路線距離：160㎞
駅数：70駅
ラインカラー：ミントブルー
種別：各駅停車・快速・急行・快速急行・ひのでライナー・ゆうぐれライナー・特急カノン・特急はつね・特急あいびす・特急スカイフィッシュ・特急新井山・超特急スーパーカノン・超特急スーパーあいびす・超特急ネオスカイフィッシュ・超特急スーパーあらい

大橋中央駅から花の湯温泉駅まで至る奧美電鉄の主役路線。すべての特急がこの路線を経由する。都市から住宅街、田園風景から山間部へと、車窓の移り変わりが人気。

鏡音線

路線距離：75㎞
駅数：33駅
ラインカラー：オレンジ
種別：各駅停車・快速・急行・快速急行・ひのでライナー・ゆうぐれライナー・特急あいびす・超特急スーパーあいびす

空色町駅で花音大橋線と分岐し、鏡音市方面に向かい、新佐渡港へと至る幹線。鏡音海岸からはほぼ海沿いを走行し、車窓が美しいことで有名。また、新佐渡港では佐渡島行きのフェリーとも接続するため、佐渡島へのアクセス路線としても利用される。

空港線

路線距離：8㎞
駅数：4駅
ラインカラー：ピンク
種別：各駅停車・快速・急行・快速急行・特急スカイフィッシュ・超特急ネオスカイフィッシュ

なつの新都心駅で分岐し、夏野国際空港へと向かう空港アクセス路線。
また、途中、客船ターミナルであるなつの桟橋にも寄るため、客船を利用する客にも利用されている。

船戸線

路線距離：20㎞
駅数：10駅(予定)2021年1月現在8駅
ラインカラー：レッド
種別：各駅停車・快速・急行・快速急行・ひのでライナー・ゆうぐれライナー

2020年部分開業の新しい路線。浅川駅から分岐し、斜十駅まで至る。2021年2月21に奧美千世駅まで開業し、3月19日に途中駅の花丸町駅が斜十～奧美千世駅間に開業し、全線開業となる予定。