後半、セントラルドグマに降下した第13号機とMark.09を追って、改2号機γとともにセントラルドグマに進入、ライフルによる狙撃で、Mark.09の足止めを図る。改2号機γによって第13号機のRSホッパー:A.T.フィールドビットが破壊されたところにAA弾を打ち込むが効果は無く、マリは「この機体にはA.T.フィールドがない」と判断した。

第13号機覚醒後はそれを中断させるべく走りまわり、結局カヲルを失って落下する第13号機に取り付き、プラグを強制射出することでフォースインパクトを阻止した。

その後は第13号機に触れた所為で両腕を欠損し中破した機体が改2号機の残骸と共に回収されているシーンがある。

臨時戦闘形態

ユーロNERV第一号封印柱復元オペレーション作業の護衛機として登場。

両腕部の仮設アームに大型機関砲を装備しておりヴィレ攻撃の為に投入された膨大な数のMark.44A(航空特化タイプ)を撃墜しているが、冷却時間を置かずに連射していた為砲身が過熱で破損してしまい機関砲を破棄。

その後は蹴りやアームによる格闘戦を行い、最後は自身に突撃してきた44Aを纏めてブン回しながら放り投げて地面と衝突させるという大技で44Aを全て殲滅している。

直後、偽装コクーン内から現れ、陽電子砲による奇襲を仕掛けてきたMark.44B（電力供給特化タイプ）とMark.4444Cによる攻撃から何とか作業員らを防衛し、第二射が撃たれる寸前で、破壊されたエッフェル塔を陽電子砲砲身にねじ込み暴発させ4444Cらを殲滅する事に成功する。

改8号機γ

冒頭で上述の通り、臨時戦闘形態にて作戦を完遂。その際入手したパーツによってオーバーラッピング対応の改造を施された。

その後、予備武装を格納したコンテナユニット『ドラゴンキャリア』を背中に装備し、南極のセカンドインパクト爆心地跡にてネルフとの最終決戦に出撃。整備時のマヤのセリフから、分離テスト無しのぶっつけ本番で運用されている模様。それらから次々に格納された双刃や丸鋸などの武器を展開しては、装備を使い捨てていく新2号機に投げ渡し、サポートした。

その後ネルフ本部跡に到達するも、エヴァの腕が結合したような謎の存在の軍勢の襲撃に遭う。いち早く新2号機を第13号機の元へ行かせるため、「ここは任せて先に行け」を敢行、ムチ状の武器で応戦し腕を失いつつもこれを撃退。だがゲンドウの策に嵌ったアスカは逆に第13号機に取り込まれ、ガフの扉の先、マイナス宇宙へと連れ去られてしまう。

一時退却したマリは、再びヴンダーの制御を乗っ取っていたMark.09-Aを撃破の後捕食(この時頭部の装甲が展開し、眼が緑→明るいピンク色に変色している)し、右腕を再生したた上でシンジを連れてマイナス宇宙へと飛び込んでいった。

シンジがエヴァ初号機に搭乗してからはマイナス宇宙から脱出し、残りのアダムスの器3体であるMark.10、Mark.11、Mark.12を喰らい、左腕の再生とさらなる融合を行い、改8号機γ-プラス・フォー・イン・ワン状態となる。その後は新造されたガイウスの槍と共にエヴァイマジナリー内のシンジの救出へ向かった。

その後シンジの手により行われたネオンジェネシスによって全てのエヴァンゲリオンが槍で貫かれて消滅していく中には居らず、改変されていく世界の中に取り残されていたシンジの元へ辿り着いたマリを降ろした後、マリに見送られながら最後のエヴァンゲリオンとして消滅した。

余談

オーバーラッピングとプラス・フォー・イン・ワンの元ネタは『ウルトラマンタロウ』がウルトラ兄弟と一体化する技「ウルトラ・シックス・イン・ワン」(ウルトラ六重合体/ウルトラオーバーラッピング)。「ウルトラオーバーラッピング」はウルトラマンメビウスがウルトラ6兄弟と合体してメビウスインフィニティーになる行程も指す。

なんの因果か、8号機の頭部シルエットはウルトラマンタロウのような三本角である。