概要
全てのマジンパワーを開放し、果てしなく破壊を続けるマジンガーZEROに対する最後の作戦を行うミネルバXと弓さやかを支援すべく、グレートマジンガーがグレートブースターを装着し、合計４基の光子力エンジンでグレートのマジンパワーをフル稼働させて進化した形態。
嘗てスーパロボット大戦Fにて、マジンガーZにゲッター線を浴びせてマジンカイザーが登場して以来、ファンが待ち望んだグレートのマジンカイザーである。
装甲は超合金ニューＺからオリジナルのマジンカイザー同様の超合金ニューＺαに変異、武装はマジンカイザーの物に加えてゴッドマジンガーの武器も持つ。
前述の通り外的な力が加わって機体が変化という初期のマジンカイザーの設定も加わり、旧マジンガーシリーズの集大成とも言える機体である。
おそらくオリジナルのマジンカイザーと互角以上の性能を誇ると思われるが、残念ながらこのスーパーロボットを持ってしても、マジンガーＺＥＲＯに対しては因果律兵器の存在から時間稼ぎが精一杯という有り様であり、進化してしばらくは対抗出来ていたが魔神パワー・高次予測によりカイザーを破壊する因果を紡がれ敗北。残念ながらその後の再登場は叶わなかった。
超合金ニューＺαはOVAマジンカイザーにおいて一度も損傷しておらず傷一つすらつけられていないことで有名だが、グレートマジンカイザーの超合金ニューＺαはZEROの因果律兵器によって最終的には徹底的に破壊されてしまう。これは津島直人の漫画版マジンカイザー最終話においてマジンカイザーの各部が破損しており、この世界の因果を紡がれたためと思われる（作品の設定上他作品との共演作品やその最たるスパロボ世界は観測出来ない）
武装
- ターボスマッシャーパンチ
- ギガントミサイル
- グレートトルネード
- グレートブラスター
- ゴッドサンダー
- カイザーソード（胸のエンブレムから引き抜くマジンカイザーのカイザーソードとは違い、グレートブーメランにも使われる放熱板を変形させる。天空剣）
グレートマジンカイザーの無い後の世界において、グレートマジンガーのままでマジンガーZEROに対抗する際には漫画オリジナルと思われるサンダーフィールドという必殺技が追加されている。
