しかしこの方法では高速バスを担当する支店とローカルの一般路線バスのみ担当する支店で格差が出るため、高速バスの担当も各支店に配分する事でバランスを保っている。この関係上、都心から大きく離れた支店が東京発着の高速バスも担当することがあり、運転手の送り込みついでに営業運転を行う高速バス路線が開設されている。

一覧

※はSuica導入済み支店。ただし、宇都宮・西那須野支店はtotra(Suica機能付き地域連携ICカード)を導入。

東京支店

※東京都江東区塩浜にあるJRバス関東の高速バスの一大拠点で、日本最大の高速バス営業所。

以前は社内でも別格扱いとされ、他の支店で経験を積み、社内試験を突破しないと配属されなかったが乗務員不足の深刻化で新人がいきなりここに入ることもあるようだ。

主に東京都内やその周辺を発着する路線が入庫するが、バスタ新宿発着便は折り返し時間に余裕がある場合を除いて富士急行初台駐車場、都営バス新宿支所など新宿周辺の他社の車庫や駐車場を利用している。

到着台数が半端なく多い関係上、通常は乗務してきた運転手が行う洗車・車内清掃・給油作業はここでは運転手が行わず、ジェイアールバステックの職員が行う。

なお、前身にあたる国鉄バス東京自動車営業所の時代には、両国駅前に所在していたが、国鉄時代末期に現在地へ移転し、旧東京自営跡地には国技館が建設されている。

新城支店

愛知県新城市にある支店。乗務員のみの配置で、車両の配置はない。

2021年10月に東名三ヶ日支店の移転先として開所され、近隣にある道の駅もっくる新城構内に設けられたバス停で乗降扱いを行いながらJRバス関東と西日本JRバスの間で乗務員交代を行う。

支店建物の隣に宿泊所が設けられており、交代乗務員はここで仮眠・休憩を取る。

白河支店

福島県白河市にある支店。地方路線をメインに担当する営業所で近年厳しい状況ながら、白棚線に関しては比較的堅調な需要を確保している。JR東日本総合研修センターへの送迎輸送もここが担当しており、京成バスから移籍したボルボB10M連節バスと日野・ブルーリボンハイブリッド連接バスが配置されている。

なお支店の最寄りバス停はJRバスではなく、福島交通のバス停である。

西那須野支店

※栃木県那須塩原市にある支店。那須塩原駅から自動車駅の塩原温泉駅までを結ぶ塩原線と、コミュニティバスを担当している。

過去には高速バスも所管していたが、他の支店へ移管された。

宇都宮支店

※栃木県芳賀郡芳賀町にある支店。作新学院前とツインリンクもてぎを結ぶ水都西線と定期観光バス「神秘の石の街大谷と世界遺産日光号」を担当する。

貸切車としてトランスイート四季島“深遊探訪”メニューの日光ルートで使用するバスがここに配置されている。

佐野支店

※栃木県佐野市にある支店。東北道を経由する新たな高速バス運行拠点として2009年11月に開設。支店に隣接して佐野新都市バスターミナルがある。

江東区のゼロメートル地帯に立地する東京支店が災害等で機能不全になった場合に運行管理をここが代替することもできるバックアップ機能も持つ。

下部組織として古河営業所を持ち、一般路線バスはこちらが担当している。

近年では佐野市コミュニティバスさーのって号も担当している。

いわき支店

福島県いわき市にある支店。高速バスいわき号・ひたち号のみ担当だが、かつては一般路線バスも所管していた。

水戸支店

※茨城県水戸市にある支店。「最後の国鉄専用型式」三菱MS735SAが配置されていた支店として知られている。

一般路線は水郡東線のみ、高速バスはみと号とカシマサッカースタジアム号を担当。

土浦支店

※茨城県土浦市にある支店。高速バスはつくば号・ミッドナイトつくば号・かしま号・ひたち号・THEアクセス成田の他、乗務員のみ東名高速ドリーム号、東海道昼特急号なども担当する。一般路線は霞ヶ浦線、君島線、ひたち野うしく線、イオンモール土浦線、あみプレミアム・アウトレット線、深夜バス土浦リレー号を担当。

