概要
原作においてはほぼ一貫して主人公とそのヒロインとして扱われており、他のコミカライズ作品においても基本的な立ち位置は変化していない。上条はもともとインデックスの保護者として生まれた主人公なので、その関係は騎士とお姫様のようなものである(作中でも親子や兄妹のようなやり取りが多い)。
カップルとして見た場合、主人公と運命的な出会い方をしたヒロインというド王道である。
出会って以来、魔術師に付け狙われるインデックスの身を上条は常に案じており、自身の戦いからは極力遠ざけがち。
インデックスもまたそんな彼を心配しながら、最後は無事帰ってくると信じて待ち続けている。
ちなみに、はいむらきよたか氏のホームページにおいて「2巻以降にこの2人をメインにした表紙が無いのは、4巻か5巻あたりで『ここまで来たら、2人一緒の表紙は最終巻まで取っておこう』と言う密かな誓いを立てたから」との記述があるため（詳細はこちら）、「最終巻の表紙はこの2人なのではないか」という期待をしている人もいるようだ。
また、原作者の鎌池和馬氏は2人の関係について次のように述べている。
上条が活躍する物語において、インデックスは例え出番がなくとも話の流れに深く関与する、不思議なキャラです。インデックスそのものが重要な位置を占める魔術サイドはもちろん、原作3巻のような科学サイドの話であっても、今度は「平和の象徴（彼女がどれだけ事件から遠ざかっているかで、上条の平穏がどの程度危険に晒されているかがわかる）」として機能するため死角が無い、というのが理由でしょう。
※『電撃PSP Vol.2』 「特別企画「電撃ヒロイン宣言!」 とある魔術の禁書目録」より
二人のこれまで(旧約)
【旧約22巻】
遠隔制御霊装から解放されたインデックスは、「ベツレヘムの星」に取り残された上条と意識体のままで会話し、上条に自信が記憶喪失であったことを打ち明けられる。上条は「インデックスが自分のもとから離れる」ことを恐れ、記憶喪失を隠していたのだがインデックスは…
「そんなの、もう、どうでも良いよ」
「いつものとうまが帰って来てくれたら、何でも良いよ」
と優しく告げる。
そして「必ず戻る」と約束した上条と『新約』で感動の再会を果たす──
───── と思われたが実際には感動出来るようなシーンではなくコミカルなギャグシーンで済まされた。この辺りは新約19巻におけるアレイスター=クロウリーとリリスの一世紀越しの再会と通ずる部分がある。
二人のこれまで(新約)
【新約9巻】
上条にとってインデックスが最も特別で、彼の帰る場所・日常の象徴と言える存在だということが鮮明にわかるエピソード。
『魔神』オティヌスによって数千億以上もの絶望の世界を体験させられても折れなかった上条だが、「上条がいない世界で幸せそうに暮らすインデックスの笑顔」を見たことでついに心が折れてしまう。
インデックスが上条を意に介さず、ステイルや神裂達と笑っている光景は、上条にとって自分の居場所・存在意義を奪われたことに他ならい。上条はインデックス達の笑顔を守るために「自殺」を選択したのだが……。
【新約22巻リバース】
上条の記憶と人格を持つ存在がインデックスにキスしようとしたが、彼女はわずかに首を傾げただけだった。それを見た「上条」は、寸前の所でなりふり構わず介入した。
ちなみに灰村画集SS収録の「ラブレター争奪戦」では、上条への恋愛感情と明確に記載されていた(本編だと明言されていない)。
二人のこれまで(劇場版)
終始に渡り二人の活躍とスキンシップが多く、上イン好きなら必見。
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