更に言うと、モンスターの数が色違いモンスターでかなり水増しされている。中にはどろどろマントル(マアモンの色違い)、ゴルゴンゾーラ(フォンデュの色違い)など水増しさせるためだけに追加されたような色違いや、深海の守護者(本来は黒き花婿と同じ紫色だが本作では青に変更されている)のように無理やり色違いモンスターにされたもの、シーデーモン(DQ4のピラニアンと同じ見た目。本作にはDQ7のピラニアンが登場している)のように無理やり名前を変えられたものもいる。この事には結構批判の声があり、発売前は「ジョーカーシリーズでは」過去最多のモンスターが登場すると言われていたが、色違いの水増しで達成されている事を考えるとあんまりそうは感じない。

また、イルとルカの不思議なふしぎな鍵同様、モンスターズシリーズの特徴である、野生で生きるモンスターの生態も詳細にえがかれているが、時間帯や天候の切り替わりでモンスターの出現位置が変わる際に一旦消えてから再配置される、他のモンスターに襲われているモンスターを助けられなくなった上にアイテムも落とさなくなった、マップ上のオブジェクトに擬態しているモンスターの種類が大幅に減ってしまった等、前作より劣化した部分がある。

ライドシステム

今作では陸、海、空をモンスターに乗って自由に移動する事が出来る。移動速度や滞空時間など、モンスターごとに細かく設定されており、バトルのみでなくライド用に自分に合ったモンスターを探す事もゲームの目的になる。スモールサイズやメガサイズはもちろん、(場所制限はあるが)ギガサイズのモンスターのもライドすることができる。またバトル中にモンスターにライドすると、モンスターの能力が一部強化される。

しかし、主人公がライドしているモンスターが倒されてしまうと主人公が落下、次のラウンドでは細かい命令、作戦変更などができなくなってしまう。やられそうになったら別のモンスターにライドしたり降りるのも手。

特性遺伝

前作では特性の一部をモンスター間で遺伝させる事が出来たが、今作ではさらに多くの特性を遺伝させる事が出来る。そのため多彩な戦略の幅が生まれたが、ステータスに劣る一部のモンスターは、バトルで利用しづらくなってしまった。

カラー配合

モンスターカラーフォンデュを配合する事で、モンスターのカラーを変更する事が出来る。メタルスライムのカラーを偽装する事もできるが、アイコンの色は変わらないのでバレバレである。が、ネタとして使うなら面白いだろう。魔元帥ゼルドラドを真っ白にしたりとかもできる。

また、スカウトQの問題をクリアすると『突然変異』と呼ばれる現象が解禁され、こちらでも色違いのモンスターをスカウト可能になる。突然変異したモンスターは色違いの他、所持しているスキルが強化されている。

性別

前作まではモンスターの個体ごとにオス・メス・万能の性別が設定されていたが、今作では、それらに関係なく配合することができる。♂♀配合に頭を悩ませる事は無くなったが、その代わりモンスターの個性が一つなくなってしまった。

キャラクター

主人公

不思議な花園でロボットのサンチョとともに穏やかに暮らす少年。しかし、それはサンチョの幻覚によって見せられたもので、リアクターを拾った事で幻覚から目を覚まし、自分の正体を知るために旅に出ることになる。

ダークマスター

ブレイクモンスターを従える謎のモンスターマスター。

レナーテ

主人公を導く謎の少女。主人公の過去を知っているようだが･･･。

ルキヤ

ブレイクモンスターに対抗する勢力・レジスタンスのリーダーである老婆。モンスターの町を守るために、少年の身代わりになった。口は悪いが面倒見は良く、主人公を影でサポートする。

アンセス

かつてレナーテと共に旅をしていた、主人公と瓜二つの容姿を持つ青年。最後のバトルGPの優勝者でもある。

カルマッソ会長

かつて、モンスターを愛しモンスターだけの世界を作ろうとした男。モンスター配合装置の基礎理論を作ったという記録がリアクターのデータベースに残っている。

キーワード

リアクター

高性能なヘッドマウントディスプレイ。モンスターの能力や特技を分析する機能、光学迷彩の判別機能、時空の歪みの検出機能など多彩な機能を秘めている。このうち、いくつかの機能はパーツにより後から追加される。

ノチョーラ族

脚の長いトカゲのような生物。魔物ではない。好奇心旺盛で人懐っこいが、一方で臆病な面も多く見られる。また一部を除き、語尾に「～ちょ」と付くのが特徴。

魔素(マ素)

魔界に満ち溢れている物質。摂取したモンスターを凶暴化させる。人間が魔素に汚染されれば肉体が魔物に変化してしまう。

マデュライト

結晶化した魔素。『ドラゴンクエストモンスターズジョーカー』で集めるべき重要アイテムとして登場し、『ドラゴンクエストモンスターズ2 イルとルカの不思議なふしぎな鍵』でも素材アイテムとして登場している。

ブレイクモンスター

魔素の過剰摂取により凶暴化したモンスターで、種族名の先頭に「凶」がつく。魔素の結晶が肉体を覆っている。精神にも侵食が及ぶため、スカウトする事ができない。また、ある場所では通常のモンスターを人為的にブレイク化させる装置が存在する。マデュライトも原因であるかと思われるが、スライムマデュラはそれほど凶暴でもないらしい。ごく一部のモンスターは、ブレイク化する前と同じ精神状態を保っている。

プロフェッショナル

2017年の2月に、マイナーチェンジ版である『ドラゴンクエストモンスターズジョーカー3 プロフェッショナル』が発売する事が9月18日に発表され、10月31日に公式サイトが正式オープンした。

公式サイトのPVでは、りゅうおうやハーゴン・バラモス、かみさまなど『イルとルカの不思議なふしぎな鍵』に居たもののオリジナル版では削除されたモンスターが多数復活する他、新しいエリアなど追加要素が多く存在する。

オリジナル版からの引越しにも対応し、「1日10体」(メインストーリーの進行具合によって1日に引越し出来る数が増加する)はこれまで通りだが、今回はランク制限が廃止されSSランクのモンスターを『ジョーカー3 プロフェッショナル』に連れてくる事も可能、更にオリジナル版同様に『イルとルカの不思議なふしぎな鍵』からもモンスターを連れて来る事が可能となっている。しかし、『ドラゴンクエストモンスターズジョーカー2』からの直接の引越しは出来なくなった。

また、このプロフェッショナル版がジョーカーシリーズの最終作となる。