東関東支店

※千葉県香取郡多古町にある支店。高速バスかしま号が大変好調で、八日市場営業所時代は広い敷地に数台バスが置かれているだけの状況から一気に変貌した。

鹿嶋支店

茨城県鹿嶋市にある支店で、鹿島線鹿島神宮駅近くの高架下に車庫を構える。以前は東関東支店の下部組織の営業所だった。

整備工場がないため、所属車両の整備は東関東支店や土浦支店で実施する。整備工場への入出場の関係で、東関東支店や土浦支店が主管する路線にも入ることがある。

館山支店

千葉県館山市にある支店。1933年に開設されたJRバス関東の支店の中では最も長い歴史を持つ支店。好調な高速バスとは反対に一般路線バスは国・県・沿線自治体からの補助によりなんとか維持している状況。

ここが担当する高速バスの房総なのはな号の一部便は館山駅以南を一般路線の南房州本線と州の崎線として運行している。

長野原支店

※群馬県吾妻郡長野原町にある支店。長野原草津口駅より草津温泉駅を経由し、白根火山に至る志賀草津高原線を担当している。沿線に有名な温泉地を抱え、観光客の利用が多いことから国鉄バス時代は数少ない黒字営業所だった。

ここが担当する高速バスの上州ゆめぐり号は、東京への運転手送り込みを兼ねて設定された路線。

小諸支店

長野県小諸市にある支店。地域輸送が主体の営業所で横川-軽井沢間の鉄道代替バス碓氷線もこの営業所が担当。ちなみに碓氷線は貸切免許で運行されているので、交通バリアフリー法の適用対象外だったりする。

下部組織として長久保営業所を持つ。

中央道支店

長野県伊那市にある支店。前身は伊那支店→中央道統括支店。中央道支店には自社内で唯一の車両塗装設備も備え、各支店の車両リニューアルやエンジン等重要部品のオーバーホールなどを施工している。また他社からの譲渡車がここで整備・改装を受ける。

諏訪支店

長野県諏訪郡下諏訪町にある支店。元は中央道支店の下部組織だった。

一般路線は利用者の激減により担当がなく、高速バス2路線とコミュニティバスの受託運行を担当している。

貸切バス

東京・千葉・茨城・栃木・群馬・長野・福島を営業区域としている。

公式HPでは以下の車両を貸切可能としている。

4列シート2階建て車（スカニア・InterCity DD）
グランドリーム車
トイレ付4列シートハイデッカー車
車椅子リフト付4列シートハイデッカー車
オープントップバスめいぷるスカイ（三菱・エアロキング/元中国JRバス）
4列シート38人乗りイーストブルー
ジェフユナイテッド千葉オリジナルデザインバス（選手送迎がない時のみ配車可）
一般路線バス

車両

国内バス4メーカーに加えてトヨタ、ボルボ、スカニアの計7メーカーの車両を保有している。

一般路線車

新車導入の他、国際興業、東急バス、しずてつジャストラインなどからノンステップバスの中古車を導入している。

長野原や小諸といった観光輸送の比率が高い支店では第一線から退いた車齢の高い高速車や貸切車を一般路線バスとして使用している事もある他、長野原では毎年冬の繁忙期になるとJRバス東北からE5系に塗装を揃えたはやぶさカラーバスを借り受けている。

東関東支店、館山支店、佐野支店(さーのって号)は2か所の出入口がある車両であっても前乗り・前降り方式、その他の営業所・支店の一般路線バスは貸切バスタイプを除いて一般的な中乗り・前降り方式である。かつては西那須野支店と宇都宮支店も前乗り・前降り方式だったが、totra導入に伴い、那須塩原市コミュニティバスを除いて中乗り・前降り方式に改められた(関東自動車も同様)。

高速車

現在はハイデッカー車が主力だが、かつてはスーパーハイデッカー車が夜行路線向けに導入されていた。

1990年代の規制緩和で2階建て車のワンマン運行が可能になるとエアロキングが夜行路線向けに大量導入された他、ヨンケーレ製やネオプラン製の車両も新規導入されている。

