ストーリー
秋の始まり
開幕：ある日、プランタン学園の校内にてエフェメロが見慣れぬ女性を案内している光景を目撃したファムとエルノア。
なんとその女性は「秋」を司るオータムヌ学園、その副学園長を務めるフェアリー・ゴッドマザーだった。ファム達は翌日行われるという「収穫祭」に招待されるのだが――
終幕：収穫祭を訪れたファム達はオータムヌ学園の生徒達に手荒い歓迎を受けたものの、現れたフェアリー・ゴッドマザーに場を取りなして貰い、事なきを得る。そしてファムはフェアリー・ゴッドマザーがファムを収穫祭に招待した真の目的を聞かされることになる――
謎の予告状？
開幕：このあと、会って貰いたい相手がいる――
フェアリー・ゴッドマザーにそう告げられたファム達は時間を潰しつつ、収穫祭を見て回ることにする。
秋の味覚に興味津々なエフェメロに対し、ルートヴィッヒは相変わらず絵を描くことしか頭にないようで…？
終幕：ドロシーと一戦交えたファム達だったが、そこに「猫先生」を自称する喋る猫――長靴をはいた猫が現れる。
しかも、驚くべきことに、彼はこの学園の「学園長」らしくて…？
秋空を切り裂いて
開幕：長靴をはいた猫とドロシーに連れられ、一行は学園に届いたという「予告状」が保管されている旧校舎を訪れる。
と、予告状の内容を確認した一行の前に、奇妙な生徒が現れる。彼らの正体は――？
終幕：オータムヌ学園の生徒に変装した不審者を捕らえた一行。だが、彼らは自身の正体を明かそうとはしない。
彼らはやはり予告状と関係があるのだろうか？そんな時、どこからか女性の叫び声が辺りに響き渡る――
ファムとシンデレラⅠ
開幕：意識を失ったフェアリー・ゴッドマザーを背負い、ルートヴィッヒは長靴をはいた猫と共に保健室へと急行する。
だが、彼の頭をよぎるのは先程見かけたファムとよく似た少女――シンデレラのことばかり。彼女の正体はいったい…？
ファムとシンデレラⅡ
終幕：ファムとシンデレラ。それは本来ならば交わることのない二人の少女。
片方が存在すれば、もう片方が存在を否定される。「シンデレラ」は一人だけ。それがあるべき事実。
だが、数奇な巡り合わせの結果、二人は出会ってしまった――
真実はいつも一つ！
開幕：事件の内容についてファム達が話し合っていたところ、突如として妙な少年がやって来る。
怪訝な表情を浮かべるファム達。そして些細な言葉の行き違いにより、彼の親衛隊を名乗る生徒達とファム達は戦うことになってしまう。
終幕：少年の名前は、シャルル・ペロー。ドロシーのクラスメイトであり、実に麗雅で貴族的な少年だった。
しかし、彼には隠された経歴があった。ドロシーを退席させた後、驚愕の事実が一行に明かされる――
名探偵、始動
開幕：何故、シャルルが生徒として学園生活を送っているのか――その理由を聞いた一行は大いに驚愕する。
一方、ファム達はついに事件の解決に向けて、捜査へと繰り出すことになる。目的地である果樹園に向けて、一行は移動を始める。
眠り姫だけが知っている
開幕：果樹園にやって来たファム一行。先行していたシャルルとも合流し、オーロラ姫から話を聞くことになる。
だがそんな折、学園に潜入した不審者が辺りにいることに気付いてしまい――？
終幕：不審者を撃破したファム一行だったが、彼らの抵抗は激しく、捕らえる寸前のところで逃げられてしまう。
しかし、そんな不審者達の前に単身立ちはだかった男がいた。
彼の名前はシェイクスピア。オータムヌ学園の収穫祭に招待されていたエーテ学園の学園長だった――
怪人と呼ばれた男
開幕：オーロラ姫の証言から、凶器と思しき「糸車の錘」を現在所持しているのは声楽部の顧問教師・ファントムであることが明らかになる。
