日本列島を制圧する『日本編』1～3章、地球上に蔓延るエイリアンを討伐する『未来編』1〜3章、更にパワーアップしたエイリアンを討伐する『宇宙編』1～3章、日本に現れた悪魔を討伐する『魔界編』、どれだけ早くクリア出来るかをスコアで競う『チャレンジモード』、レジェンドと呼ばれるにゃんこ達に出会うために過去の世界を制圧する『レジェンドストーリー』『真レジェンドストーリー』『レジェンドストーリー0』、時間までに敵を何体倒せるのかで戦う『ネコ道場』が存在する。

キャラクター

各キャラクターについてはにゃんこ大戦争のキャラクター一覧の項目を参照。

各キャラクターにはレア度、コスト、ステータス、特殊能力が設定されている。

レア度

レア度は無し(便宜上基本キャラと呼ばれている)、EX、レア、激レア、超激レア、伝説レアの6種類に分類される。

基本キャラは1章のステージを進める内に揃う無課金キャラで、EXキャラはごく一部を除き開放にネコカンを必要とする。

レア以降は基本的にレアガチャのキャラであり、レア度が高いほど強力なユニットである。

…とは限らず、普通に下手な超激レアよりもEXやレアの方が強かったりする。

コスト

各キャラにはコストが設定されており、出撃する際に貯まっているお金(現実のお金ではない)をそのキャラのコストの分消費する。

強力なユニットほど高い傾向がある。が、強いが安いやつも普通にいる。(主にレアキャラ)

ステータス

ステータスは体力、攻撃力、射程、KB（ノックバック）回数、移動速度、攻撃速度、生産速度の7つが設定されている。

体力と攻撃力はレベルを上げると増加する。他のステータスは基本的に不変だが、進化することで変化するユニットも存在する。

射程は攻撃を開始する射程。実際に届く最大射程も同様だが、「遠方攻撃」という能力を持ったキャラのみ、近くに届かない代わりに、攻撃開始射程より奥の敵にも攻撃が届く。

KB回数は体力が削られた際に、何回ダメージモーションで吹っ飛ぶ（ヒットバックする）かの回数。体力がKBで割った割合まで減るたびにKBを起こす。1ならば死ぬまで怯まず、多い場合は攻められた際に少し下がって立て直せるが、攻め続けられていると何もできない。

攻撃速度は速いほど次の攻撃までが短くなるが、モーションが長くて実際の攻撃速度より大幅に遅いキャラも居る。

生産速度は最初に生産してから再び生産可能になるまでの時間。

ちなみにこれらのステータスは可視化されていない。

特殊能力

ユニットには特殊能力を持つものも存在する。

特定の敵に与えるダメージを増やしたり受けるダメージを減らす他、敵の動きを遅くするなどして阻害する物もある。

ユニットの入手・育成

ユニットを入手するにはステージのクリア報酬、ログインボーナスでや特定の日に行われるイベントステージで入手できるにゃんこチケットや課金通貨のネコカンを使用して行うガチャ、関連商品に付属するシリアルコードがある。(シリアルコードは現在は廃止されている)

1度入手したユニットは消滅することは無い。

育成はステージクリア時に入手する経験値(XP)を指定量使用し、レベルを1つ上げる形になっている。

LVが10になるとユニットが進化し、ユニットによっては性能が大幅に変化する事もある。

経験値では日本編2章クリアまではLV10まで、クリア後は20しか上げられないが、ユーザーランクを上げることで更に上限を上げられ、ガチャで同じキャラを引くことによって+値を付ける事が出来る(この+値上限もユーザーランクで挙げられる)。基本キャラのみ+値が10になると更に進化する。

Ver3.0.0からユーザーランクによってレベルや+値の上限が開放されるようになり、Ver5.0.0からはキャッツアイというアイテムにより、更なる解禁がされた。

現在は通常はLV30、キャッツアイの使用で最高LV60、+値は60(基本は90)まで上げられるようになった。

なお、ガチャでダブった分は必ず+値に割り振られるようになっており、LVと+値の合計が10以上になると進化するようになっている。

基本キャラ以外の第3進化も登場し、特定ステージのクリアでレベル20以上、もしくはレベル30以上の際に指定されたマタタビと経験値を消費することで行うことができる（11.5からは獣石が必要な進化も登場）。

狂乱などの非ガチャキャラは洗脳を除いて特定のステージクリアで第3形態に進化できる。

Ver.13.0からはレベル合計60以上となった一部の超激レアキャラクターは素材消費で第4形態に進化できるようになった。

ガチャで排出されるキャラの第3形態の一部は本能が実装されており貯蔵庫内のキャラをNPに変換し、そのNPを消費することでステータスを上げたり、妨害や妨害耐性をつける事ができる。

