筋金入りのオタクである24歳の青年鑑純一郎は、学生時代にどこでもドアの設計理論を発表し一躍有名な物理学の研究者となったが、その後は就職もせずアニメブログの更新を日課とするニート生活を続けていた。その状況に業を煮やした妹の鑑純音は、純一郎の母校である東神明高校の非常勤物理講師の枠に応募し、彼に教師として働くように言う。

不本意ながらも教員となった純一郎だが、受け持ったクラスでいじめ問題があることに気付く。

サイバー知識を活用し見事解決に成功し、彼は生徒たちからの信頼を得るが、学校の事情ですぐに解雇されてしまう。

銀杏学園へ（3限目-71限目）

生徒たちに惜しまれつつも解雇された純一郎は、純音の通う学校、銀杏学園の理事長柊暦にスカウトされる。かくして純音たちの在籍するクラスの担任となった純一郎は、一癖も二癖もある生徒たちと出会い、指導していく。

一方で、物理学の研究のライバルであったティム・バーナーズ・リン博士や高校時代の同級生である研究者の刀祢大和らに再会した純一郎は、教師として生きるか、研究者として生きるかの選択を迫られる。

柊学園での戦い（72限目-130限目）

2学期が始まり、生徒たちの日常が戻ってきた矢先、柊学園の生徒、無響零子が銀杏学園に逃亡してくる。直後、追っ手の生徒と柊学園校長の柊有栖が登場。有栖の極端な教育方針により、卒業後の進路を保証する代わりに退学になることすらあり得る弱肉強食の世界が柊学園で広がっていることを知った純一郎は、自分の教え子たちを引き連れ柊学園の生徒になり、「班戦争」を制覇し有栖を校長から降ろして学園を改革することを宣言する。純一郎たちは学園の強豪な生徒たち、そして柊学園の教師となった純一郎の後輩、時坂朋也との戦いに挑む。

S（シード）計画の発覚、純一郎の背負った過去（131限目-146限目）

班戦争が終了し、帰路についた純一郎たちの前に貴澄みもりが現れる。彼女は国家プロジェクト『S計画』の関係者で、純一郎をスカウトしに来たのだ。しかし、彼はそのオファーを断る。

直後、彼の前に久遠那由多という少女が現れる。彼女は純一郎が学生の頃の友人。久遠重音の妹で、姉の死が純一郎のYD精神のせいだと恨んでおり、純一郎を殺しに来たのだ。

純一郎は彼女になら殺されてもいいとし、1人で命がけのゲームに挑む。

その中で、教え子たちがデスゲームの存在に気づき、純一郎を死なせないために立ち上がるが、那由多の圧倒的な力を前に次々倒されていってしまう。教え子たちを傷つけた那由多に、残された純一郎は全身全霊でぶつかる。

戦いが終わった後、倒された生徒たちや自身が仕掛けた毒の装置により瀕死の純一郎を見て那由多は復讐が正しいやり方ではないことに気づき、間一髪のところで純一郎を助ける。そして、重音からの最後のメッセージを読んだ那由多は、純一郎との確執を解消した。

そして、この戦いから2年。純音たちは無事に銀杏学園を卒業していった。

Sクラスの教師へ（147限目ー170限目）

純一郎は教え子たちの卒業後に教職をやめ、再び放浪生活を送っていた。一方で、S（シード）クラスが銀杏学園小学部に設置され、純一郎の代わりに古居保が教壇に立っていた。古居はクラス全体の成績を上げたものの、授業についていけないものは見捨て、また、生徒同士のトラブルにも無関心であり、Sクラスはバラバラになってしまっていた。

教育実習生として銀杏学園に戻っていたマキナは、古居の授業についていけず見捨てられていた生徒、朧を鑑のところへ行かせる。これがきっけでSクラスの現状を知った純一郎は、再び教壇に立つことを決意。

その後、晴れてSクラスの担任に就任した純一郎は、このクラスの一番の優等生とされていた鍋墨綾子が最も大きな問題を抱えていることに気づく。

文化祭、そして純一郎再び解雇の危機（171限目ー177限目）

純一郎の指導で一つにまとまりつつあるSクラスだが、鑑の破天荒な指導方針がSクラス上層部に知られてしまい、文化祭でSクラスが全校1位にならなければ、純一郎は解雇になることになる。

演劇で勝負することになったSクラスは純一郎のことを生徒たちに秘密にしたまま本番に挑むが、成功させるためには綾子が自身の問題から脱却するのが不可欠だった。しかし、彼女はあくまで変わろうとしない。一方で、純一郎に恨みを持つ古居が、Sクラスの妨害工作を始める。