概要
全てのマジンパワーを開放し、果てしなく破壊を続けるマジンガーZEROに対する最後の作戦を行うミネルバXと弓さやかを支援すべく、グレートマジンガーがグレートブースターを装着し、合計４基の光子力エンジンでグレートのマジンパワーをフル稼働させて進化した形態。
かつてスーパーロボット大戦Fにて、マジンガーZにゲッター線を浴びせてマジンカイザーが登場して以来、ファンが待ち望んだグレートのマジンカイザーである。
装甲は超合金ニューＺからオリジナルのマジンカイザー同様の超合金ニューＺαに変異、武装はマジンカイザーの物に加えてゴッドマジンガーの武器も持つ。
前述の通り外的な力が加わって機体が変化という初期のマジンカイザーの設定も加わり、旧マジンガーシリーズの集大成とも言える機体である。
オリジナルのマジンカイザーと互角以上の性能を誇ると思われる。しかし、残念ながらこのスーパーロボットを持ってしても、マジンガーＺＥＲＯに対しては因果律兵器の存在から勝機は因果律を紡がれるまでの一瞬と兜剣造から断じられていた。実際に進化してしばらくは互角に渡り合ったが、魔神パワー・高次予測により、カイザーを破壊する因果を紡がれ、勝負には負けた。しかし最終的な目的は果たし、試合に勝った。ただし、作中のＺ以外のマジンガーの名を持つ機体として、唯一、カイザーソードでマジンガーZEROの装甲を切り裂いており、因果律兵器などを除いた、素の機体スペックでは充分にＺＥＲＯを倒し得るポテンシャルを持っている事が分かる。なお、破壊する際にマジンガーZEROは本機へ『マガイモノめ！』と侮蔑の一言を残しており、オリジナルのマジンカイザーの紛い物としての意味とも、自分自身の紛い物の意味とも取れる発言をしている
超合金ニューＺαはOVAマジンカイザーにおいて一度も損傷しておらず傷一つすらつけられていないことで有名だが、グレートマジンカイザーの超合金ニューＺαはZEROの因果律兵器によって、下半身を破壊されている。(完全破壊こそされていないが、戦闘不能)これは津島直人の漫画版マジンカイザー最終話において、腕部を始めとするマジンカイザーの各部が破損しており、この世界の因果を紡がれたためと思われる（作品の設定上他作品との共演作品やその最たるスパロボ世界は観測出来ない）。
武装
- ターボスマッシャーパンチ
- ギガントミサイル
- グレートトルネード
- グレートブラスター(グレート版ファイヤーブラスター)
- ゴッドサンダー(元はゴッドマジンガーの技。サンダーブレークの発展系)
- カイザーソード（胸のエンブレムから引き抜くマジンカイザーのカイザーブレードとは違い、グレートブーメランにも使われる放熱板を変形させる、天空剣なソード）
グレートマジンカイザーの無い、後の世界において、グレートマジンガーのままでマジンガーZEROに対抗する際には漫画オリジナルと思われるサンダーフィールドという必殺技が追加されている。
