概要
1996年に発売されたメガミッションの続編。本作はX3の2か月後となっており、エックスとゼロが再びリミテッドをめぐる戦いに巻き込まれていくストーリーとなっている。本作ではエックスが途中で敵に捕まってしまうため、ライト博士はゼロに強化アーマーを与えており、シリーズ初の強化アーマーを纏ったゼロを見ることができる。サブタイトルはEPISODE 2 / VS REVENGE LIMITED(エピソード2 / バーサスリベンジリミテッド)。
ストーリー
ドップラー博士の反乱から2ヶ月後。「都市内のレプリロイド全てが突如一斉にイレギュラー化する」という怪事件の真相を追っていたエックスとゼロの前に、再び再生レプリロイド達の影が現れはじめる。
登場キャラクター
ゼロのパワーアップ
エックスが前半戦後に敵に捕らえられてしまったため、後半戦はゼロが戦っている。その途中でライト博士が強化アーマーを与えてくれるのだが後に発売されたX5では作れないと発言している。開発陣は本作の存在を知らなかったのだろうか？
第一段階「ネオバスター」
連れ去られたエックスのバスターの残骸を、ゼロが自ら自身のバスターに組み込み合体させたもの。2つの銃口が一つに合わさったような形状をしている。強化光弾である「エナジーショット」を放つことができ、またエックスの特殊武器を使用することもできる。
第二段階「エネルギーアーマー」
ヒャクレッガーを倒したゼロの前に現れたカプセルにて、ライト博士から授かったアーマー。装着部位は胴部（ボディパーツに相当する部分）のみで、溢れ出るエネルギーで形成されている。メインカラーは黒。
第三段階「ネオアーマー」
スパーク・マンドリラー・Lとの戦いにより爆発した発電所のエネルギーを吸収し、強化されたエネルギーアーマー。ボディのみだったエネルギーパーツが脚部までを覆っている。ヘッドパーツに相当する部分は存在しない。タキオンらの展開するリミテッド・フィールドを無効化する事が出来る。またネオバスターも、パワーアップしたアーマーから流れ込んで来るエネルギーにより、エナジーショットの破壊力が飛躍的にアップしている。
