旧現代
突如発生した“石化現象”によって科学文明が崩壊する前の21世紀を指す。
基本的にフルネームを持つキャラは、それぞれの理由で復活を遂げた当時を知る「旧現代人」である。
科学王国
CV：小林裕介
本作の主人公。髪は逆立つように放射状に伸び、毛先は緑色になっている。
何もない原始の世界で科学文明を取り戻そうとしている。
CV：古川慎
千空の小学校から幼馴染で親友。
彼は自他共に認める『雑頭』だが実直かつ友達思いな好漢。
本作における「体力」チート。
CV：市ノ瀬加那
大樹が憧れる美少女。手芸部で人一倍手先が器用。
本作における「手工芸」チート。
CV：鈴木崚汰
司帝国崩壊後に千空が南米への航海のために復活させた青年。
帆船をも乗りこなすチート船乗り。海運会社・七海財閥の御曹司
CV：坂本真綾
石化以前から龍水の側に常に仕えている執事兼シェフ。
レストランを開業して科学王国の食生活を豊かにした。
CV：はじめしゃちょー
元漫画家。元々は司に壊された石像の1人だったが、杠に繋ぎ合せて貰った事で復活した。科学王国では村１番の絵描きであるナマリとともに、絵描き活動を行う。二人が描いた漫画は龍水が作った通貨(ドラゴ)にて売買が行われる。ミリタリー漫画描きで、飛行機のドッグファイトになるとかなり饒舌になる。
石神村
CV：沼倉愛美
千空が初めて接触したこの時代の人間である少女。
見た目は巨乳で可愛いが、村一番の戦闘力を有する。
「視力」チートで視力は11.0。
CV：上田麗奈
真面目で淑やかな村の巫女。コハクの姉。
死に至る病を完治させ、時に積極的に千空たちを手伝う。
CV:金尾哲夫
ルリとコハクの父で千空が村長になる以前の長。
(手前の男性)
CV：竹内良太
コクヨウの側近にして、ルリの護衛。
長身で銀髪の細身の男性であるが、前の御前試合の準優勝者で二刀流の剣士。熊ぐらいは余裕で倒せるらしい。基本寡黙で金狼と同様に｢ルールはルール｣と言うものの、ルールをかい潜った柔軟性も持ち、時々突拍子も無い言動をする。コハクがラーメンを作っていると知りラーメンを食べに行く提案をしたり、自身が審判を務める御前試合ではコハク、千空の参加を許可する。そして審判としても優秀で、ここでも柔軟性を見せる他、不正を見逃すことなく目を光らせていた。
科学王国が司帝国に攻め入った際やその後は、ターコイズと共に石神村を守る任務についている。
(奥の女性)
CV：大地葉
コクヨウの側近にして、ルリの護衛。
オールバックの女性で一本の剣で戦う。熊ぐらいは余裕で倒せるらしい。ジャスパーやコハクに頭を悩ませており、ジャスパーが突拍子も無い事を言う度に肘鉄を食らわせ、無鉄砲でいい加減なコハクには会う度に文句を言っている。融通が利かず、合理的な性格。氷月の襲撃を受け橋から落ちそうになってる金狼を助けようとするコハクと、橋を切る役目の銀狼に対して｢子供たちのこと考えてよ。(橋を)斬り落とすしか無いでしょ！！｣と冷たく言い放つ。コハクたちの産まれる世代以前に不漁の年があり、ターコイズの家族は全員死んだ事が明らかになっている。
科学王国が司帝国に攻め入った際やその後は、ジャスパーと共に石神村を守る任務についている。
玄武
CV：山本格
体格の良い中年男性。
CV：間宮康弘
村の荒くれ者。当初千空を敵視していたが、後にパワーチームの一人として協力する。
CV：松重慎
マグマに媚びへつらう腰巾着の小男。
腕力はからっきしだが悪知恵を働かせるのが得意。
鉄犬
名前の読みは「テツケン」。
金狼、銀狼の父親で、白金の夫。
白金
名前の読みは「シロガネ」。
金狼、銀狼の母親で、鉄犬の妻。
CV：前野智昭
銀狼の兄で、村の門番を勤める青年。鉄犬、白金の息子。
掟に厳しく、頑固なまでに生真面目な性格。
CV：村瀬歩
金狼の弟で、村の門番を勤める青年。鉄犬、白金の息子。
素直でお調子者な金狼とは正反対の性格。
ハガネ
CV：露木徳幸
金髪の筋骨逞しい男性。
アルゴ
