概要
「隠密御庭番衆」とは、作中における江戸幕府の組織の一つである。
史実では「御庭番」とだけ呼ばれ、「御庭番衆」と呼ぶのは完全な創作である。
大政奉還に際し解体され、多くの隠密たちは明治の世にも生き場所を見つけたものの、それが能わなかった者たちは最後の御頭である四乃森蒼紫と行動を共にしている。
なお、その前の御頭は蒼紫の師であり、巻町操の実の祖父にあたる人物らしい。
キネマ版においては、外印もここに所属していたことが明らかになっている。
なお、同じジャンプの幕末マンガ『銀魂』にも同様の組織が登場する。
特徴
所属する配下達の名前は、柏崎念至（翁）、般若、式尉、ひょっとこ(火男)、癋見、黒尉、白尉、増髪、近江女など、能楽や狂言に用いる面に由来している（なぜか操の名前はおかめではない）。
般若・式尉・ひょっとこ・癋見は一部自らの肉体を改変するほど武芸に特化している。
京都御庭番衆は、幕末に独自の情報網を作るため送り込まれた探索員である。
主な成員である柏崎念至（翁）、お増（増髪）、お近（近江女）、白（白尉）、黒（黒尉）は普段料亭葵屋を営んでいるが、有事の際は忍具武術をもって対応する隠密である。
近辺各地に情報網を残しており伝書鳩やのろしなどを使って伝達を行う。剣心が隠遁していた比古を探す際や、志々雄真実の大火の策謀を阻止する際などに活用された。
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