概要
江戸の治安を守る特殊警察。任務の内容としては現在の公安警察に近い（しかし、交通整理など一般の警察のような仕事をすることもある）。
モデルは新撰組。
局長の近藤勲・副長の土方十四郎・一番隊隊長の沖田総悟を中心に形成されている。
全十隊が存在し、一つの隊には十人前後が所属している。結成四年目。
幕府に属しているため、攘夷浪士からは「幕府の犬」、銀時や神楽からは「税金泥棒」と呼ばれている。
主な仕事は攘夷浪士の捕縛や将軍の護衛などだが、真選組の創設者でもある松平片栗虎には便利屋扱いされ、「娘と彼氏のデートの邪魔をする」「慰安旅行の名のもとに将軍のスキーに付き合う」などのくだらないことに駆り出されることもよくある（後者はいちおう要人警護という裏の名目もあるが）。
刀の他にバズーカやら手榴弾やらを持ち歩いており、犯人逮捕のついでに暴行や破壊活動（特に沖田と土方によるもの）が多く、「チンピラ警察24時」と例えられるなど世間からの目は冷たい。世間からの目を良くする為、アイドルの寺門通が一日局長をしたこともある。
万事屋メンバーとは腐れ縁の為かよくトラブルが起きる。
時々思い出したように専用のシリアス長編が出てくるが、その代わり基本的にかぶき町がメインの話では登場しない。佐々木異三郎の率いる見廻組とは創設の経緯や幹部の確執もあってか、同じ幕府所属の武装警察組織ではあるが、組ぐるみで犬猿の仲である（徳川定々の件では呉越同舟的に共闘はしたが）。
土方が定めた「局中法度」によって厳しく統率されているが、その反動で入れ替わり篇で土方と魂が入れ替わった銀時の影響で、某世紀末漫画に登場する盗賊同然の完全なチンピラ集団へと成り果てていた。
そして、ゴリラストーカー、マヨラー、サド王子、あんぱんあんぱんあんぱんになったり、たまさんたまきんたまさんになったりする元暴漢などアホの集まりと言う事を忘れてはならない(新八いわく「特殊バカの集まり」)。銀時曰く幾ら縛りあげた所でバカはバカなだからよ。たまにゃハメ外させてやっても、アイツらそう変わりゃしねェぜとの事。
なぜか、女体化時は（一人を除いて）全員上玉な美女に変身した際は「まん選組」を名乗り、モブ隊士は性格までもが激変していて、オカマ軍団と新八になじられた。
現在の動向
将軍暗殺篇での出来事の影響を受け、近藤勲は逮捕。斬首を命じられて真選組は解散。その際、真選組は葬儀の警備にいたため、彼らが帰ってきたときには近藤は既に連れ去られていた。
次章のさらば真選組篇では、近藤が新将軍・喜々に死刑を言い渡された際には土方をはじめとする残党がこれを奪取に向かう。その際に見廻組と敵対したり、佐々木の過去やその真意等様々なことが判明、最終的には多大な犠牲を払いつつも近藤奪取に辛うじて成功。
事態が混迷する中、真選組は倒幕のための革命の灯火となる。江戸に残れば絶対に見逃されずに殺される為、桂の提言を受け生存した見廻組と共に江戸から離れて討幕運動のために下野した。
最終章に当たる銀ノ魂篇で地球に戻ってきた。
隊士
男気溢れる局長だが、新八の姉、お妙のストーカーでもある。通称ゴリラ。
クールな鬼の副長。だが、熱烈なマヨラーで周囲の人をドン引きさせる。
ルックス爽やかな一番隊隊長。ドS。
アフロが特徴の三番隊隊長。寡黙な男。
強面の十番隊隊長。名前が判明している数少ないキャラ。
地味な監察方で、よく銀時や土方に雑な扱いを受ける。
入隊して1年目の新参者だが、頭が切れることから参謀の地位に着く。
山崎と同じ監察方。伊東と共に入隊した同門の隊士。
佐々木異三郎の異母弟。複雑な家庭環境で育っており、グレて定職にも着かず悪さをしていたが土方や真選組隊士との出会いを経て生き方を考え直し、真面目な青年へと成長する。