CV：内匠靖明
筋肉質な男性。御前試合で銀狼と対戦し銀狼を圧倒するも、千空の作ったカフェイン剤でテンションが上がった銀狼の不気味さにうろたえ、負けてしまう。
カーボ
CV：坂田将吾
ベリーの夫で、なとりとあるみの息子。気性が荒い性格で、千空が磁石を作る際にマグマに同行し、千空を殺そうとし、マグマがゲンを闇討ちした際も同行した。
ベリー
カーボの妻。
なとり
CV：菊池康弘
村の老人。あるみの夫。カーボの実の父親で、ベリーの義父。かつては不漁や寒さで村人が死んでいたため、千空の科学で寒さや食糧不足に怯えずに済んでいることを感謝している。科学王国と司帝国の戦いでは足手まといになるからと、危険を承知で村に残った。
あるみ
CV：所河ひとみ
村の老婆。なとりの妻。カーボの実の母親で、ベリーの義母。かつては不漁や寒さで村人が死んでいたため、千空の科学で寒さや食糧不足に怯えずに済んでいることを感謝している。科学王国と司帝国の戦いでは足手まといになるからと、危険を承知で村に残った。
CV：麦人
村の中でも特に高齢の老人。モノ作りに熟練の腕を持つ。
本作における「職人芸」チート。
CV：熊谷健太郎
ボサボサヘアーの青年。
すず
おかっぱ頭が特徴の少女。
サガン
CV：杉崎亮
ガンエンの父親で、エンの夫。村での酒作りを担当する。
エン
CV：八百屋杏
ガンエンの母親で、サガンの妻。
CV：室元気
酒やみりんなどの調味料等の管理をしている一家のサガンとエンの息子。
村一番の食いしん坊でこの家の家族は皆肥満体型をしている。そして彼は銀狼とも仲が良さそうな雰囲気の描写もある。猫じゃらしラーメンの匂いに誘われて千空に会うまでは銀狼→シャベルを通して話を聞いたせいなのか想像力が豊かなのか不明だが、村の外から来た怪物か魔神のような想像をしていた。
猫じゃらしラーメンに出会えた喜びも束の間、ラーメンの対価として製鉄チームに入れられてしまう。
CV：高橋花林
常に大きなスイカをくり抜いた皮を頭に被っている村の少女。
自分も何か人の役に立ちたいという理由で千空たちを手伝うようになる。
ウンモ
CV：村上裕哉
中年男性。御前試合では太鼓を叩いていた。
CV：佐藤元
科学王国民第2号。
石などに興味を持ち、静電気など自力で様々な科学的発見をしたセンスの持ち主。
CV：鈴代紗弓
名前はシャベル→喋るとかけられており、ハムスターやリスなどの齧歯類を連想させる出っ歯の小柄な女の子。噂話等とにかく話すのが大好き。｢あのねあのね｣など同じ言葉を繰り返す癖がある。さらに野暮なところもあり、銀狼や三姉妹と一緒に千空の好みの女の子について耳を大きくして聞き耳を立てていた。
彼女も猫じゃらしラーメンを食べてしまったので、製鉄チームに入れられてしまう。
村一番の絵描きの少年。絵が必要な場面で登場する。表情は豊かだが、無口な性格なのか喋っているシーンはない。村人リストでは下膨れの顔をしていたが、本編に登場した際は少し八重歯の見える愛嬌のある顔付きになっていた。下腹部が出た洋梨体型をしている。御前試合のトーナメント表や、ロードマップを描いた。その後、｢基本徹夜(きのもとてつや)｣と協力し合い一緒に絵描き活動を行う。二人が描いた漫画は龍水が作った通貨にて売買が行われる。
他にも半ば強制的に、マグマに船のアイデア図を描かされたり、龍水に通貨のデザインとなる版画作りをさせられたりした。
礁
名前の読みは「ショー」。
漁の名人。珊瑚の夫。村の主な食料である魚を獲り、村人たちに分け与えている。
珊瑚
礁の妻。
あずら
CV：若山詩音
おさげの少女。
CV：樹元オリエ
妙齢の女性。
ソユーズ/名無し
CV：坂泰斗
村の住人だが、本当は南に位置する「宝島」の出身。
一目見れば何でも正確に憶えられる瞬間記憶能力を持つ。
アラバスタ
CV：前田弘喜
ルビィ、サファイア、ガーネットの父親で、ダイアの夫。
ダイア
ルビィ、サファイア、ガーネットの母親で、アラバスタの妻。
ルビィ
