1. 長崎県北部、佐世保市と平戸市にまたがるリアス式海岸沿岸の島嶼群の総称。くじゅうくしま。西海国立公園に指定されている。なお、佐世保市は9月19日を「九十九島の日」としている。
2. 長崎県島原市にある島嶼群。つくもじま。眉山の崩壊により海に流入した山体の一部が島となった。
3. 秋田県にかほ市にある象潟のかつての別称。くじゅうくしま。
4. 石川県の能登半島南海岸沿岸の島嶼群の総称。つくもじま。
5. 愛媛県にある無人島。今治市（「つくもじま」）と松山市（「くじゅうくしま」）にそれぞれ1島ある。
