ストーリー
ロックマンX6のナイトメア事件後、人類が安全な地下都市に移り住み、レプリロイドたちが荒廃した地上を復興するという作業は、順調に進んでいた。しかし、その一方でイレギュラーたちによる犯罪も増加の傾向を辿っていた。
高性能レプリロイドにしてイレギュラーを取り締まる公式組織・イレギュラーハンター第17精鋭部隊隊長を務めていたエックスは、力でイレギュラーたちを押さえつけることに疑問を感じ、平和的解決の手段を求めて第一線から退いてしまう。エックスが抜けることによってイレギュラーハンターは弱体化してしまい、それに代わり非合法ながらイレギュラーを倒す自警集団「レッドアラート」が台頭してくる。
ある日、事件現場に急行したイレギュラーハンターのゼロは、大型メカニロイドに追われている少年レプリロイド、アクセルと出会う。アクセルは、レッドアラートを抜けてきたと語るが、その真相は語らない。そこにレッドアラートのリーダー「レッド」から、アクセルの引渡しを求める通信が入ってきた。これがイレギュラーハンターとレッドアラートの戦いの幕開けとなる。