概要
生没年：建久6年11月1日/同12月2日（1195年12月4日/1196年1月3日） - 寛喜3年10月11日（1231年11月6日）
第82代・後鳥羽天皇と、内大臣・源通親の娘・在子（承明門院）との間に第一皇子として生誕、諱は為仁（ためひと）。第84代・順徳天皇は異母弟にあたる。
建久9年（1198年）、わずか3歳にして父帝からの譲位を受け、践祚・即位。『増鏡』によれば天皇は温厚な人柄であり、また世事にも疎かったことから、院政を敷き鎌倉幕府と政治的に対立することも多かった父・後鳥羽上皇から不興を買うこととなった。
この結果、承元4年（1210年）には父によって廃位を余儀なくされ、異母弟・守成親王が新たな天皇に立てられることとなった。第84代・順徳天皇の誕生である。
承久3年（1221年）に後鳥羽上皇や順徳上皇らが「承久の乱」を起こした際、土御門院はその企てには一切関与していなかったことから、父や弟たちとは違って幕府に罪に問われることはなかったが、父が遠流であるのに自分が京にいるのは忍びないとして、自らの意思で土佐国に下った。
このような事情から、後には土佐から都により近い阿波国に遷され、幕命によって宮殿も建てられるなど、幕府も上皇に対しては様々な配慮を尽くしている。土御門院を指す土佐院、阿波院の別称はこうした経緯に由来するものである。
上皇の京都還幸の噂はその後も絶えることはなかったが、寛喜3年（1231年）10月、阿波国にて出家し程なく崩御。宝算37。京都長岡の金原陵（かねはらのみささぎ）に葬られた。
土御門帝の崩御よりしばらく後、紆余曲折を経て皇子の邦仁王が即位（後嵯峨天皇）し、その系統は現在の天皇家にも引き継がれる事となる。
一方で後嵯峨帝の即位は、これと競合していた忠成王の父・順徳上皇の自死の遠因となったとも伝わる（異説もあり）他、後嵯峨上皇の院政期に後の南北朝動乱の火種が生じるなど、様々な面で波紋を呼ぶ事ともなった。
皇統
・春子女王
・覚子内親王
・仁助法親王
・静仁法親王
・邦仁王（第88代・後嵯峨天皇）
- 宮人：高階仲資の娘
・皇女
・道仁法親王
- 宮人：源貞光の娘
・秀子女王
- 宮人：覚安の娘
・尊守法親王
- 宮人：尋恵の娘
・尊助法親王
- 宮人：定勝の娘
・道円法親王
・信子女王
- 宮人：源有雅の娘
・曦子内親王
- 宮人：円誉の娘
・最仁法親王
- 宮人：藤原範光の娘
・知子女王
- 宮人：兼尊の娘
・増仁
- 宮人：証遍の娘
・諄子内親王
- 宮人：雲顕の娘
・是子女王
- 不詳
・懐尊
・寂恵
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皇位
