概要
チャクラ研究所で開発された新型のサイコミュであるサイコ・ニュートライザーを搭載し、Ζガンダム3号機C型をニュータイプ専用機に改良した機体である。このシステムはパイロットの思考がダイレクトに反映される機能を有しており、そのため従来のコクピットとは仕様が異なる。また、任意でリニアシートモードに変形させることが可能で、特にMA形態時にこの形状にする場合が多い。フライングアーマーの形状も従来のΖガンダムとは異なっており、外部の情報をパイロットに直接取り入れるために各部に配置されたフィンが特徴的である。当初は「ジョニー」というパイロットの搭乗が予定されていたが、その人物がリタイアしたことによってユウリ・アジッサがコードネーム「レッド・スネーク」としてパイロットを務めることとなる。
ゲミヌス迎撃作戦では、サイコ・ニュートライザーのユウリへの最適化を完了するためホワイト・ゼータ、グレイ・ゼータに遅れて到着するが、ゲミヌスにシステムへの侵入を許し機密情報を盗まれ、チャクラ研究所の位置も知られ長距離ビーム砲撃で砲撃される。ホワイト・ユニコーンの呼びかけによりユウリは目覚め、カミーユ機のような球状のビーム・バリアーを展開。さらにゲミヌスの腕部サイコミュを乗っ取って（「サイコミュ・ジャック機能」と解説する資料もある）我が物とし、ゲミヌスの頭部を握りつぶす。本機はゲミヌスとともに地球に降下、ゲミヌスは地上に激突し爆発するが、本機はMS形態のまま不時着しユウリも生還している。
書籍『ガンダムMSグラフィカ』によれば、この機体の仕様は「ジョニー」の意向を取り入れた物であり、赤い塗装に関しても彼の要望だが、納入された機体色はグレイ・ウルフのように彼の好みとは違った色味だったらしい。また、当初の機体には彼の一年戦争時代のパーソナル・エンブレムが施されている。しかし、周囲からはニュータイプの素養に期待がかけられており、ニュータイプ能力を拡大するための薬物投与から後遺症に陥り、出撃を前にリタイアを余儀なくされている。のちに彼はフリーランスの傭兵「ライトニング」として復帰し、宇宙世紀0097年に別の任務でΖガンダムを駆ることとなる。
余談
PSP専用ソフト「ガンダムバトルユニバース」に参戦した際、ハイパー・メガランチャーを2丁持ちにして既視感全開のSP攻撃を見せつけた。
ナンバリング上におけるMSZ-006-2 Ζガンダム2号機は電子戦仕様のテスト機として開発された。
シールドを大型ディスクレドームに換装している。
Zガンダム3号機の正式なパイロットはあくまで「カラバ所属の兵士」であるが、声を当てた古谷徹氏が「アムロ・レイとして演じた」と語ったことから、外伝作品ではアムロ・レイの機体になっている。