CV：近藤玲奈
キラキラ三姉妹(村でー番綺麗所の三姉妹)の1人。好きなタイプは驕ってくれる人。
千空は物で釣れそうなルビィを猫じゃらしラーメンで釣り、ラーメンの対価として働かせた。
サファイア
CV：前田佳織里
キラキラ三姉妹の1人。好きなタイプはイケメン。
ガーネット
CV：石上静香
キラキラ三姉妹の1人。好きなタイプは強い男。
司帝国
CV：中村悠一
「霊長類最強の高校生」と呼ばれていた男。幼い妹・未来がいる。
「純粋な若者だけが自然と生きる楽園」を創造しようと目論む。
本作における「武力」チート。
CV：河西健吾
旧現代にて出演したバラエティ番組で共演したメンタリスト。
その能力を見込まれ、千空の生死を確認する為に司に復活させられた。
CV：石田彰
帝国のNO.2で「管槍」と呼ばれる特殊武器の使い手。
名前の読みは「ひょうが」。
CV：豊崎愛生
旧現代では体操をやっていた大変身軽な機動力を持つ。
氷月が「自身の右腕」と認める戦闘要員の少女。
CV：小野賢章
旧現代では潜水艦のソナー要員であった非常に高い聴力をもつ弓使い。
司・氷月に次ぐNO.3の強者。
本作における「聴力」チート。
CV：種﨑敦美
旧現代では柔道で鍛えていた筋骨逞しい女性。
リリアン・ワインバーグのガチファンで、ゲンの声帯模写を見破った。
CV：中島ヨシキ
元警官でNO.4を自称するが、それだけの実力を持った青年。
名前の読みはウェーイな陽キャという事で｢うえい よう｣と読む。
CV：日笠陽子
元記者で人脈の広さと情報収集能力に定評があり、復活者の選定役に据えられた。
名前の読みは「ほくとうざい みなみ」
ゴーザン
CV：乃村健次
ユーキ
レン
アカシ
CV：山口令悟
キョーイチロー
CV：相馬康一
モリト
CV：柳田淳一
氷月と共に石神村を襲撃した戦闘員。
石化王国/宝島
CV：大西沙織
宝島にて千空達が最初に出会った島民。自他共に認める島一番の美少女。
千空たちの宝島における協力者として活躍する。
CV：本渡楓
石化王国に仕える特殊部隊(石化管理)の女性。
コハクと同等の戦闘能力と正確無比の投擲能力で、モズと共に頭首の右腕左腕と呼ばれている。
CV：興津和幸
石化王国の元帥(戦士長)。キリサメと共に頭首の右腕左腕と呼ばれる槍使い。
幼い頃から無敗を誇り、王国史上最強とも言われる天才戦士。
CV：楠大典
石化王国の斬り込み隊長。｢ミラクル｣という言葉を好んで使い、自身の怪力を｢ミラクルパワー｣と称する他にアマリリスの美しい踊りを見て｢ミラクルダンス｣と讃える。
アヌビスを模したような兜に似た被り物を被っている。
CV：青山穣
石化王国の宰相を務める元戦士の老人。実質的な島のNo.1。
カワイイ女子に目がなく、童顔の子が好き。自分がカワイイと思えればなんでもアリらしい。
頭首と直接意見をやりとりするのはこの男だけ、という事だが実際は…
頭首
CV：野川雅史
石化王国のトップにして、人間を石化させる能力を有するとされている人物。
島から出ることを禁じ、新しい物を作るなと島民に命じているらしい。
イバラ以外が頭首の姿を見る事は無いらしいが…
ソユーズの母
CV：櫻井浩美
頭首の正妻。イバラによって冤罪をかけられ、赤子だった息子のソユーズを連れて海に逃げる。
奇跡的に本土に漂着し、海辺に来ていた石神村民に発見されるが、ソユーズを託して息絶えた。
CV：阿座上洋平
大樹が石化した仲間をサルベージした際に紛れ込んでいた身元不明の石化した人間。
松風の証言を含めた諸々が、千空達の次の目標を決める事となる。
頭首様（うえさま）
松風が石化前に仕えていた当時の島の頭首。
銀狼に瓜二つ。なお中身はまるで正反対。
XENO科学王国/アメリカ組
Xeno Houston Wingfield
北米科学王国の総統。元NASAの研究者で、千空の科学の師匠でもある。
Stanley Snyder
ゼノの幼馴染にして元特殊部隊の軍人。王国の総司令官。凄腕のスナイパー。
