基本的に悪の組織と思って相違無いが、その一方で自らの勢力圏内に新たにニンジャ化した者が現れたことを察知すると傘下の強力なニンジャを使者として送り込み、「服従か死か」を迫って戦力に取り込むことで組織的な管理を図っており、ソウカイヤの存在がネオサイタマのニンジャ達の勝手な暴走を抑えて一定の秩序を維持する抑止力として働いているという側面もある。

交差させたカタナに「キリステ」の文字を象った「クロスカタナ・エンブレム」をシンボルとする。

名前は、株主の権利を濫用して利益を不当に搾取しようとする団体の総称である「総会屋」に由来すると思われる。

ニンジャ戦力

威力部門「ソウカイ・シックスゲイツ」を中心に数多くのニンジャを抱えているが、そのレベルはまちまち。ラオモトが何よりも「実績」を重視するため、高い実力を持ちながらも低評価に甘んじていたり、逆にニンジャとしての実力は低いながらもエリート中のエリートである「シックスゲイツの六人」に選出されたりと待遇の差は大きい。

ヨロシサン製薬やオムラ・インダストリなどのメガコーポとの関わりが深い事から、クローンヤクザやモータードクロなどの非ニンジャ戦力も好んで使用する。

実績を挙げることができなければ使い捨ての手駒としてしか扱われないが、大きな事案解決後には幹部総出で温泉旅行に行ったりと、実績のある者への福利厚生はしっかりしている模様。

なお、ほんやくチームによれば組織内の男女比は「10:0」とのこと。劇中ではヤモト・コキを取り込もうとしていたことから、別に意図して女性ニンジャを排しているわけではないようだが…。

ソウカイ・シックスゲイツ

ソウカイヤのニンジャ威力部門。ラオモトの側近であるゲイトキーパーによって設立された組織であり、その名はニンジャ神話に語られる神聖なシュライン「シックス・ゲイツ」に由来する。

ビジネスに忙しいラオモトに代わり、文字通り手足として面倒ごとを解決するための部門であり、ほとんどのソウカイ・ニンジャはこれに該当するものと思われる。

その中でも特に精鋭であると判断された六人のニンジャは「シックスゲイツの六人」と呼ばれ、より重大なミッションに当たる。作中で「シックスゲイツ」と呼称される場合、多くはこの「シックスゲイツの六人」を指して用いられる(ただし全てにおいてそうとは限らず、「六人」を指すのか、一般のシックスゲイツ・ニンジャを指すのかは曖昧な場合もあるため、「六人」の移り変わりを特定するのは困難)。

一方、上述の通り必ずしも「最強の六人」であるとは限らず、バンディットを始めニンジャとしてはサンシタとされる者も多い。

「シックス・ゲイツの六人」はメンバーに欠員が出るとアンダーカードの中から後任が選ばれて補充されるシステムが採用されている。

その結果、精鋭ニンジャから先にニンジャスレイヤー（フジキド・ケンジ）によって殺害されていくことになり、物語の進行と共にフジキドがニンジャとしての練度を高めていくのとは対照的に、シックス・ゲイツの全体的な戦力の質はどんどん低下していくというバトル物作品の敵組織としてはかなり珍しい（ある意味リアルな）展開を見せることになった。

ただし、前述のようにラオモト自身にとってはシックス・ゲイツはあくまでも面倒くさい仕事を丸投げするために設置している部門であるため、あまり気にしてはいない。