概要
性自認（心の性）と生物学上の性別（身体の性）が一致しないことで、身体の性別に違和感を抱き、精神的な苦痛を感じ日常生活に支障の出る障害のこと。
障害や疾患などと名は付いているが、これはカウンセリングや性別適合手術などの「治療」をするための便宜として「病気」扱いするためであり、心の疾患というわけではない。医学的見地における解説はwikipediaなどが詳しいため、ここでは解説を省略する。端的に言えば
「どうして自分にはアレが生えてこないの？」である（筆者注：この言葉は実際の経験者の言葉です）。
とはいえ、一般人にはなかなか理解されにくい場合があるので、そのようなときはこう質問すれば一発で理解される…かもしれない。
「もし自分の脳はそのままで、身体が異性のものだったとしたら、どう感じる？」
大抵の人は「気持ち悪い」と答えるであろうから、そこで
「それ！それが、性同一性障害が常時抱いている感覚なんだよ」
と答えれば良いであろう。
同性愛や異性装（男装、女装）、ニューハーフとは混同されがちであるが、性自認とこれらの性癖とは必ずしも一致しない。
同性愛などとの違い
同性愛とは、例えば男性であれば、「性自認」が男で、自分と同じような「性自認」が男である相手を好きになることである。（女性の同性愛も同じようなことが言える）
当事者の大半の恋愛は、一見身体的に見れば同性であるため、同性愛に見えるかもしれないのだが、彼らにとっての認識は異性への愛なのである。
また、当事者の中には、恋愛に興味を持たない者や、バイセクシャル（両性愛者）、パンセクシャル（全性愛者）、MtFビアン、FtMゲイなど様々な形があるため、性自認（心の性）と性指向（どの性別を好きになるのか）は別であるということに注意しなければならない。
他に性自認と肉体の性が一致しない例としてはIS（インターセクシャル・クラインフェルター症候群・半陰陽とも）の例があり、こちらは性染色体が男性ならXY、女性ならXXとなるところをXXYの状態であるため肉体的にはどちらとも言い切れない。勿論本人の性自認は別の問題となる。
ちなみに
MtF（Male to Female）は生物学上は男性、性自認は女性である事例。
FtM（Female to Male）は生物学上は女性、性自認は男性である事例。
である。