Luna Wright
スタンリーによってペルセウスにスパイとして寄越された元医学生のお嬢様。
知性あふれる地道な信念の努力家が超タイプ。
Carlos Barrios
ルーナのお供。元・ライト家の専属ドライバーで、彼女を「お嬢」と呼んで慕い仕えている。
石化した日にルーナへのプレゼントとしてプラチナの指輪を用意しており、失くさないようにと口の中に放り込んだ。
3700年の風化を免れたそのプラチナこそが、ゼノの王国が一足飛びに発展する事を可能にした一因である。
Max Adams
ルーナをお嬢と呼んで慕うお供。
カルロスの推薦でルーナのボディガードとしてライト家に雇われていた。
カルロスと共にルーナを一人にさせないという一念で3700年を耐え抜いた眼鏡。
Maya Biggs
スタンリーの部下。生涯無敗のまま引退した元・女性格闘家全米チャンピオン。
食べすぎて破産したところを特殊部隊にスカウトされた。
歌う事が好きらしいが歌唱力はゲンに言わせると最凶の破壊兵器。
XENO科学王国の天才メカニック。
笑い声は「バハハ」。ゼノが最低でも一月はかかると見込んでいた潜水艦を二週間で完成させた。
Charlotte Bony
スタンリーの部隊に所属する女性パイロット。身長172センチメートル。
スタンリーを尊敬し過ぎるあまり、容姿や口調も似てしまった。スタンリーの影武者として千空＆龍水と制空戦で戦い、負けてしまうものの千空達をひきつける役割を果たした。飛行機の操作技術は高いが、銃の腕はスタンリーに及ばない。
Leonard Maxwell
米軍の元レーダーマン。身長187センチメートル。
経験と勘でレーダーが捉えたものを肉眼で見たように脳裏に描き出すことが出来る。「電磁波は全てを見通す。人の心までも。」が座右の銘。ゼノ奪還に向かうスタンリーらとともにペルセウスに乗艦。羽京が驚くほど実力でレーダー手として活躍する。
「頭の中に地球が丸ごと収まっている」とゼノに言わしめるほどの地理学者。
唐突に話題を振るため「ぶっこみチェルシー」と呼ばれる。
元時計技師。有名時計メーカー「ロデックス」のエースエンジニア。
石化装置の分解と解析のために復活させられる。
インド
ロケットの軌道計算などを担う数学の街の人々。
文明崩壊前には七海財閥が人材育成のために設立した大学があった。
ロケットの軌道など、超高度な計算を行うためにインドで復活させた青年。
100万人分の頭脳を持つ天才数学使いにして、天才プログラマー。七海龍水の兄。
人類最後の六人
CV：藤原啓治
宇宙へ行くのが夢という千空の義父。千空に多大な影響をもたらした人物。
「Dr.STONE reboot:百夜」の前半の主人公。
CV：Lynn／歌：ローラ･ピット･プルフォード(英語)
Lillian Weinberg
旧現代にて世界的な人気を博していた歌手。
生来の冒険好きが高じて宇宙ステーションの「乗客としての資格を買った」女性。
CV：森久保祥太郎
Shamil Volkov
宇宙飛行士の一人で、ソユーズの船長を務める。
百夜と真逆で沈着冷静な判断をくだせる点が評価されている。 趣味はチェス。
家庭を持つ気は無かったようだったがコニーと結婚する。
CV：金元寿子
Connie Lee
宇宙飛行士の一人でNASA職員。 黒髪を三つ編みにした女性。
前述のシャミールと結ばれて子をなすも、肺炎で早逝する。
リリアンのファンである事が語られる。
CV：山本兼平
Yakov Nikitin
医師として国際宇宙ステーションに滞在していた男性。
ダリヤの夫で、妻曰く「声はでかいが気は小さい」
｢reboot:百夜｣では原作と異なり、船長を務める。
CV：田中理恵
Darya Nikitina
女傑肌な性格のヤコフの妻で、やはり医師。
口は悪いが実際は親切。 ヤコフを尻に敷いているが、本人たちはとても仲が良い。
コニーが肺炎に罹患した際に夫ヤコフと共に抗生物質の探索に旅立つもそのまま消息を絶つ。
