ダイヤに関しても、余裕時分ゼロ（＝遅延を一切想定していない）という強引な条件で組まれていた上、快速の停車駅増加後もほぼ据え置きという無茶ぶりであり、元からラッシュ時の遅延が常態化していた。事故の当該列車となった快速は一部区間で余裕時分マイナス10秒（各駅停車が余裕時分ゼロに対し、快速は更に10秒短く設定）となっていた為、どう足掻いても定時運転出来ない破綻ダイヤであった。

先述の日勤教育への恐れから事故直前にオーバーランを起こし、そのリカバリーのために大幅な速度超過に走ったと見られている。

対策として、JR西日本全体で所要時分見直しが行われた。主な例を抜粋。

それまで大阪～姫路を最速57分で走っていた新快速は62分程度に伸びているが、定時性及び姫路での折返し時間が改善されている。
事故現場を通る福知山線尼崎～宝塚は最高速度が95km/h、事故現場のR300カーブは制限速度が60km/hに落とされた。
山陽新幹線ではのぞみ号の新大阪～博多での最速所要時間が2時間23分に伸びた。現在は博多発東京行最終便(N700系使用)が2時間21分に再び短縮。

事故の影響

従来の207系は青+白+水色の帯だったが、本事故の影響により帯色を紺色+オレンジに変更した。また、321系もデビュー直前で同じく紺色+オレンジの帯に変更した。205系0番台は一旦阪和線に転属した後、一時的に東海道本線に戻った際に紺色+オレンジにされているが、こちらは阪和線への再転属時に元の青色の帯に戻され、奈良線に転用後も青帯を保っている。
ATS-Pを搭載していない117系は同日限りで福知山線から急遽撤退。これにより車両が不足したため、JR東日本から103系（武蔵野線ケヨE38編成）を購入したり、一度は福知山線から撤退した113系を再配備して対処した。
交通科学博物館に展示されていた221系先頭車を模した運転シミュレーターは事故の起きた区間が含まれていたため東京の中央線に差し替えられた。但し、図書室の書庫に収蔵されている鉄道関連書籍(鉄道ファン、鉄道ジャーナル等々)のうち、207系旧塗装の写真が掲載されているページが含まれた本は問題なく閲覧可能。
Nゲージ鉄道模型では、TOMIXの207系旧塗装は廃盤となり、現在に至るまで再生産されていない。当然だが中古はプレミアが付いている。KATOでは207系2000番台が計画されていたが、お蔵入りとなった。
PSGより発売のビデオ「てつどう大好き走れ！快速列車」及び「でんしゃがいっぱい！みんなのまちの電車」では福知山線の快速列車が紹介され207系も登場していた(他に221系、113系800番台が登場)が、後に発売された改訂版ではいずれも福知山線の紹介自体がカットされた。
事故後しばらくは、なんら無関係なJR西日本社員への嫌がらせが相次いだ他、私鉄が並行している区間ではそちらに切り替える利用者が増えた。
きかんしゃトーマスでは相次ぐ鉄道事故の影響で暫く事故シーンのあるお話は自粛となった。
海外のメディアからは鉄道版タイタニック号の悲劇と報じられた場面もあり、きかんしゃトーマスでじこはおこるさが嘘から誠なりになった。

その他

空撮写真では7両編成のうち6両しか確認できない。これは先頭車1両がマンション1階の駐車場に丸ごと突っ込んだため。
事故直後は付近の住民や企業が救助活動にボランティアとして参加した。また、あまりに負傷者が多すぎたため、兵庫県警の特認によりトラックの荷台に乗せて病院まで搬送した。10年前の阪神淡路大震災の教訓がこのような形で生かされた。
事故列車にはJR西日本社員が2名乗車していたが、会社指示により救助活動に加わらず出勤している。理由は役員の講和への出席という、事故の規模を鑑みれば至極どうでもいいものであったことから、当時のJR西日本の安全軽視の象徴として猛批判を浴びた。
事故後は鉄道の安全性に関する議論が高まり、JR西日本以外の各社も経営方針に安全を据えるようになった。
宮内庁は負傷者を救護活動した民間人に天皇陛下からの勲章を授与する事にした。
事故発生の約1ヶ月半前の3月2日には、高知県宿毛市の土佐くろしお鉄道宿毛線宿毛駅構内で岡山発宿毛行特急「南風17号」が速度超過のまま駅に進入し、停止しきれず同駅の車止めを突破し駅舎に衝突、運転士が死亡し車掌及び乗客に負傷者を出す大事故が発生している。この年は宿毛と福知山線の2件の大事故が相次いで発生した為、鉄道への信頼を大きく揺るがす事になった。
この事件の原因とされる「上層部の無茶ぶりの責任を現場に丸投げされる」「ヒューマンエラーを根拠のない精神論で矯正しようとする」という風土は日本の組織のあちこちで見られ、いわゆるブラック企業体質の典型例として度々話題となる。