彼の過去は誰も知らない――だが、まさかの人物が彼がオータムヌ学園に来る前に何をしていたのかを知っていたことが判明して…？
亡霊の過去
開幕：ファントムがいる時計塔へとやって来たファム一行。そこでシンデレラがファントムに真偽を問い詰めるべく、矢面に立って彼と言葉を交わすことになる。
語られるファントムの壮絶な過去とは――
終幕：逃げ出そうとしたファントムと交戦になった一行。ドロシーの砲撃に危険を感じたファントムは、奥の手である「動作機構」を稼働させ、時計塔の内部を迷宮へと変化させる。
ファントムを取り逃がしそうになったとき、とある人物が身を挺して、彼を追い掛けて行ってしまって――
ファムとシンデレラⅢ
開幕：他の仲間達と分断され、孤立したファムとシンデレラ。二人は迷宮の中を進んで行く。
本来ならば交わるはずのなかった二人の運命。自分と同じ顔の少女に対し、ファムもシンデレラも特別な感情を持たずにいられなくて――
終幕：動作機構による時計塔の変化に巻き込まれ、同じく迷宮に迷い込んだ一般生徒と遭遇したファム達。彼と別れたところで、シンデレラがファムに対して大きな意味を持つ質問を投げ掛ける。
――私達は本当に顔が似ているだけなのだと思いますか？その質問に対して、全てを知るファムの回答は…。
ファムとシンデレラⅣ
開幕：ファムとシンデレラと合流するべく、悪戦苦闘する残された面々。そんな折、姿をくらましていたシャルルが眠りから醒めたフェアリー・ゴッドマザーを連れて現れる。
彼女を襲った犯人は、シンデレラだった。そして同時刻。ファムはシンデレラの中から姿を表した秋の悪精・モミジと対峙していた――
終幕：シンデレラの中に眠っていた邪悪な感情。それを成すために造り出された、もう一人のシンデレラ――それが混沌の女帝「カオス・シンデレラ」だった。
ファムはシンデレラを元に戻すため、彼女と戦うのに相応しい場所へと移動することに…。
月光
開幕： 対峙するファムとモミジ＆カオス・シンデレラ。そんな中、予想外の人物が援軍に駆け付けてくれる。
再度、ファムとカオス・シンデレラは激突する。
一方、とある人物がオータムヌ学園に姿を現して――
終幕：今にも落ちて来そうなほどに輝く「お月さま」の下、ついに「彼女」が姿を見せる。
それはファム、そしてシンデレラから故郷を奪った邪悪なる魔女。災厄を身に纏った魔女。その名を「モリガン」と言った――
災厄は冬より来たる
開幕：モリガンの圧倒的な力によって、ファントム、そしてカオス・シンデレラが一瞬で戦闘不能になる。
残されたファムは単身で己の宿敵であるモリガンと向かい合う。
ぶつかり合う二つの拳、二人の魔女。勝負の行方は――
終幕：モリガンに敗北したファムは徹底的に痛め付けられ、右手を破壊される。
絶体絶命の危機に瀕したファム。彼女に救いは訪れるのだろうか…？
世界で一番大好きだよ
開幕：駆け付けたシャルル・ペローとシェイクスピアのおかげもあって、モリガンはオータムヌ学園を去り、自らが学園長を務めるイヴェール学園へと帰って行った。
ファムは敗北を認め、前へと向き直る。だが、現実を飲み込めず、喚き散らす者がまだ一人いた――
終幕：カオス・シンデレラと協力関係を結んだファム。フェアリー・ゴッドマザーも現れ、モリガンによって破壊されたファムの右手を治療してくれることになる。
一方、ルートヴィッヒ・グリムはモリガンが去った後も、妙な感覚に囚われたままだった。そして、彼は出会ってしまう。「ありえない人物」に――
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