概要
サンヒエロニモ半島事件の後、1971年にネイキッド・スネークの指令で米国政府によって設立される。
部隊名の由来は先に誕生したCIAの直属部隊FOX(Force Operation X)の設立6年目に起こった反乱事件をスネークらが解決したため、そこから来ていると思われる。
MPOの初期トレイラーにおいては、ゼロ少佐がスネークに対して「君が新しい部隊の長になる。"FOXを狩る者"、FOXHOUNDの誕生だ！」と発言していることから、上記のサンヒエロニモ半島事件が大きく関係していると思われるが、サンヒエロニモ半島事件後ビッグボスはコロンビアでMSFを組織していたのでどの様な経緯でFOXHOUNDを組織し、脱退したのかは不明。
単独潜入諜報活動を主任務とする部隊で、グレイ・フォックス、ソリッド・スネークなどが所属していた。 アウターヘブン蜂起の後に消息不明となったスネークに代わり、ロイ・キャンベルが総司令官となると、人工衛星などを利用したハイテク特殊部隊に転向した。 ソリッド、キャンベルが除隊した後にはリキッド・スネークが実戦部隊のリーダーとなった。
2005年のシャドー・モセス島事件でほぼ壊滅し、部隊は解散した。
