概要
1人用プレイゲームモードではガンダムMk-Ⅱ編とZガンダム編と百式編の3つのモビルスーツの中からどれか1つを選んでプレイをする（隠しで黒いガンダムMk-Ⅱ編が出てくるため、実質主人公は4機）。選んだ主人公によってステージ構成とボスが変わる。全6ステージ構成（黒いMk-Ⅱは全4ステージ）。エンディングも難易度によって変化はあるものの、前作ではガンダムがラストシューティングせずにジオングを撃破しア・バオア・クーから脱出を果たすEDがあったのに対し、今回は主人公は全員原作通りの結末を迎えてしまう（Mk-Ⅱ：パラス・アテネと相打ちで爆散 Ζ：ジ・Oにウェイブライダー突撃(都合上精神崩壊の描写はないのである意味原作よりマシとも言える) 百式：キュベレイとの対決で爆発に巻き込まれ、キュベレイだけ脱出）。黒いMk-Ⅱはゲームオリジナルストーリーだが、こちらも最後は月面都市で白いMk-Ⅱと対決した末に爆発に巻き込まれるオチである。
2人用プレイゲームモードでは通常の主人公3機の内2機を選択してステージを進めるが、こちらはステージ構成が共通となっており、ストーリーもない（1人用プレイ時の通常主人公はステージ名に原作のエピソード名が使われているが、2人用プレイだと「ステージ●」という表記になる）。…その代わりエンディングでは無事帰還を果たすが。
