネタ要素が多すぎるため、ネット上では完全にネタ選手としてカテゴライズされていた。

藤井afo伝説

藤井がafoと呼ばれるようになったのは、ヤクルト時代の2002年に日韓ワールドカップを観戦し、あろうことか風邪をひいてしまったことから。

それ以外にもいろいろ問題を起こすなど、最近になってそれはエスカレートしている。

以下、エピソードをはむせん@wiki、なんでも実況J Wikiより引用。一部は追加、修正。

2001年

・オープン戦の結果から首脳陣に怒られた腹いせに無茶な投げ込みを敢行し、練習計画が台無しになったおかげでさらに大目玉を食らう。

・大量リードしていた巨人戦で一塁に全力疾走したため相手から野次られ、マウンド上で泣いてしまった上に炎上して降板。ヒーローインタビュー拒否（もっとも、この件については悪いのは全力プレイを野次った巨人なので彼を責めるのは酷な気もするが）。

・最多勝受賞で優勝に貢献。優勝祝賀会では酒に弱いためベロンベロンに。

・優勝特番に出演するも、酔っ払ってまともな返答ができず途中退場させられる。翌日先発だったが、案の定二日酔いでメロメロ。

2002年

・サッカーW杯を観戦に行って風邪をひき先発回避。「afo」が定着し始める。

・フライデーに不倫をすっぱ抜かれ、数々の迷言が生まれる。 「オレ、ヘタクソだろ？ダメだろ？」「オレをこんなにハマらせてどうするんだよ」

・大学時代に知り合った夫人とはその後離婚。

2003年

・元々痛めていた肘の靭帯が切れてしまいシーズンを棒に振る。

・大学の後輩であるホークス和田が訪ねてきたとき、禁止されているのに腕を使って熱血指導。

2004年

・やっと投げられる状態になりファームで調整登板をしている時期に交通事故を起こし、親友の福留に「何やってんですか。野球以外のことばかりで話題になって」と、怒られる。

・また事故そのものよりも、午前6時という時間に自宅や練習場所から遠く離れた場所にいたことで問題に。

・シーズン半ばに一軍復帰を果たすものの、走者としてボーッとしていたときに牽制され、慌てて帰塁し足を痛めて残りシーズンを棒に振る。

2005年

・内角球に怒ったウッズを挑発して乱闘。何故か逃げずに殴られて首を痛める。（その後仲直り）

・ヒーローインタビューで翌日の先発投手を予告してしまう。「えー、明日投げる川島にも悪いイメージを残してしまって申し訳なかったですし・・・」

2006年

・交代を告げられる前にリリーフカーに乗って登場するも、結局投手交代は無く、歩いてマウンドから去る。

・UFOキャッチャーで取ったタイヤキのぬいぐるみを、見ず知らずの人に自慢する。

2007年

・ハンカチ王子ら母校早稲田の選手に焼肉を奢った様子をブログにアップしてしまい、プロアマ規定に触れるとして球団から怒られる。

・オールスター休みにプールではしゃいで流血。

・すさまじい更新頻度と内容から、週刊誌にてプロ野球選手の「ブログ王」に認定される。

・フリーアナウンサーとの車内キス写真が写真週刊誌に掲載されるが両者とも交際を否定。

2008年

・サイパンでの自主トレ中に北海道日本ハムファイターズへのトレードを通告される。

・通告前にサンスポにすっぱ抜かれるが、正式発表前にブログに掲載したこと、自主トレを切り上げずに帰国しなかったことが物議を醸す。

・登板前夜まだ寒い札幌で深夜まで迷子になる。

・成績が低迷してるにもかかわらず、ダルビッシュ夫妻、ほしのあきとヴァレンチノのパーティーへ。その脳天気ぶりでファンをあきれさせる。

・交際していたフリーアナウンサーは他の男と結婚。破局の理由となった性癖が週刊誌に。

・登録抹消中、CS出場が決定した試合で球場内の売店に買い出しに走り、後方支援。

・CS第1ステージ第2戦でまさかの先発。見事勝利を挙げ、第2ステージ進出を決める。試合が終わると速攻で大阪から飛行機で東京に飛び、神宮球場で行われていた真中・度会・小野・河端の引退試合に駆けつける。