つくばエクスプレス開業前は慢性的に混雑していたつくば号向けに、超大型2階建てバスメガライナーが導入されたこともある。

2階建て車は2010年に三菱ふそうがモデルを廃止したことで新車導入がストップ。以後は老朽化による廃車で数を減らしていったが、2018年よりスカニア・InterCityDDが導入されたことでダブルデッカー車が再び増加している。

近年ハイデッカー車に関しては日野が主流となっている。三菱ふそう車はエアロエースデビュー後、エンジンがダイムラー製となって以降もしばらくは導入したが、故障が多いためにふそうのハイデッカー車導入を打ち切った。

特殊車両

トヨタ車はJR竹芝水素シャトルバス用として東京支店に燃料電池バスSORAが、小諸支店長久保営業所には市町村からの受託という形でハイエースが、中央道支店には伊那市長谷地区を走る予約制乗合タクシー用としてヴォクシーが導入されている。

ボルボ車は全て連節バスで、白河支店に配置。京成バスからの移籍車で、新白河駅とJR東日本研修センターを結ぶ送迎バスに投入されている。2020年には日野自動車のブルーリボンハイブリッド連接バスが導入されている。

特定輸送用の車両だが、道路管理者の許可が降りれば路線バスとしての運行も視野に入れているという。

車両称号

1990年に従来使用していた国鉄バスの付番法則から自社独自のアルファベット1文字と数字を組み合わせた付番法則へと切り替え、国鉄からの引き継ぎ車も含めて全車両が改番された。

D	6	7	4	-	10	5	01
床高さ	車種	シート形状	メーカー		年式	装備	固有番号

床高さ
- L：低床車（Low ワンステップバス・ノンステップバス）
- M：標準床車（Midddle ツーステップバス）
- H：ハイデッカー車（High-Decker）
- S：スーパーハイデッカー車（Super High-Decker）
- D：2階建て車（Double-Decker）
- O：その他（Other）
車種
- 1：小型車
- 2：全長8,400mm未満の中型バス
- 3：全長8,400mm以上9,800mm未満の中型バス
- 4：全長9,800mm未満の大型ショート車
- 5：全長9,800mm以上の大型バス
- 6：高速路線・貸切車
- 7：特殊車両
シート形状
- 1：横向きシート（ロングシート）
- 2：半分以上が前向きシートの混合シート
- 3：前向きシート（クロスシート）
- 4：4列リクライニングシート・トイレなし
- 5：4列リクライニングシート・トイレあり
- 6：3列リクライニングシート・トイレなし
- 7：3列リクライニングシート・トイレあり
- 8：寝台（制定のみ）
メーカー
- 1：いすゞ
- 4：三菱ふそう
- 7：日野
- 8：日産ディーゼル
- 0：その他（トヨタ・外国メーカー）
年式
- 西暦の下2桁。中古車はJRバス関東への入籍年ではなく、初度登録年を使用する。
装備
- 1：トップドア・板バネ
- 2：前中ドア・板バネ
- 3：前後ドア・板バネ
- 4：トップドア・エアサス
- 5：前中ドア・エアサス
- 6：前後ドア・エアサス
固有番号
- 前7桁ごとの連番

上記の法則によりD674-10501は、3列リクライニングシート・トイレ付きの2階建て高速・貸切車で、三菱ふそう製、製造年は2010年で、エアサス装備の前中ドア車における第1号車となる。

なお一例として挙げたD674-10501はプレミアムドリーム号仕様のエアロキングである。

余談

福島県には上記のJRバス関東の白河支店・いわき支店の他に、JRバス東北の福島支店(福島市に所在。一般路線バスも運行する)も所在し、2社とも福島県バス協会に加盟している。JRバス全体を通して、異なる2社の営業所が所在し、かつその両方で車両の配置があるのは福島県のみだが、これは県南(いわき、白河、会津地方)は首都圏との、県北(福島市周辺、相双地方)は仙台圏との結び付きが強いという地理的要因が大きい。