その他
作中に登場する“人物”とは言えない者たち。人外。
CV：小林裕介
千空の石化復活後の姿を模した科学ロボ。元々は単行本のQ＆Aコーナーのキャラクターであったが、ジャンプ本誌では｢千空メディア論文｣のコーナーにも登場し、アニメ化に先駆けて実写化(原作者には三次元のメカ千空と呼ばれる)したり、原作にもアニメにも登場し彼がメインの書籍まで発売されるという、ストーリー本編に全く関わり無い存在ゆえに大変フリーダムな存在。詳細は石神千空記事内の｢派生キャラクター｣にて。
CV：川澄綾子
コハクがルリのために湯治の湯を汲みに来ていた温泉地帯のさらに上流の硫酸が貯まっているエメラルドグリーンの泉の女神。銀狼は精霊と呼んでいる。美しい姿をしているが、実際の危険性を象徴するようにその本性は悍ましいゾンビ姿になる二面性の女神。
彼女はその美しさで銀狼を誘惑し、死へと誘うが千空とコハクのとっさの行動によって銀狼は助け出される。
その後クロムが死の危険に晒されたが銀狼が間一髪のところでクロムを救出し、その硫酸の泉でサルファ剤作り最難関の素材｢硫酸｣を手に入れる。その際原作では悲鳴をあげ、アニメではあたかも瓶にリューさんが封印されたような描写になっている。
その後はスイカが囮として司帝国の戦闘員を村から引き離すために山へ進んで行ったところで吹きおろしでリューさんがやってくる。
他には硫酸調合のイメージでたびたび登場する。
（右下の犬）
CV：鈴代紗弓
白い毛並みの小型犬。犬でありながら何故か石神村の村人一覧に載っている。
油田を発見する決め手となったイノシシ。天然油田から出る油を泥代わりに身体に塗っていた。
無線機を開発した千空達に謎のメッセージを寄越した存在。
膨大な電波によるモールス信号で一方的に千空達に「WHY(何故)」を繰り返すだけ繰り返した後、そのまま連絡が途絶える。 その直後の千空の呼びかけにも一切応えず、それっきり音沙汰が無い事からして、「少なくとも好意的な存在ではない」とゲンは推測している。
千空達が作った灯台が発するGPS用の強力電波と同じ周波数に被せる形で信号を送ってきており、旧現代の科学知識を把握している、少なくとも現時点では強力な電波及び周波数を把握、モールス信号を扱える存在である事が確定している。
千空達はこの『ホワイマン』こそが人類を石化した存在であると考え当面の敵としているが、千空自身は石化現象が人類に対して行われた攻撃であるかは確信を持っておらず、現段階ではあくまでも仮想敵であり、人間かどうかすらも不明。もちろん『ホワイマン』という名称も仮名である。
(上の球体型のロボット)
｢Dr.STONE reboot:百夜｣のみのキャラクターで正式番号は｢REI 37｣。球体型のロボットで７人目の宇宙船のクルー。石神百夜が発案し、既に試作品を千空に見せていた。｢01｣は女性型アンドロイドの模型でリリアン･ワインバーグによく似ている。｢23｣はアンドロイドとは程遠いが無重力で動けるロボットである。千空は試作品を見て百夜が作ったのかと見直そうとするが、別な技術者が造ったと聞いてがっかりする。
超高性能AI搭載でよくも悪くも正直に喋り、開発費が無かったのでスマホのメインボード60個で仕上げて貰ったロボット。宇宙工学、地球科学、天文学など使えそうな情報が片っ端から搭載されているが一般常識は全く知らない。軌道のシミュレーションを担当。
百夜達が地上に戻った後も番号を変えながら3000年以上作業を行っており、地球に落ちそうな巨大小惑星に対抗するため水爆を大量に作り地球を守りその後老朽化により停止したが3Dプリンターで「01」の姿へと生まれ変わった。
あくまでスピンオフのキャラクターであり、原作者もこれはIfの話であって本編とは繋がりがないことを明言している。
だが、本編の最終話、彼女はあるクラフトの使い道についてちらりと顔を出しており、ある可能性の一つを示唆している。
