この先は ｢ポケットモンスターサン･ムーン｣の殿堂入り後のネタバレを大いに含むため、閲覧は自己責任でお願いします。
概要
ポケモンXYのバトルハウスなどと同じく勝ち抜き戦方式を採用したアローラの最果てポニ島の奥深くにある施設。
たどり着くまでにはLv50以上の野生ポケモンや、ベテラントレーナーらとバトルしながら、ジガルデ・セルやひでんマシンを探しながらの道のりである為にハードルは高い。
過去の作品の登場人物たちもボストレーナーとして登場。
使用ポケモンはランダムで同じポケモンでも複数のパターンがあり、覚えている技や持ち物が違っていたりする。そのため対策がたてづらく、さらにはメガシンカやZワザも使ってくる。
勝利する事で場合によってはマルチバトルのパートナーとしてスカウトしタッグを組む事が可能である。
バトルツリーに登場するキャラ
RSEの登場人物。
ポケモンルビー・サファイア（オメガルビー・アルファサファイア）で、主人公に助けられ成長したトレーナーの少年。終盤は「もう一人のライバル」と言ってもいいほどに成長した。
今回はORASバージョンの彼が登場する。
ORASの時と比べ、幾分か表情が自信と余裕のあるものになっている。
エメラルドで登場したフロンティアブレーン。
本作ではウルトラビーストの捜索イベント同様、国際警察の姿で登場。
DPtの登場人物。
ポケモンダイヤモンド・パール・プラチナの舞台、シンオウ地方のポケモンリーグチャンピオン。
XYでは登場を逃したものの、今回は久々の復活である。
シンオウ地方のチャンピオンだが、チャンピオンとしてではなくポケモントレーナーとしての参戦となる。
アローラは南国のはずだが、やっぱりいつもの黒いファー付き長袖コートスタイルである。
BW・BW2の登場人物。
イッシュ地方のあくタイプ使いの四天王。
何故か髪は白髪混じり、服は白黒の着流し、目の下にクマというなかなかにインパクトのあるリニューアルキャラデザで本編に登場した彼がバトルツリーにも登場。
BW2の登場人物。
プラズマ団に所属していた科学者。
今作では服がかなりサイバーちっくなものに変化しており、（言動などからしておそらく）BW2で主人公と対戦し答えを見つけた後の雰囲気を伴って本編にもちらっと登場する。
XYの登場人物。
プラターヌ博士の助手で調査のためアローラ地方を訪れていた。南国のアローラ地方に合わせ薄着でサングラスをかけている。
バトルツリーに向かう道中に遭遇しメガシンカを使えるようにしてくれる。
共にアーカラ島のキャプテン。なぜかスイレンは登場しない。
スカル団の幹部とボス。二人ともスカル団時代と立ち絵が変わっている。
赤・緑・青・ピカチュウの登場人物。
ポケモンシリーズ初代主人公と初代ライバル。
のちに同地方のチャンピオンとジムリーダーになった二人。
初代の時代から年月を経て大人へと成長している。
なお、他のゲストトレーナーたちと違ってバトルツリーのボス「バトルレジェンド」として招待されてきたためか、BGMが専用アレンジ曲になっている。