この他にも、アニメ版では数多くのモブ隊士が近藤らと共に登場している他、オールバックの眼鏡、バンダナを巻いたスカーフェイスの隊長が真選組メインの回ではよく登場していたが、彼らの名前は不明（一部のファンは、バンダナの隊長は二番隊隊長永倉新七ではないかと推測している）。
関連人物
トッシー（CV:中井和哉）
妖刀「村麻紗」の呪いで生まれた土方の第二人格。
警察庁長官。真選組をはじめとする江戸の治安維持を行う役人のトップ。しかし性格はとても警察の頂点に立つ男とは思えないほど過激で、近藤や土方に呆れられる事もしばしば。ちなみに自身の優先順位はキャバクラや娘、自分の都合が一番で治安維持は3番目である。
沖田総悟の姉。辛いもの好きであり、銀時にタバスコ（実写ドラマ版ではデスソース）をかけたチョコレートパフェを振る舞った他、屯所に激辛せんべいを差し入れとして送ってきている。
佐々木鉄之助の異母兄。真選組と同じ幕府の警察組織の1つ見廻組の局長で、自称「真選組のファン」。何かと真選組（主に土方）につっかかる。
関連イラスト
関連タグ
近藤勲 土方十四郎 沖田総悟 山崎退 伊東鴨太郎 篠原進之進 佐々木鉄之助 原田右之助 斉藤終
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以下最新巻以降、未アニメ化の内容を含むためネタバレ注意！
最終章銀ノ魂篇にて遂に帰還を果たした。
虚の罠にかかり、解放軍との全面戦争に突入した地球。銀時らはこの戦いに終止符を打つべく虚を奇襲するも不死の軍団と化した奈落、更には解放軍の空軍の砲撃の前に信女が負傷、銀時らは撤退を余儀なくされる。しかしそこを解放軍の地上戦車部隊に包囲され、窮地に陥っていた。
その時、戦車部隊の一部が突如同じ戦車部隊に向け発砲する。そしてあっけにとられる銀時らの前に、かつて黒縄島で銀時が真選組を鼓舞した時を思わせる言葉と共に姿を現したのが装いも新たな近藤、土方、沖田の三人であった。原作では約2年ぶり、満を持しての再登場である。
更に時を同じくして松平も帰還、空軍を率い解放軍の放火からそよ姫の窮地を救う。彼らは桂の言葉通り各地で反乱分子を吸収、更に旧幕府の伝手を辿り異国の支援をも勝ち得ており、その勢力は大きく増していた。更には全蔵率いる御庭番衆も本格参戦し、源外の秘策により解放軍の空軍は戦闘不能状態に。強力な助っ人を得た銀時らは勢いづく。
しかし解放軍は夜兎等を始めとする3大傭兵部族を戦場に投入。真選組は歌舞伎町目指し進軍する彼らを食い止めるべく、敵に挑む。
そして、虚との戦いの終結から2年。真選組は解体され、近藤は寿退職し、土方は左遷され、沖田は切腹し、斎藤は辞職したと思われていたが、これは国を改革しようとする桂からの提案に真選組が賛同したことによるものであった。
ゆえに実際のところ、真選組は表舞台から姿を消したが、土方は松下村塾の跡地付近へ赴き、沖田は斎藤や原田らとともに暗躍している。
とはいえ、桂の提案を受け入れ屯所を畳んでいるとき、沖田は近藤が真選組解体を受け入れたことが納得出来ない様子であった。しかし、土方は「たとえ3人が納得していたとしても、真選組の終わりを止めてくれた万事屋が解散することを、万事屋に救われここに立っている真選組が認めてはならないのではないか」「今度は俺たちの番だ」と話し、近藤も「次の世代に国を託すためその剣を振るうのが嫌なら、共に戦い続けてきた者達のため、この剣を振るえ」と告げる。この言葉を聞いた沖田は、斎藤らとともに表舞台から姿を消し、万事屋を守るために裏から画策することになる。
