【機体】
機体は機首・エアインテーク等VDF-37と似ている部分も存在するが、エンジンが４発という点と、主翼が可変翼ではなくF-8クルーセイダー戦闘機に採用された「迎角調整装置」の発展型となっている。また、推力偏向ノズルは胴体側が３次元偏向ノズル、主翼のエンジンは全周式ノズルを採用している。おかげでVDF-37を凌駕する機動性を持つ。
【エンジン】
エンジンはIHI/P&WFE-9000熱核プラズマエンジンを装備している。推力は4300kNと１基あたりの推力はVDF-37のFF-X7000に劣るが、FE-9000を４基搭載する本機は17,300kNの合計推力を得ている。なおXVDF-39はM34.2+を記録した
【コックピット】
コックピットは完全なサイバーコックピットではあるが、思考制御に問題が生じたときに備えて通常の操縦装置も備えている。キャノピーは完全に装甲に覆われているのが特徴。
【アビオニクス】
アビオニクスはJAPG-2000アンチステルスレーダー兼能動型ステルスシステム、VDF-37と同規格のEBC-Gea、Rstと同性能のAST対重力装置を備えている。
【武装】
武装は主翼エンジンナセルにGA-37レーザー機銃を備えるほか、胴体下部にGAU-1000ビームランチャーを備える。また、胴体内に後方警戒用のCBー9レーザー砲を備える。ミサイルはVDF-37と同様のものを使用可能。
【実戦】
実戦には２回出ている。2074年4月6日、反統合軍のTDF-19が４機、多国籍統合軍の基地に向かっていた。TDF-19は改造されており、光学ステルスを用いていた。多国籍統合軍のVDF-37は事故で飛行停止措置を行っていたため、XVDF-39が出撃した。従来の機体とは全く違う機動を行っていたため、TDF-19は本機の後ろに付くことなく全滅した。2075年7月には「はせがわ宇宙基地」でVDF-37Aが奪取された事件が起こっている。奪取を食い止める出撃にもXVDF-39は参加した。VDF-37が放つ空対空ミサイルを機動だけでかわし。GAU-1000ビームランチャーで撃墜した。
なお、SV氏の物語では博麗霊夢の搭乗機であるほか、魔理沙たちやマクロス43船団が戦っている異世界での戦闘で援護に駆けつけたマクロス・フロンティア船団のブレラ・スターンがVF-27の点検のおりにマクロス・フロンティア船団が鹵獲した敵のXVDF-39をテストしている。（ただし、VF-27の熱核バーストタービンやISC、BDI脳波操縦システム改、VF-25のEX-ギアに換装している他、搭載ガンポッドもVF-27の技術である重量子ビーム使用に改造したり、AIF-9Vの系列機と思われるゴーストの管制能力をもたせたり、機体をパーソナルカラーの赤紫に塗装している。）