・しかし打球を当てて右手を骨折していたことが判明。それでも第2ステージの最後の試合で中継ぎ登板。

・笑っていいともを客席で観覧、カメラに思い切り抜かれ、それをみていた選手に怒られる。

・トークショーにて「最近野球を真剣にやり始めました」「今まではかじる程度」と発言。

・12月3日のディナーショーチケットは即日完売。乾杯の音頭を取り、翌日の道新スポーツの1面を飾る。

・12月に入ってもなかなか契約更改せず。ブログは頻繁に更新。札幌市内にいたり、知人のパーティーに出席したりと時間はありそうなのに日程の折り合いがつかず、球団関係者に「意味が分からない」と言われる。

・そのまま自主トレとダルの結婚式出席の為にハワイに行ってしまった。結局、年内に一度も交渉しないまま越年更改。

2009年

・ブログで「バレンタインのチョコ送ってくれたらプリクラとサイン送るよ！」と書いたところチョコ殺到、宿舎の自室を埋め尽くす。

・12球団勝利の記録がかかったヤクルト戦でファーストのベースカバーに入らず逆転負け、吉井コーチを激怒させる。

・プライベートでも自分のグッズ（Tシャツ）を身に付け、ダルや久に「どんだけ自分好きなの」とツッコまれる。

・ご飯を食べに行った先で偶然スピードスケートの大菅小百合選手と同席、2ショット写真をブログに載せるがエントリ名は「彼女できました」。

・動物園に行き、ブログで「カバすごかったよ～」しかし写真はサイ。

・9月5日の楽天戦、野球小僧Tシャツを着て試合中にKスタ内野席をぶらぶらうろつく。

・さらに12日、ジェラート屋台に出現。

・札幌駅前でのローカル情報番組の生放送現場に一般人にまぎれて映りこみ、数分後ダルに電話で怒られる。

・ブログに「ボッツ、CSも頼んだぞ！」と2ショット付きで更新したが、数分後にボッツの退団が決定。

・日本シリーズで一世一代の神ピッチ。しかしもっとも気合が入っていたのは打席というもっぱらの噂。勝ち投手の権利を持って降板するも後続にまたしても勝ちを消される。

・11月9日、移籍を前提としたFA宣言。それも理由が「監督の起用法が悪い」というもの。

2010年

・先発が予想されていた9月16日のヤクルト戦前、神宮外苑で長距離走をしていたところをヤクルト側の首脳陣に見つかり先発しないことがバレる。なお、試合は敗れチームは3位に後退した。

2012年

・村田の人的補償でDeNAに移籍。移籍会見で「『怪盗ロワイヤル』と『戦国ロワイヤル』にはまっている」「その2つはプロ野球選手で一番強いのは間違いない。レベルは1000を超えている」と豪語。「ゲームで親会社を支えています。本当に貢献しているから（人的補償に）選ばれたのかな。これからは野球でも貢献します」と述べる。そしてさっそく旧知のラミミと意気投合、チーム強化とコミュニケーション向上の為に奔走、このあたりは相変わらずぐう聖。

・ブログに横浜担当の記者の名前と写真をアップする。

・5月28日のオリックス戦、DeNAに移籍後初勝利のヒロインで、「横浜ベイスターズの藤井です」と前球団名で自己紹介する。

・7月4日、通算150勝を上げたDeNA三浦大輔を盛大にデコる。

・8月17日のブログの内容にてVIP待遇でお台場合衆国に行っていたことが判明。景品付きのゲームで最高得点をたたき出すなど暴れまわる。

・8月22日の深夜に同僚の加賀美と対局し夜更かしをする。同日の試合に先発登板したが敗戦投手になる。

・9月12日のブログで当日の試合内容を反省する。その中で公示前の自身の2軍落ちを明かす。

・11月4日のブログで大場翔太・神内靖⇔吉村裕基・山本省吾のトレードを公式発表前に肯定する文章を書く。なお実際のトレードは多村仁志・吉川輝昭・神内靖⇔吉村裕基・山本省吾・江尻慎太郎だった。

・11月12日のブログで2年前からストーカー被害に遭っていることを告白。なお、警察に相談しに行っていない模様。