第二次世界大戦
1939年、第二次世界大戦が始まると土木技師をしていたスコルツェニーは空軍に志願したが、30歳を越えていたため入隊できなかった。替わって親衛隊特務部隊に入隊、1940年2月21日にLSSAH連隊の一員として実戦参加。1941年から1942年にかけては独ソ戦で戦い、負傷して1942年12月に帰国した。
退院後、総統直属の特殊部隊であるSSフリーデンタール駆逐戦隊を発案し、ヒトラーが創設を望んでいたこのコマンド部隊の指揮官に推挙された。1943年7月に空軍と陸軍の候補者の中からヒトラーによって選ばれ、失脚して幽閉されていたムッソリーニを救出する「アイヒ（柏）作戦」（グラン・サッソ襲撃）の指揮を執った。イタリア軍は救出を妨げるためムッソリーニを様々な場所に移動させたが、9月12日、スコルツェニーは幽閉場所がグラン・サッソ山頂のホテルであることを突き止め、グライダー降下し、ムッソリーニを無傷で救出。この功績でSS中佐に昇進し騎士十字章を受章した。
1944年5月25日、レッセルシュプルング作戦（de）を指揮。ユーゴスラビアのパルチザン指導者、チトーをドゥルヴァルの近くの司令部から誘拐し、バルカン半島における共産主義抵抗勢力を壊滅させる作戦であった。部隊が司令部のある洞窟に到達した時、チトーは数分前に脱出した後であった。
1944年7月20日にヒトラー暗殺計画が実行され、クーデター派が重要機関を占拠しようとしたが、ベルリンにいたスコルツェニーは鎮圧に協力、反乱は36時間で制圧された。
1944年10月、ヒトラーはスコルツェニーをハンガリーに送った。密かにソ連との講和を策していたハンガリー摂政ホルティ・ミクローシュの息子ニコラスを誘拐して摂政を辞任させ、講和による在バルカン半島ドイツ軍の本国からの孤立を未然に防ぐ作戦であった。オットー自身がウォルフ博士と名乗り変装し周辺の情報収集を行う。 ミッキーマウス作戦が行われるが失敗。 その後パンツァーファウスト作戦（英:Operation Panzerfaust、独:Operation Eisenfaust）と名付けられた本作戦は成功し、1945年4月までハンガリーには矢十字党率いる親ドイツ政権が存続した。
1944年10月21日、ヒトラーはアーヘンでアメリカ陸軍が鹵獲したドイツ戦車を自軍に使用した事からある作戦を発案、スコルツェニーをベルリンに呼び出し、アメリカ軍に偽装した戦車部隊の編制・指揮を命じた。グライフ作戦と名付けられたこの作戦は、アメリカ軍の軍服を着た20名以上のドイツ兵が鹵獲したジープに分乗し、M-10駆逐戦車に偽装したパンター戦車、アメリカ軍塗装を施したIII号突撃砲などを率いて戦線の後方に侵入、アメリカ軍を攪乱する作戦であった。ドイツ軍の最後の大反攻となったバルジの戦いでこの特殊部隊はアメリカ軍を恐怖に陥れた。
一部の兵士は捕らえられたが、嘘の自白によって「部隊がパリを襲撃し、最高司令官のアイゼンハワーを誘拐または暗殺しようとしている」との噂を広めた。アメリカ軍の警備は強化され、アイゼンハワーは何週間も司令部に閉じこめられることとなった。この時「ヨーロッパで最も危険な人物」と呼ばれたスコルツェニーは、本作戦後1945年2月までソ連軍の押し寄せるドイツ東部を防衛する陸軍部隊を指揮した。
ムダヅモ無き改革でのスコルツェニー
第三帝国時代はナチス親衛隊大佐。二つ名は「ヨーロッパで最も危険な男」。第四帝国からの使者として登場。また、第四帝国の中堅としてパパ・ブッシュと刃を交えることになる。コマンド部隊（特殊部隊）長としての能力は健在であり、その闘牌ぶりは大胆不敵かつ変幻自在。ルーデルとの連携も功を奏しパパ・ブッシュを葬る。覚醒後の真・パパ・ブッシュには圧倒されるものの、狙撃のプレッシャーの下、イカサマを以て反撃。看破された後も、おひきのルーデルに全てを託してその身を銃弾に晒し、僅かな勝機を稼ぐ。盟友ルーデルの勝利を最期の意地で見届けた後、静かに力尽きた。
必殺技は混老頭（オペレーショングライフ）、三色同刻（オペレーションパンツァーファウスト）、おひきのルーデルとの連携戦術のアイヒ作戦/鉄十字砲火（バルケンクロイツ）。ツバメ返し。
