SNKがMVS（NEOGEO）の後継機として開発し、1997年から発売したアーケードゲーム基板。
MVSよりも更に性能を向上させ、更に高品質な2Dグラフィックを表現する事を
目標として開発されていたものの、当時格ゲーを含むアーケードゲームでは
3D表現が当たり前となっており、『バーチャファイター』シリーズや『鉄拳』シリーズのような
いわゆる3D格ゲーも大流行している時期であった。
こうした世相を受けて、急遽ハイパーネオジオ64は3D表現に対応できるように作られたが、
ハードウェアレベルで対応できていない所に急ごしらえで対応する事となり、
3Dグラフィックの品質は当時基準でも決して高いとは言えないものだった。
また、本機を展開する上での最大の問題点として、より高度な2D表現を目指し作られたはずが
「2D作品はまだまだ現役のNEOGEOの方に回す」という方針が採用された為に
2D描画の方が得意なのにお粗末な方の3D作品だけで勝負しなければならない基板という
わけのわからない状態でデビューせざるを得なくなってしまった。
また、前述の3D機能を付け加える為に開発費が当初の予定より膨れ上がった為に
これを回収するためハイパーネオジオ64と専用筐体を抱き合わせで販売するという販売方法が取られ、
タダ同然の価格でリース出来る事でシェアを伸ばしたMVSとは真逆の方向に突っ走った。
筐体には2つのモデルがあり、対面の相手の様子が見えるサブモニターとカメラ付きの
アップライト筐体の「Super Neo29 typeⅡ」、50インチの大モニターと
独立したテーブル筐体2つがセットになった「Neo50Ⅲ」が販売されたが、
需要の怪しい機能が付いて60万円～80万円という高価格だった事から
MVSを支えていた中小店舗や玩具店、駄菓子屋、玩具屋などの店先には物理的に導入が困難だった。
また、発売されたゲームも非常に少なく、たったの7本に終わった。
比較的有名なタイトルとしては斬新なシステムの武力 〜BURIKI ONE〜
(奇しくも「武力」がハイパーネオジオ64最後の作品である）
知名度の高かったサムスピシリーズの2作（通称ポリサム）があるが、
後者は演出など評価点もあるものの、壊れている事が多かったサムスピシリーズの中でも更に
異次元クラスにゲームバランスがぶっ壊れていた1作目の印象があまりに強すぎたためか
バランスを調整した2作目もあまり人気が伸びずに終わってしまった。
結局ハイパーネオジオ64はユーザーとオペレーターの双方にそっぽを向かれて商業的に失敗。
旧SNKの倒産の一因となったと言われている。
