D機関には結城中佐の方針で女性がいないため、機関員が任務中に出会った女性とのカップリングになる。その女性もチラっと登場するだけの場合がほとんどであるが、男女CPが好きな視聴者から支持されている。
腐向けCP（腐向けJG）と一緒に付けられている場合が多いため、腐向けが苦手な方はマイナス検索で自衛が必要。
甘エマ（甘+エマ）
甘利が『内海修』としての任務中に出会い、引き取った『エマ・グレーン』とのカップリング。親子としてのタグと、エマが成長後（年齢操作）に恋人になったタグ両方に付けられているため、このタグが付いているからといって男女CP作品とは限らない。
実井が、『森島邦雄』としての任務中に出会った仲居のお春とのカップリング（原作によるとかなり鈍臭いが、風機関の連中が軍人だと見抜いたなど鋭い観察眼のある少女）風戸に強制的に酒を飲まされた「森島邦雄」が白幡に叱られないように電話で連絡をいれるなど、森島に想いを寄せる描写がある。
小田切（飛崎弘行）が、両親と死別後、自分を疎んじる祖父母宅にいる時に、祖父母の代わりに母のように姉のように面倒をみてくれた少女西山千鶴（ちづネェ）とのカップリング。幼い時に死別しているため、現代転生（現代パラレル）作品でのカップリングになる。実の姉弟や従姉妹として転生している作品も。
小田切（飛崎弘行）と、ちづネェに面影似ている舞台女優野上百合子とのカップリング。自分は他のD機関員のように「化け物」にはなれないと気づくきっかけになった女性。Dの魔王では犯人の彼女は自殺しているが、アニメ版では犯人ではないが恋人（カール・シュナイダー）と後輩（安原ミヨコ）から裏切られたショックと演劇を学び直すために満州に渡っており、結城中佐はD機関を辞して死地に向かうことになった飛崎の任務地を、彼女のいる土地してくれたため、満州での再会を思わせる結末になっている。
