概要
Children.exeのバッドエンドは、
・裏切られた期待（恐怖エンド）
・叶わない理想（無慈悲エンド）
・エラーエンド
の3つがある。
本編が短いためバッドエンドも短く、上2つは後味が悪い感じに仕上がっている。またエラーエンドは一見後の作品と関係がないように見えるが、後の作品でそうとも言い切れなくなった。
裏切られた期待（恐怖エンド）
条件:骸骨の部屋に入った際、表れる選択肢で「帰る」を選択する
骸骨の部屋に恐怖し、帰ることを決断するしゅう達。
しかし戻ると豪華な部屋が真っ赤に染まり、家具はボロボロになっていた。
階段があった場所も手紙が置かれてあり、そこに行くと
「あなた達は、あの子を裏切りました。
その為、報いを受けてもらいます。」
という謎の声が聞こえ、暗転。
明転すると、十字架に囲まれた部屋で謎の少女に殺されたしゅう以外の4人。しゅうもすぐ殺されてしまう。（作品曰く「食べられた」）
その後少女の独白が入り、親友である雪子を裏切ったことが許せなかったらしい。
なお、このバッドエンドで1番上の本棚の裏の道を奥まで進むと、メイン画像と同じ画像が出てくる。
叶わない理想（無慈悲エンド）
条件:雪子に会ったときの選択肢で「諦める」を選択orカレー探しの途中で雪子に話しかけて、「やっぱり諦める」を選択
雪子の望みである「たくさんある宝箱のどれかに入っている、父の作ったカレーライスが食べたい」という願いを叶えられないと判断したしゅう達。雪子は責めこそしなかったものの、涙を流し永遠にこの場所に残ることになる…
登場人物が誰も死亡しないため、一見何ともないようにみえるが、次作ではストーリーの関係上雪子の成仏が必要不可欠のため、将来的にこの5人は全員死亡してしまう。
エラーエンド
条件:宝箱の部屋の1番左上の壁の中に入る
しゅう達を上記の壁に入れると、「エラーが発生しました」とテロップが出て、謎の空間に入ってしまう。（この時のみセーブが不可）
奥にある髑髏のマークに隣接すると砂嵐の効果音が鳴り、「エラーが発生しました」というテロップが次々とバグり、（なぜかまさみのみバグった顔グラが表示され）、最終的には赤い背景にもはや読めない文章が表示され、暗転する。
しばらくすると、恐ろしい女性の顔がアップで映し出され終了する。
作品とあまり関係のないエンドにも思えるが、最終作のとあるバッドエンドの描写からこの女性のイラストは「無慈悲エンドの謎の少女」である可能性が高い。
