演者
CV:水野龍司
概要
機械皇国を作り上げ、統率する機械皇国の皇帝。
人前に姿を晒すことなく、ミーシャとナーシャをその代理人としている。
元は700年以上前に存在した無名の天才科学者で、自分を認めることのなかった世界に復讐を誓い、機械皇国を創った。ラファエロも復讐の為に製作したものと言え、完成した際には自身と融合し、世界中を混乱の渦に陥れようとした。そのためには忠実な部下や信じた者ですら犠牲にする非情かつ冷酷な人物である。
700年以上生き続けた人物であるためすでに肉体は滅びており、脳だけの状態で衛星の中でラファエロの進化の時を待ち続けていた。
ラファエロ
機械皇帝が生み出したホムンクルスの中の一つから誕生した、通常のB'Tとは一線を画す無機質生命体。その過程で機械生命体といえるB'Tを誕生させ、のちの機械皇国の原型となる勧誘した孤児で編成された独自の軍隊を設立している。
ダークマター的存在といえ、闇のように増殖し生命エネルギーを糧とする。半面光エネルギーには弱く、強力なライトレベルでも退いてしまうほど。
ラファエロ以外にも複数のホムンクルスが培養されていた(レオナルドやミケランジェロなどの名前があった）が、その中で正常に成長したのはラファエロだけだった。
当初は技術的に未発達であったため目立った動きはなかったが、他の生命体を捕食させることで成長することが判明したため、以降は皇国に預けられ成長を促すよう指示を送る（その事件により華蓮が皇国を離反するきっかけを作ってしまうのだが）。
細胞単体でも生命力が強く、華蓮が事件時にナイフで採取した細胞でも活発に成長を始めたため冷凍保存することになったのだが、遅くなりながらも成長は止まることはなかった。脱走時にそのカプセルを持って行ったが、結局皇国に奪い返された上に、アンダーヘルで容器を破壊されたため地下と地上、2つのラファエロの脅威に脅かされることとなってしまう。
その後、成長した2つのラファエロは融合し、皇国にいる国民を捕食しつくしてしまう。そして脱皮した後最終形態となり、皇帝のいる衛星へと旅立った。皇帝（の脳）と合体したラファエロは世界を滅ぼすため宇宙から攻撃を仕掛けようとするが、最後は鉄兵の太陽のかけらと連動した星々の光によって消滅した。
皇帝自身もラファエロの弱点が光であることを周知しており、光の届かない場所に自身の衛星を待機させ、そこでラファエロと合体している。
アニメ版では首都中枢にある皇帝の意思をコピーしたメインコンピュータと融合、原作と異なる最終形態へと進化した。