更に特定の地図ステージをクリアすると入手できる本能玉も装着でき、特定の属性に与えるダメージを増加、もしくは受けるダメージを減少できる。

Ver10.7では本能玉に新たな種類(超ダメージ、めっぽう強い、打たれ強い)が追加された。

Ver12.1では合算レベル60以上で本能に超本能と追加本能玉スロットが追加されるようになった。

にゃんコンボ

Ver4.0.0から追加された機能。

特定のユニットの組み合わせを出撃スロットの1列目に編成するとステージ開始時に発生し、初期財布レベルが上がったり初期所持金が増えたりなど有利に働く様々な効果がある。

図鑑には使用キャラの数とレア度が最初からヒントとして表記され、1度発生したコンボは効果と使用キャラが図鑑に登録される他、その登録欄の名前をタップする事で対象ユニットを自動で編成することが出来る様になる。

Ver5.2.0からは一部仕様が変わり、持っているキャラの図鑑は全て解放され、指定された進化形態以上であれば形態が違っていても適用されるようになった。

また、ガチャキャラ複数のにゃんコンボは撤廃され、にゃんコンボ一つにつき、ガチャキャラは1体のみとなった。

Ver10.7ではガチャキャラが2体入ったにゃんコンボが追加されたが、後のバージョンで修正。

ステージ（バトルパート）

ステージの右端には自軍の城であるにゃんこ城が、左端には敵軍の城が配置され、そこからお互いのユニットが出撃する。

城と城の距離はステージによって変わる。

時間経過でお金が貯まっていき、それを消費する事でユニットを出撃させたり財布レベルを上げてお金の最大所持を増やしたり出来る。

敵のユニットを倒し、敵軍の城を攻撃して城体力を0にする事で勝利になり、経験値(XP)が入手出来る。

ステージによってはキャラが開放、ドロップする事もある。

敵に攻め込まれて自軍の城の体力が0になってしまうと敗北になってしまう。

ネコカンを使うことでコンティニュー出来るが、出来ないステージも存在する。

にゃんこ砲

ゲージが溜まると使用可能。波動攻撃で範囲内の敵全てをヒットバックさせる。雑魚敵ならまとめて倒すことも可能。攻撃速度の遅い敵の攻撃を中断させるなど、攻撃よりかはサポートの目的で使われることが多い。

また、日本編第1章をクリアすると以下の特殊なにゃんこ砲を開発できるようになる。尚、開発にはレジェンドストーリーのドロップ報酬などで入手できる素材が必要。

現在ではレジェンドストーリーをクリアすることで土台や装飾も開発レベルを上げることができるようになり、特定の属性や特殊効果に対して効果を発揮するようになった。こちらの開発には素材を合成したりレジェンドストーリー0のドロップ報酬などで入手できる素材Zが必要。

スロウ砲

範囲内の敵の動きを一定時間遅くする。攻撃力は皆無。ツバメンズなどの高速で突っ込んでくる敵に有効。

土台は浮いてる敵からのダメージを軽減、装飾は敵からの動きを遅くする妨害の効果時間を短縮する効果がある。

鉄壁砲

味方の前線にメタルの特性を持った鉄壁を召喚する。開発レベルによって鉄壁の体力は増加するが、クリティカル持ちの敵に注意。攻撃力は皆無。

土台は黒い敵からのダメージを軽減、装飾は敵からの波動ダメージを軽減する効果がある。

かみなり砲

前線にいる敵に雷を落として動きを止める。イノシャシなど攻撃頻度の高い敵に有効だが、発射から着弾までラグがあるため動きの速い敵に当てるのは難しい。攻撃力はあるもののにゃんこ砲には遠く及ばない。

土台は天使からのダメージを軽減、装飾は敵からの動きを止める妨害の効果時間を短縮する効果がある。

水鉄砲

メタル特効の砲。前線にいる敵に塩水を浴びせる。攻撃力は敵の残り体力に依存するが、メタル以外の敵には微々たるダメージしか与えられない。

土台は赤い敵からのダメージを軽減、装飾は敵からの烈波のダメージを軽減する効果がある。装飾を開発しておけば烈波無効を持ったキャラが不在でも魔界編である程度有利に戦えるようになる。

エンジェル砲

ゾンビ特効の砲。範囲内の敵に光を発射する。攻撃力は敵の最大体力に依存かつゾンビキラーの効果を持ち、ゾンビの動きを止めることができるが、ゾンビ以外の敵には効果を発揮できない。仮死状態のゾンビにも攻撃できる。

土台はゾンビからのダメージを軽減、装飾は敵からの攻撃力ダウンの効果時間を短縮する効果がある。

キャノンブレイク砲

音速で砲弾を発射し、前線にいる敵のバリアを破壊する。同時に敵を吹っ飛ばすこともできるため、無理矢理前線を押し上げることも可能。地味ながら特殊砲の中では最も攻撃力が高い。仮死状態のゾンビにも攻撃できるがこれといって意味はない。開発しておくと宇宙編が攻略しやすくなることは間違いないだろう。因みに悪魔の持つシールドは破壊できない（シールドにダメージを与えることはできる）ため注意。

土台はエイリアンからのダメージを軽減、装飾は敵からの毒撃ダメージを軽減する効果がある。