概要
2001年6月21日に発売されたプレイステーション2用ソフト。
2002年4月4日には通信対戦機能やイベントを追加した『リリーのアトリエプラス ～ザールブルグの錬金術士3～』がプレイステーション2用ソフトで発売された。
ストーリー
前2作『マリーのアトリエ』『エリーのアトリエ』が「アカデミーから卒業する」というのが基本的な目的なのに対し、本作は時代を遡り「アカデミーを建設する」というのが目的となる。
前2作では教師であったイングリドとヘルミーナの二人が主人公リリーの生徒（兼手伝い）として登場する。
キャラクター
リリー … 主人公。ケントニスでの錬金術ブームで、錬金術士を目指すようになる。17歳。
ドルニエ … ケントニス・アカデミーの重鎮。シグザール王国での錬金術の発展を志している。40歳。
イングリド … 「神童」と呼ばれている10歳の少女。性格は勝ち気で活発。
ヘルミーナ … 同じく「神童」と呼ばれている10歳の少女。やや身体が弱く、大人しめな性格。
カリン・ファブリック … 製鉄工房の跡取り娘。
クルト・フローベル … フローベル教会の神父。
テオ・モーンマイヤー … 16歳の年若い冒険者。
イルマ・ヴァルター … 南方から旅をしてきたキャラバンの一員。占い師。
シスカ・ヴィラ … 女性冒険者。王室騎士隊入隊の夢に挑戦し続けている。
ゲルハルト … 冒険者だが、武器屋を持つことを夢見ている。
ウルリッヒ・モルゲン … 王室騎士隊副隊長。
ヴェルナー・グレーテンタール … 本人は掘り出し物と呼ぶガラクタを売る雑貨店店主。
エルザ・ヘッセン … 自称パン屋の娘。しかし職人通りのパン屋ではエルザらしい人を見かけることがない。
ハインツ・マドック … 酒場「金の麦亭」の主人。
アイオロス … 貧乏な暮らしをしながらも好きな絵に打ち込む画家。
ヨーゼフ・カロッサ … 雑貨屋の主人。
レオ・ブランデン … 武器屋を営む老人。
